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harriet7929金蟲 (小有名氣)
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[交流]
用sybyl做分子對接后RMSD問題
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| 用sybyl做分子對接，先把蛋白質(zhì)中的配體扣出來進行docking，發(fā)現(xiàn)對接后打分在7以上，但similarity為0，這是什么原因？這樣的對接參數(shù)合理嗎？ |
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harriet7929: 金幣+1 2015-09-18 16:19:43
小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖
harriet7929: 金幣+1 2015-09-18 16:19:43
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插一句嘴，那這樣的對接結(jié)果當然不好了。 首先講一下“大道理”： 分子對接構(gòu)象跟結(jié)晶實驗的結(jié)果不匹配，說明你這個對接模擬偏離真實情況，而偏離真實情況的模擬是沒有預測能力的，是沒有意義的。 然后說一下“小方法”： 第一，sybyl的對接程序，不會只輸出一個對接構(gòu)象的，一般會有十個到幾十個吧。你再查查其它構(gòu)象怎么樣。（具體的去找軟件說明書） 第二，我記得sybyl對接程序有四套默認參數(shù)，對應四個準確程度，你選用準確程度更高的那套參數(shù)吧。具體找找說明書。 第三，也可以自己調(diào)整具體參數(shù)，還可以自己選擇和調(diào)整consensus score，具體的看看說明書  |
4樓2015-09-14 09:46:46
zycz138
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harriet7929: 金幣+1 2015-09-13 08:57:57
小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖
harriet7929: 金幣+1 2015-09-13 08:57:57
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你把參考配體和對接結(jié)果同時顯示在窗口中看看兩者疊合程度怎么樣，如果差的很大相似度自然就小 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
2樓2015-09-13 08:31:36
harriet7929
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3樓2015-09-13 08:57:34
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5樓2015-09-15 08:14:07
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