 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 查看: 2490 | 回復(fù): 14 | |||
aizazadi525鐵桿木蟲 (正式寫手)
|
[求助]
能量?jī)?yōu)化之后還是大于1000 已有2人參與
|
|
小蟲剛接觸gromacs，現(xiàn)在在對(duì)一個(gè)自己對(duì)接的蛋白復(fù)合物進(jìn)行動(dòng)力學(xué)模擬，在能量?jī)?yōu)化過程中，使用如下.mdp文件 ; Title of run ; Parameters describing what to do, when to stop and what to save integrator = steep ; Algorithm (steep = steepest descent minimization) emtol = 1000.0 ; Stop minimization when the maximum force < 10.0 kJ/mol emstep = 0.01 ; Energy step size nsteps = 50000 ; Maximum number of (minimization) steps to perform energygrps = system ; Which energy group(s) to write to disk ; Parameters describing how to find the neighbors of each atom and how to calculate the interactions nstlist = 1 ; Frequency to update the neighbor list and long range forces ns_type = grid ; Method to determine neighbor list (simple, grid) rlist = 1.0 ; Cut-off for making neighbor list (short range forces) coulombtype = PME ; Treatment of long range electrostatic interactions rcoulomb = 1.0 ; long range electrostatic cut-off rvdw = 1.0 ; long range Van der Waals cut-off pbc = xyz ; Periodic Boundary Conditions (yes/no) 但是運(yùn)行總是很快就結(jié)束了，返回結(jié)果說： Stepsize too small, or no change in energy. Converged to machine precision, but not to the requested precision Fmax< 1000 試著調(diào)了幾個(gè)參數(shù)，如把nsteps調(diào)整為100000，或把emstep調(diào)整為0.02或0.03，但還是出現(xiàn)同樣的結(jié)果。想著不報(bào)錯(cuò)就繼續(xù)運(yùn)行，但是在NVT平衡的時(shí)候，就會(huì)出現(xiàn)LINCE WARNING,出現(xiàn)太多程序就自動(dòng)停止了。 有沒有哪位大神知道一下，這種情況該如何處理。謝謝了！！ 2015-11-06_172833.png 2015-11-06_172803.png 2015-11-06_172600.png |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
求調(diào)劑院校信息
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
085600材料與化工306
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
286求調(diào)劑
已經(jīng)有10人回復(fù)
-
328求調(diào)劑，英語(yǔ)六級(jí)551，有科研經(jīng)歷
已經(jīng)有9人回復(fù)
-
一志愿北京化工大學(xué)070300 學(xué)碩336求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
286分人工智能專業(yè)請(qǐng)求調(diào)劑愿意跨考！
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
資源與環(huán)境 調(diào)劑申請(qǐng)(333分)
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
280求調(diào)劑
已經(jīng)有12人回復(fù)
-
269專碩求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
材料學(xué)碩301分求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
angjzy
木蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 5 (幼兒園)
- 金幣: 1745.2
- 散金: 1491
- 紅花: 5
- 帖子: 251
- 在線: 172.3小時(shí)
- 蟲號(hào): 647898
- 注冊(cè): 2008-11-06
- 專業(yè): 藥物材料
2樓2015-11-06 21:11:52
awaken2013
銅蟲 (小有名氣)
- 模擬EPI: 2
- 應(yīng)助: 26 (小學(xué)生)
- 金幣: 137.9
- 紅花: 15
- 帖子: 243
- 在線: 149.6小時(shí)
- 蟲號(hào): 2854550
- 注冊(cè): 2013-12-07
- 性別: GG
- 專業(yè): 生物大分子結(jié)構(gòu)與功能
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
aizazadi525: 金幣+10, ★★★很有幫助 2015-11-09 11:07:28
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
aizazadi525: 金幣+10, ★★★很有幫助 2015-11-09 11:07:28
|
只能說你自己對(duì)接的這個(gè)構(gòu)象，無(wú)法被能量最小化到1000以內(nèi)。（報(bào)錯(cuò)寫的很清楚） 樓上說的方法可能可行。 若不行，還是仔細(xì)要看看你對(duì)接的結(jié)果 |
» 本帖已獲得的紅花（最新10朵）
aizazadi5253樓2015-11-09 02:10:58
aizazadi525
鐵桿木蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 2 (幼兒園)
- 金幣: 5372.7
- 散金: 5
- 紅花: 7
- 帖子: 625
- 在線: 377.2小時(shí)
- 蟲號(hào): 1146537
- 注冊(cè): 2010-11-14
- 性別: GG
- 專業(yè): 高分子合成化學(xué)
4樓2015-11-09 15:32:34
aizazadi525
鐵桿木蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 2 (幼兒園)
- 金幣: 5372.7
- 散金: 5
- 紅花: 7
- 帖子: 625
- 在線: 377.2小時(shí)
- 蟲號(hào): 1146537
- 注冊(cè): 2010-11-14
- 性別: GG
- 專業(yè): 高分子合成化學(xué)
5樓2015-11-09 17:02:35
aizazadi525
鐵桿木蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 2 (幼兒園)
