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克隆測序和PLFA兩個手段在分析microbial communities有什么不同 已有1人參與
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請教各路大神，克隆測序和PLFA兩個手段在分析microbial communities有什么不同呢 看文獻(xiàn)分析微生物群落結(jié)構(gòu)經(jīng)�？匆娪肞LFA方法，想了解一下具體區(qū)別， 定量或者定性？各種情況下最優(yōu)的手段？ 請暢所欲言，謝謝！ |
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
kittykbh: 金幣+5, ★★★很有幫助 2015-08-28 11:48:21
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
kittykbh: 金幣+5, ★★★很有幫助 2015-08-28 11:48:21
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PLFA是測定微生物體細(xì)胞膜脂肪酸含量和種類，現(xiàn)在有一些微生物有特定磷脂脂肪酸標(biāo)記物，通過分析微生物群落不同脂肪酸含量和種類，從而分析微生物群落結(jié)構(gòu)。個人覺得這個技術(shù)最大的優(yōu)點(diǎn)是：分析得到群落結(jié)構(gòu)是活的微生物的，因?yàn)榧?xì)胞一旦死亡，磷脂類化合物會馬上消失，不像DNA那樣長時間存在。缺點(diǎn)是不能分類到種，不能看到土壤中的代謝活動，細(xì)胞中的磷脂脂肪酸含量有一定幅度的波動。個人感覺，指紋圖譜的數(shù)據(jù)庫還是小。 不知道你說的克隆測序是不是克隆文庫法��？我個人最不喜歡的就是克隆文庫法，我認(rèn)為克隆文庫法就是 NGS 的人工版。以分析細(xì)菌群落結(jié)構(gòu)為例，選擇16S可變區(qū)PCR擴(kuò)增。然后，NGS上機(jī)測序，對得到序列質(zhì)控分析數(shù)據(jù)。而克隆文庫法還需要連接載體轉(zhuǎn)化挑斑，然后對每個單菌落測序。因此克隆文庫稀釋度曲線和a多樣性指數(shù)曲線到平臺期，需要大量的工作量，算下來的花費(fèi)不一定比NGS少�？寺∥膸煳ㄒ坏膬�(yōu)勢就是，read可以測通16S全長，但是分析群落結(jié)構(gòu)時，1.5K片段連接的效率不高。不過，鑒定新種的時候還是很好用的。 |
2樓2015-08-27 17:20:33
3樓2015-08-28 11:51:08
DoRbIr
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4樓2015-08-30 23:15:37
5樓2015-08-31 18:39:13
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6樓2015-09-01 10:18:33
7樓2015-09-10 20:24:35
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10樓2015-09-14 13:22:46
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