 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 2494 | 回復(fù): 14 | ||
| 當(dāng)前只顯示滿足指定條件的回帖，點擊這里查看本話題的所有回帖 | ||
aizazadi525鐵桿木蟲 (正式寫手)
|
[求助]
能量優(yōu)化之后還是大于1000 已有2人參與
|
|
|
小蟲剛接觸gromacs，現(xiàn)在在對一個自己對接的蛋白復(fù)合物進行動力學(xué)模擬，在能量優(yōu)化過程中，使用如下.mdp文件 ; Title of run ; Parameters describing what to do, when to stop and what to save integrator = steep ; Algorithm (steep = steepest descent minimization) emtol = 1000.0 ; Stop minimization when the maximum force < 10.0 kJ/mol emstep = 0.01 ; Energy step size nsteps = 50000 ; Maximum number of (minimization) steps to perform energygrps = system ; Which energy group(s) to write to disk ; Parameters describing how to find the neighbors of each atom and how to calculate the interactions nstlist = 1 ; Frequency to update the neighbor list and long range forces ns_type = grid ; Method to determine neighbor list (simple, grid) rlist = 1.0 ; Cut-off for making neighbor list (short range forces) coulombtype = PME ; Treatment of long range electrostatic interactions rcoulomb = 1.0 ; long range electrostatic cut-off rvdw = 1.0 ; long range Van der Waals cut-off pbc = xyz ; Periodic Boundary Conditions (yes/no) 但是運行總是很快就結(jié)束了，返回結(jié)果說： Stepsize too small, or no change in energy. Converged to machine precision, but not to the requested precision Fmax< 1000 試著調(diào)了幾個參數(shù)，如把nsteps調(diào)整為100000，或把emstep調(diào)整為0.02或0.03，但還是出現(xiàn)同樣的結(jié)果。想著不報錯就繼續(xù)運行，但是在NVT平衡的時候，就會出現(xiàn)LINCE WARNING,出現(xiàn)太多程序就自動停止了。 有沒有哪位大神知道一下，這種情況該如何處理。謝謝了��！ 2015-11-06_172833.png 2015-11-06_172803.png 2015-11-06_172600.png |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
一志愿華中科技大學(xué)071000，求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
生物學(xué)一志愿985，分?jǐn)?shù)349求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
生物學(xué)調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
求調(diào)劑院校信息
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
085600材料與化工306
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
286求調(diào)劑
已經(jīng)有10人回復(fù)
-
328求調(diào)劑，英語六級551，有科研經(jīng)歷
已經(jīng)有9人回復(fù)
-
一志愿北京化工大學(xué)070300 學(xué)碩336求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
286分人工智能專業(yè)請求調(diào)劑愿意跨考！
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
資源與環(huán)境 調(diào)劑申請(333分)
已經(jīng)有5人回復(fù)
awaken2013
銅蟲 (小有名氣)
- 模擬EPI: 2
- 應(yīng)助: 26 (小學(xué)生)
- 金幣: 137.9
- 紅花: 15
- 帖子: 243
- 在線: 149.6小時
- 蟲號: 2854550
- 注冊: 2013-12-07
- 性別: GG
- 專業(yè): 生物大分子結(jié)構(gòu)與功能
8樓2015-11-10 00:03:27
angjzy
木蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 5 (幼兒園)
- 金幣: 1745.2
- 散金: 1491
- 紅花: 5
- 帖子: 251
- 在線: 172.3小時
- 蟲號: 647898
- 注冊: 2008-11-06
- 專業(yè): 藥物材料
2樓2015-11-06 21:11:52
awaken2013
銅蟲 (小有名氣)
- 模擬EPI: 2
- 應(yīng)助: 26 (小學(xué)生)
- 金幣: 137.9
- 紅花: 15
- 帖子: 243
- 在線: 149.6小時
- 蟲號: 2854550
- 注冊: 2013-12-07
- 性別: GG
- 專業(yè): 生物大分子結(jié)構(gòu)與功能
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
aizazadi525: 金幣+10, ★★★很有幫助 2015-11-09 11:07:28
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
aizazadi525: 金幣+10, ★★★很有幫助 2015-11-09 11:07:28
|
只能說你自己對接的這個構(gòu)象，無法被能量最小化到1000以內(nèi)。（報錯寫的很清楚） 樓上說的方法可能可行。 若不行，還是仔細(xì)要看看你對接的結(jié)果 |
» 本帖已獲得的紅花（最新10朵）
aizazadi5253樓2015-11-09 02:10:58
aizazadi525
鐵桿木蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 2 (幼兒園)
- 金幣: 5372.7
- 散金: 5
- 紅花: 7
- 帖子: 625
- 在線: 377.2小時
- 蟲號: 1146537
- 注冊: 2010-11-14
- 性別: GG
- 專業(yè): 高分子合成化學(xué)
4樓2015-11-09 15:32:34
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 286求調(diào)劑 +10 | Faune 2026-03-21 | 10/500 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 328求調(diào)劑，英語六級551，有科研經(jīng)歷 +5 | 生物工程調(diào)劑 2026-03-17 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 化學(xué)調(diào)劑 +5 | yzysaa 2026-03-21 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 材料學(xué)碩333求調(diào)劑 +3 | 北道巷 2026-03-18 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 302求調(diào)劑 +12 | 呼呼呼。。。。 2026-03-17 | 12/600 |
|
|
|
[考研] 277材料科學(xué)與工程080500求調(diào)劑 +6 | 自由煎餅果子 2026-03-16 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 一志愿重慶大學(xué)085700資源與環(huán)境總分308求調(diào)劑 +7 | 墨墨漠 2026-03-20 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 279分求調(diào)劑 一志愿211 +14 | chaojifeixia 2026-03-19 | 15/750 |
|
|
|
[考研] 316求調(diào)劑 +6 | 梁茜雯 2026-03-19 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 307求調(diào)劑 +3 | wyyyqx 2026-03-17 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 311求調(diào)劑 +5 | 冬十三 2026-03-18 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 一志愿 西北大學(xué) ，070300化學(xué)學(xué)碩，總分287，雙非一本，求調(diào)劑。 +4 | 晨昏線與星海 2026-03-19 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 329求調(diào)劑 +9 | 想上學(xué)吖吖 2026-03-19 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑一志愿南京航空航天大學(xué)289分 +3 | @taotao 2026-03-19 | 3/150 |
|
|
|
[考研]
 295復(fù)試調(diào)劑
+8
|
簡木ChuFront 2026-03-19 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 一志愿華中農(nóng)業(yè)071010，總分320求調(diào)劑 +3 | 困困困困坤坤 2026-03-20 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿南理工085701環(huán)境302求調(diào)劑院校 +3 | 葵梓衛(wèi)隊 2026-03-20 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 085600材料與化工求調(diào)劑 +6 | 緒幸與子 2026-03-17 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 0854可跨調(diào)劑，一作一項核心論文五項專利，省、國級證書40+數(shù)一英一287 +8 | 小李0854 2026-03-16 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 生物學(xué)071000 329分求調(diào)劑 +3 | 我愛生物生物愛?/a> 2026-03-17 | 3/150 |
|