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[求助] 動(dòng)力學(xué)跑出這樣的結(jié)構(gòu)，是什么原因�。� 已有1人參與

RT，跑鐵的超胞動(dòng)力學(xué)出來一個(gè)這樣的結(jié)果，感覺是錯(cuò)了，請(qǐng)各位大神分析一下是什么原因，不勝感激，，，
輸入?yún)?shù)：
md conp conse qok nomod pres spat pot efg
ensemble npt
tau_thermostat 0.1 ps
tau_barostat 0.1 ps

temperature 1500.000000 K
pressure 0.000101 GPa

equilibration 10 ps
timestep 2 fs
production 50 ps
write 100
sample 100

title
GULP calculation from Materials Studio for Fe9826
end

cell
48.728800 48.728800 48.728800 90.000000 90.000000 90.000000

fractional
Fe1 core 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.0 1 1 1
Fe1 core 0.029412 0.029412 0.029412 0.000000 1.000000 0.0 1 1 1

輸入的結(jié)果以幾張附圖所示，，，

結(jié)構(gòu).jpg

動(dòng)力學(xué)跑出這樣的結(jié)構(gòu)，是什么原因�。�-1

constant of motion.jpg

動(dòng)力學(xué)跑出這樣的結(jié)構(gòu)，是什么原因��？-2

pressure.jpg

動(dòng)力學(xué)跑出這樣的結(jié)構(gòu)，是什么原因��？-3

temperature.jpg

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1樓 2015-08-26 16:39:13

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50ps后npt系綜的溫度還有這么大的波動(dòng)，說明結(jié)構(gòu)還不穩(wěn)定
如果是覺得原子在盒子“外”比較奇怪，右鍵display style里改in-cell

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2樓2015-08-27 08:39:06

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2樓: Originally posted by pigrass at 2015-08-26 12:39:06
50ps后npt系綜的溫度還有這么大的波動(dòng)，說明結(jié)構(gòu)還不穩(wěn)定
如果是覺得原子在盒子“外”比較奇怪，右鍵display style里改in-cell

結(jié)構(gòu)不穩(wěn)定是因?yàn)樵谶@個(gè)原子數(shù)下50ps的時(shí)間不夠嗎？另外原來“盒子”內(nèi)的原子跑完動(dòng)力學(xué)后成為這樣，感覺像是整體的移動(dòng)，這是不是說明已經(jīng)有比較大的問題了呀？

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3樓2015-08-27 09:47:02

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3樓: Originally posted by lkd-syl at 2015-08-27 09:47:02
結(jié)構(gòu)不穩(wěn)定是因?yàn)樵谶@個(gè)原子數(shù)下50ps的時(shí)間不夠嗎？另外原來“盒子”內(nèi)的原子跑完動(dòng)力學(xué)后成為這樣，感覺像是整體的移動(dòng)，這是不是說明已經(jīng)有比較大的問題了呀？...

周期性結(jié)構(gòu)沒有整體移動(dòng)的說法，你以為原子“移動(dòng)到外面"了，可是你把display style設(shè)置成incell，你還能看得出移動(dòng)嗎，可能只是顯示問題罷了。除非你看到原先松散排列的都團(tuán)聚到一起，那才是真的移動(dòng)

平衡的方法建議找找文獻(xiàn)，看看別人用的什么勢函數(shù)，用的什么系綜，另外，原子多的話平衡時(shí)間肯定長

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4樓2015-08-27 11:12:34

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lkd-syl: 金幣+3, ★有幫助 2015-08-27 19:29:33

個(gè)人感覺，你的勢參數(shù)有問題！要是用文獻(xiàn)的參數(shù)注意單位換算問題！我曾經(jīng)也有過這樣的經(jīng)歷

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5樓2015-08-27 18:06:16

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5樓: Originally posted by 15216105346 at 2015-08-26 22:06:16
個(gè)人感覺，你的勢參數(shù)有問題！要是用文獻(xiàn)的參數(shù)注意單位換算問題！我曾經(jīng)也有過這樣的經(jīng)歷

請(qǐng)問你的后邊是怎么解決的，這個(gè)也是查閱文獻(xiàn)所引用的，比較粗糙，具體一點(diǎn)就需要擬合新的勢函數(shù)，，，

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6樓2015-08-27 19:29:16

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4樓: Originally posted by pigrass at 2015-08-26 15:12:34
周期性結(jié)構(gòu)沒有整體移動(dòng)的說法，你以為原子“移動(dòng)到外面"了，可是你把display style設(shè)置成incell，你還能看得出移動(dòng)嗎，可能只是顯示問題罷了。除非你看到原先松散排列的都團(tuán)聚到一起，那才是真的移動(dòng)

平衡 ...

恩，原來我也是感覺看著不舒服而已，我再調(diào)整一下試試，，，，

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7樓2015-08-27 19:30:38

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