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克隆測(cè)序和PLFA兩個(gè)手段在分析microbial communities有什么不同 已有1人參與
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請(qǐng)教各路大神，克隆測(cè)序和PLFA兩個(gè)手段在分析microbial communities有什么不同呢 看文獻(xiàn)分析微生物群落結(jié)構(gòu)經(jīng)常看見(jiàn)用PLFA方法，想了解一下具體區(qū)別， 定量或者定性？各種情況下最優(yōu)的手段？ 請(qǐng)暢所欲言，謝謝！ |
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
kittykbh: 金幣+5, ★★★很有幫助 2015-08-28 11:48:21
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
kittykbh: 金幣+5, ★★★很有幫助 2015-08-28 11:48:21
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PLFA是測(cè)定微生物體細(xì)胞膜脂肪酸含量和種類，現(xiàn)在有一些微生物有特定磷脂脂肪酸標(biāo)記物，通過(guò)分析微生物群落不同脂肪酸含量和種類，從而分析微生物群落結(jié)構(gòu)。個(gè)人覺(jué)得這個(gè)技術(shù)最大的優(yōu)點(diǎn)是：分析得到群落結(jié)構(gòu)是活的微生物的，因?yàn)榧?xì)胞一旦死亡，磷脂類化合物會(huì)馬上消失，不像DNA那樣長(zhǎng)時(shí)間存在。缺點(diǎn)是不能分類到種，不能看到土壤中的代謝活動(dòng)，細(xì)胞中的磷脂脂肪酸含量有一定幅度的波動(dòng)。個(gè)人感覺(jué)，指紋圖譜的數(shù)據(jù)庫(kù)還是小。 不知道你說(shuō)的克隆測(cè)序是不是克隆文庫(kù)法��？我個(gè)人最不喜歡的就是克隆文庫(kù)法，我認(rèn)為克隆文庫(kù)法就是 NGS 的人工版。以分析細(xì)菌群落結(jié)構(gòu)為例，選擇16S可變區(qū)PCR擴(kuò)增。然后，NGS上機(jī)測(cè)序，對(duì)得到序列質(zhì)控分析數(shù)據(jù)。而克隆文庫(kù)法還需要連接載體轉(zhuǎn)化挑斑，然后對(duì)每個(gè)單菌落測(cè)序。因此克隆文庫(kù)稀釋度曲線和a多樣性指數(shù)曲線到平臺(tái)期，需要大量的工作量，算下來(lái)的花費(fèi)不一定比NGS少�？寺∥膸�(kù)唯一的優(yōu)勢(shì)就是，read可以測(cè)通16S全長(zhǎng)，但是分析群落結(jié)構(gòu)時(shí)，1.5K片段連接的效率不高。不過(guò)，鑒定新種的時(shí)候還是很好用的。 |
2樓2015-08-27 17:20:33
3樓2015-08-28 11:51:08
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4樓2015-08-30 23:15:37
5樓2015-08-31 18:39:13
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6樓2015-09-01 10:18:33
張張張秀
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10樓2015-09-14 13:22:46
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