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huxing5066金蟲 (小有名氣)
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[求助]
NCBI上blast一段基因序列時(shí)的問題~求大神解答呢~ 已有1人參與
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問題如下：在NCBI上blast一段大腸桿菌基因序列時(shí)(我期望得到基他非大腸桿菌上的類似功能的基因片段)，但是顯示的前100位都是大腸桿菌的片段，如何顯示100位以后其他不同菌株的基因呀？不知道這個(gè)問題我描述清楚了嗎？希望大神能給我實(shí)際的指導(dǎo)~ PS：我是務(wù)實(shí)派，解答越詳細(xì)，相應(yīng)金幣將給越多，不相關(guān)的回答將不給金幣~ |
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baichi121234
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2樓2015-09-14 00:31:07
liuderong
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【答案】應(yīng)助回帖
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blast頁(yè)面有設(shè)置顯示結(jié)果數(shù)目的選項(xiàng)，進(jìn)入NCBI的blast界面（就是那個(gè)可以粘貼序列的界面），把網(wǎng)頁(yè)拉到最下面，注意看網(wǎng)站的左下方，有一個(gè)“+Algorithm parameters ”（在那個(gè)的“blast”點(diǎn)擊按鈕的下面），點(diǎn)擊那個(gè)“+”號(hào)就可以進(jìn)入設(shè)置菜單，設(shè)置“Max target sequences”就可以顯示更多的比對(duì)結(jié)果。 其實(shí)你這種任務(wù)應(yīng)該用本地blast，那個(gè)復(fù)雜一點(diǎn)，可以自己到網(wǎng)上找資料看看。 |
3樓2015-09-16 11:40:23
huxing5066
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4樓2015-09-19 10:07:13
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5樓2015-09-21 20:45:43
liuderong
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假設(shè)你提交了一條未知序列X，blast之后得到很多結(jié)果，分別是序列A、B、C......。我就以序列A為例子說明。Descriptions是對(duì)序列A的注釋，描述A是一條什么樣的序列。max score和Total score是比對(duì)的評(píng)分，具體的解釋涉及blast的算法（隱馬爾科夫模型和打分矩陣這兩個(gè)算法），我也解釋不清楚，你可以到網(wǎng)上搜搜，總的意思就是分值越高相似性越高。Query cover是匹配片段的跨度，E value 類似于統(tǒng)計(jì)學(xué)上的P值，評(píng)價(jià)可信度的。Iednt是X和A中含相同的堿基或者氨基酸數(shù)目。Accession是A在NCBI的登陸號(hào)。 blast僅僅能提供一種分類的參考依據(jù)，而不能僅靠blast結(jié)果直接分類蛋白。首先你要明確分類的標(biāo)準(zhǔn)，比如植物蛋白和動(dòng)物蛋白、膜蛋白和核蛋白、LRR家族蛋白、Ig家族蛋白等等。兩個(gè)蛋白要完全相同才能算是同一種，至于是不是同一類那就不好區(qū)分了，比如我要區(qū)分LRR家族和非LRR家族，只要兩個(gè)蛋白同時(shí)具備LRR結(jié)構(gòu)域，那即使他們相似性很低（<10%），那也可以歸為一類，而如果沒有LRR家族，則相似性到99%都不能歸為同一類。要先定標(biāo)準(zhǔn)，然后再分類。 多提一句，蛋白歸類一般根據(jù)結(jié)構(gòu)域來卻分，SMART（http://smart.embl-heidelberg.de/）和Pfam（http://pfam.xfam.org/）都是可以查詢結(jié)構(gòu)域的，你可以看看。 |
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huxing50666樓2015-09-22 12:26:21
huxing5066
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