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克隆測(cè)序和PLFA兩個(gè)手段在分析microbial communities有什么不同 已有1人參與
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請(qǐng)教各路大神,克隆測(cè)序和PLFA兩個(gè)手段在分析microbial communities有什么不同呢 看文獻(xiàn)分析微生物群落結(jié)構(gòu)經(jīng)?匆(jiàn)用PLFA方法,想了解一下具體區(qū)別, 定量或者定性?各種情況下最優(yōu)的手段? 請(qǐng)暢所欲言,謝謝! |
新蟲(chóng) (初入文壇)
金蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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PLFA是測(cè)定微生物體細(xì)胞膜脂肪酸含量和種類(lèi),現(xiàn)在有一些微生物有特定磷脂脂肪酸標(biāo)記物,通過(guò)分析微生物群落不同脂肪酸含量和種類(lèi),從而分析微生物群落結(jié)構(gòu)。個(gè)人覺(jué)得這個(gè)技術(shù)最大的優(yōu)點(diǎn)是:分析得到群落結(jié)構(gòu)是活的微生物的,因?yàn)榧?xì)胞一旦死亡,磷脂類(lèi)化合物會(huì)馬上消失,不像DNA那樣長(zhǎng)時(shí)間存在。缺點(diǎn)是不能分類(lèi)到種,不能看到土壤中的代謝活動(dòng),細(xì)胞中的磷脂脂肪酸含量有一定幅度的波動(dòng)。個(gè)人感覺(jué),指紋圖譜的數(shù)據(jù)庫(kù)還是小。 不知道你說(shuō)的克隆測(cè)序是不是克隆文庫(kù)法?我個(gè)人最不喜歡的就是克隆文庫(kù)法,我認(rèn)為克隆文庫(kù)法就是 NGS 的人工版。以分析細(xì)菌群落結(jié)構(gòu)為例,選擇16S可變區(qū)PCR擴(kuò)增。然后,NGS上機(jī)測(cè)序,對(duì)得到序列質(zhì)控分析數(shù)據(jù)。而克隆文庫(kù)法還需要連接載體轉(zhuǎn)化挑斑,然后對(duì)每個(gè)單菌落測(cè)序。因此克隆文庫(kù)稀釋度曲線(xiàn)和a多樣性指數(shù)曲線(xiàn)到平臺(tái)期,需要大量的工作量,算下來(lái)的花費(fèi)不一定比NGS少?寺∥膸(kù)唯一的優(yōu)勢(shì)就是,read可以測(cè)通16S全長(zhǎng),但是分析群落結(jié)構(gòu)時(shí),1.5K片段連接的效率不高。不過(guò),鑒定新種的時(shí)候還是很好用的。 |
金蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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