- 金幣: 5372.7
- 散金: 5
- 紅花: 7
- 帖子: 625
- 在線: 377.2小時(shí)
- 蟲號(hào): 1146537
- 注冊(cè): 2010-11-14
- 性別: GG
- 專業(yè): 高分子合成化學(xué)
6樓2015-11-09 17:05:42
aizazadi525
鐵桿木蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 2 (幼兒園)
- 金幣: 5372.7
- 散金: 5
- 紅花: 7
- 帖子: 625
- 在線: 377.2小時(shí)
- 蟲號(hào): 1146537
- 注冊(cè): 2010-11-14
- 性別: GG
- 專業(yè): 高分子合成化學(xué)
7樓2015-11-09 21:40:06
awaken2013
銅蟲 (小有名氣)
- 模擬EPI: 2
- 應(yīng)助: 26 (小學(xué)生)
- 金幣: 137.9
- 紅花: 15
- 帖子: 243
- 在線: 149.6小時(shí)
- 蟲號(hào): 2854550
- 注冊(cè): 2013-12-07
- 性別: GG
- 專業(yè): 生物大分子結(jié)構(gòu)與功能
8樓2015-11-10 00:03:27
aizazadi525
鐵桿木蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 2 (幼兒園)
- 金幣: 5372.7
- 散金: 5
- 紅花: 7
- 帖子: 625
- 在線: 377.2小時(shí)
- 蟲號(hào): 1146537
- 注冊(cè): 2010-11-14
- 性別: GG
- 專業(yè): 高分子合成化學(xué)
|
你好！我的蛋白是直接從PDB數(shù)據(jù)庫(kù)中下載的，使用Chimera軟件修復(fù)了氨基酸殘基，里邊的配體是我們自己分離得到的。我用sybyl軟件構(gòu)建了配體的三維結(jié)構(gòu)、并進(jìn)行了能量?jī)?yōu)化、構(gòu)象優(yōu)化。隨后使用了Surflex dock模塊進(jìn)行了對(duì)接，在對(duì)接前對(duì)蛋白進(jìn)行了加氫、加電荷及一些優(yōu)化。對(duì)對(duì)接結(jié)果另存為PDB文件，然后進(jìn)行MD模擬。這就是我的試驗(yàn)流程。我自己在網(wǎng)上也百度了一些解決方法，如2樓說的修改原子的坐標(biāo)、修改integrator參數(shù)為cg、修改emstep為0.00001等方法，輸出結(jié)果還是stepsize too small。你說的這個(gè)優(yōu)化蛋白，可不可以給以個(gè)具體的方法？謝謝了！ |
9樓2015-11-10 13:33:48
awaken2013
銅蟲 (小有名氣)
- 模擬EPI: 2
- 應(yīng)助: 26 (小學(xué)生)
- 金幣: 137.9
- 紅花: 15
- 帖子: 243
- 在線: 149.6小時(shí)
- 蟲號(hào): 2854550
- 注冊(cè): 2013-12-07
- 性別: GG
- 專業(yè): 生物大分子結(jié)構(gòu)與功能
10樓2015-11-10 22:13:49
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 aizazadi525 的主題更新
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 一志愿211，0703化學(xué)310分求調(diào)劑 +3 | 努力奮斗112 2026-03-15 | 3/150 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研]
 一志愿東華大學(xué)控制學(xué)碩320求調(diào)劑
+3
|
Grand777 2026-03-21 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 0703化學(xué)297求調(diào)劑 +3 | Daisy☆ 2026-03-20 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 0805材料320求調(diào)劑 +3 | 深海物語(yǔ) 2026-03-20 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 機(jī)械專碩299求調(diào)劑至材料 +3 | kkcoco25 2026-03-16 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 303求調(diào)劑 +5 | 睿08 2026-03-17 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 二本跨考鄭大材料306英一數(shù)二 +3 | z1z2z3879 2026-03-17 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 材料 336 求調(diào)劑 +3 | An@. 2026-03-18 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 324分 085600材料化工求調(diào)劑 +4 | llllkkkhh 2026-03-18 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 085600材料與化工 +8 | 安全上岸！ 2026-03-16 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 藥學(xué)383 求調(diào)劑 +3 | 藥學(xué)chy 2026-03-15 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 一志愿中南化學(xué)（0703）總分337求調(diào)劑 +8 | niko- 2026-03-19 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 一志愿吉林大學(xué)材料學(xué)碩321求調(diào)劑 +11 | Ymlll 2026-03-18 | 15/750 |
|
|
|
[考研] 材料與化工專碩調(diào)劑 +7 | heming3743 2026-03-16 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 環(huán)境工程調(diào)劑 +9 | 大可digkids 2026-03-16 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 生物學(xué)調(diào)劑招人�。。� +3 | 山海天嵐 2026-03-17 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 一志愿985，本科211，0817化學(xué)工程與技術(shù)319求調(diào)劑 +10 | Liwangman 2026-03-15 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 085601專碩，總分342求調(diào)劑，地區(qū)不限 +5 | share_joy 2026-03-16 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 考研調(diào)劑 +3 | 淇ya_~ 2026-03-17 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 070300化學(xué)學(xué)碩求調(diào)劑 +6 | 太想進(jìn)步了0608 2026-03-16 | 6/300 |
|