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harriet7929金蟲(chóng) (小有名氣)
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[交流]
用sybyl做分子對(duì)接后RMSD問(wèn)題
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| 用sybyl做分子對(duì)接，先把蛋白質(zhì)中的配體扣出來(lái)進(jìn)行docking，發(fā)現(xiàn)對(duì)接后打分在7以上，但similarity為0，這是什么原因？這樣的對(duì)接參數(shù)合理嗎？ |
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harriet7929
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3樓2015-09-13 08:57:34
zycz138
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harriet7929: 金幣+1 2015-09-13 08:57:57
小木蟲(chóng): 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
harriet7929: 金幣+1 2015-09-13 08:57:57
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你把參考配體和對(duì)接結(jié)果同時(shí)顯示在窗口中看看兩者疊合程度怎么樣，如果差的很大相似度自然就小 發(fā)自小木蟲(chóng)Android客戶端 |
2樓2015-09-13 08:31:36
fanc232
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harriet7929: 金幣+1 2015-09-18 16:19:43
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harriet7929: 金幣+1 2015-09-18 16:19:43
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插一句嘴，那這樣的對(duì)接結(jié)果當(dāng)然不好了。 首先講一下“大道理”： 分子對(duì)接構(gòu)象跟結(jié)晶實(shí)驗(yàn)的結(jié)果不匹配，說(shuō)明你這個(gè)對(duì)接模擬偏離真實(shí)情況，而偏離真實(shí)情況的模擬是沒(méi)有預(yù)測(cè)能力的，是沒(méi)有意義的。 然后說(shuō)一下“小方法”： 第一，sybyl的對(duì)接程序，不會(huì)只輸出一個(gè)對(duì)接構(gòu)象的，一般會(huì)有十個(gè)到幾十個(gè)吧。你再查查其它構(gòu)象怎么樣。（具體的去找軟件說(shuō)明書(shū)） 第二，我記得sybyl對(duì)接程序有四套默認(rèn)參數(shù)，對(duì)應(yīng)四個(gè)準(zhǔn)確程度，你選用準(zhǔn)確程度更高的那套參數(shù)吧。具體找找說(shuō)明書(shū)。 第三，也可以自己調(diào)整具體參數(shù)，還可以自己選擇和調(diào)整consensus score，具體的看看說(shuō)明書(shū)  |
4樓2015-09-14 09:46:46
zycz138
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5樓2015-09-15 08:14:07
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