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夢黎科研金蟲 (小有名氣)
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[求助]
怎樣查找一個屬的特有序列呢？求教高手！ 已有2人參與
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在做假單胞菌屬的分析，需要查找到假單胞菌屬的特有基因序列，但是無從下手。 已在Goog學術(shù)，幾web of science查過相關(guān)文章，大部分只是敘述了相關(guān)蛋白或功能基因，一來沒有公開序列，二來也沒有說明是否是該屬特有的。 頭疼中…… 等待高手。 |
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fengjunchen
銅蟲 (小有名氣)
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- 專業(yè): 環(huán)境微生物學
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以16s為例，其序列還是相對保守的，保守區(qū)與可變區(qū)交錯分布。像環(huán)境樣品的二代測序確定種群分布，很多就是根據(jù)保守區(qū)來設(shè)計引物測可變區(qū)的序列（比如V3-V5），測序后就能知道樣品里有啥物種了。具體我忘了精確度了，好像是能到 屬 的？你自己查查看吧，16s二代測序和FISH的知識背景，應該能給你些啟發(fā)的；當然可能也只是啟發(fā)和借鑒，似乎和你想做的活兒還不太一樣。真讓我細解釋我也說不清楚 (>_<  發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
9樓2015-10-03 01:04:35
2樓2015-09-29 19:18:20
夢黎科研
金蟲 (小有名氣)
- 應助: 3 (幼兒園)
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- 專業(yè): 遺傳學研究新技術(shù)與方法
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能具體點嗎？怎樣拿到其特有序列呢？ 最終目的，是今后在重新檢測一個菌是否為該菌時，只用特有序列設(shè)計出來的引物擴增有條帶即可。還請不吝賜教。 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
3樓2015-09-30 23:38:13
4樓2015-10-01 10:23:42
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