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夢黎科研金蟲 (小有名氣)
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[求助]
怎樣查找一個屬的特有序列呢？求教高手！ 已有2人參與
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在做假單胞菌屬的分析，需要查找到假單胞菌屬的特有基因序列，但是無從下手。 已在Goog學術(shù)，幾web of science查過相關(guān)文章，大部分只是敘述了相關(guān)蛋白或功能基因，一來沒有公開序列，二來也沒有說明是否是該屬特有的。 頭疼中…… 等待高手。 |
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fengjunchen
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西門吹雪170: 金幣+3, 鼓勵回帖交流 2015-10-03 21:51:42
西門吹雪170: 金幣+3, 鼓勵回帖交流 2015-10-03 21:51:42
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不知你是要特有序列做啥……如果是FISH那類的原位分析，最好能找到相應(yīng)的文獻直接用人家的探針序列，比新手自己設(shè)計靠譜；如果是想設(shè)計引物pcr鑒定樣品里有沒有假單胞菌，先要確定用哪個基因檢測，最好是假單胞菌特有的功能基因。 自己設(shè)計引物的話蠻麻煩的，最好能搜文獻找到別人已設(shè)計好的，不然新手自己設(shè)計不一定好用。 如果非得自己設(shè)計，那么就在ncbi的序列搜索中搜索那個基因的序列，右側(cè)filter下面根據(jù)物種的tree來選擇所有假單胞菌的序列來分析其保守序列，我是用DNAman看序列比對；再下載此功能基因在其他科屬中存在的序列，其他一個屬下載一兩條即可，然后分析上面找的那些保守序列哪些是假單胞菌特有的，就可以按照這些特有的保守序列設(shè)計引物。 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
6樓2015-10-01 10:39:12
2樓2015-09-29 19:18:20
夢黎科研
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能具體點嗎？怎樣拿到其特有序列呢？ 最終目的，是今后在重新檢測一個菌是否為該菌時，只用特有序列設(shè)計出來的引物擴增有條帶即可。還請不吝賜教。 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
3樓2015-09-30 23:38:13
4樓2015-10-01 10:23:42
hellfire911
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全基因組測序，再和其他姊妹屬比較，選取合適的基因位點，設(shè)計引物，但最終還得測序，現(xiàn)在的基因條形碼在部分微生物上還不是單一序列能解決的問題，突變太快 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
5樓2015-10-01 10:29:56
夢黎科研
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7樓2015-10-02 20:56:42
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這位chen大哥所講有操作步驟，我想問一下，假單胞菌屬基因好處理，但是如何把它和其他物種區(qū)分開呢？其他物種是隨便選一些還是怎么處理呢……？ 另外，最終是想把它和其他物種的全序列分開，只用blast只查到其他物種的16S序列。我想問，16S序列是物種基因里最保守的部分，一個物種的16S會與其他物種全基因組中的某段序列相同嗎？ 我想和自己的全基因組不太會，但是和其他物種應(yīng)該會的。這種情況下，要達到原來的目的，處理思路是怎樣的呢？ 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
8樓2015-10-02 21:15:40
fengjunchen
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以16s為例，其序列還是相對保守的，保守區(qū)與可變區(qū)交錯分布。像環(huán)境樣品的二代測序確定種群分布，很多就是根據(jù)保守區(qū)來設(shè)計引物測可變區(qū)的序列（比如V3-V5），測序后就能知道樣品里有啥物種了。具體我忘了精確度了，好像是能到 屬 的？你自己查查看吧，16s二代測序和FISH的知識背景，應(yīng)該能給你些啟發(fā)的；當然可能也只是啟發(fā)和借鑒，似乎和你想做的活兒還不太一樣。真讓我細解釋我也說不清楚 (>_<  發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
9樓2015-10-03 01:04:35
10樓2015-10-03 09:27:56
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