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小木蟲論壇-學術科研互動平臺 » 生物醫(yī)藥區(qū) » 分子生物 » 存檔舊帖 » NCBI上Blast問題
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NCBI上Blast問題
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我把自己做的一個PCR產物連到pMD19-T克隆載體中，然后提取質粒在華大基因測序，測序結果成功，沒出現(xiàn)什么問題。之后，我分析測序結果，將載體上的序列去掉，只剩下422bp插入子的序列。 將422bp序列在NCBI上Blast，起初選的是Somewhat similar sequences (blastn)這一項，出來很多條，有很多都不是我們做的物種的，我們做的是植物的，卻出來很多動物的。選擇Highly similar sequences (megablast) 這一項后，只出來了5條序列，全都是植物的，并且全是我們所做的一個屬的（楊屬）。5條序列中，有兩條是預測蛋白質（Populus trichocarpa predicted protein, mRNA），有一條是unknown mRNA ，只有一條是complete cds，正好complete cds的這條是我們做的基因的，但它只排在第四。 我想問一下： ①Blast時，是不是先選Somewhat similar sequences (blastn)。有時當選Highly similar sequences (megablast)時卻沒有結果，那么是不是Somewhat similar sequences (blastn)的參考價值也不大？ ②我做的Highly similar sequences (megablast)里的5條序列中，predicted protein、unknown mRNA 與complete cds相比，是不是complete cds的參考價值最大？在寫論文時，要不要把predicted protein和unknown mRNA的這兩類結果也寫進去？ 麻煩大家了！不勝感激�。�！ |
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