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aizazadi525鐵桿木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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[求助]
能量?jī)?yōu)化之后還是大于1000 已有2人參與
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小蟲(chóng)剛接觸gromacs，現(xiàn)在在對(duì)一個(gè)自己對(duì)接的蛋白復(fù)合物進(jìn)行動(dòng)力學(xué)模擬，在能量?jī)?yōu)化過(guò)程中，使用如下.mdp文件 ; Title of run ; Parameters describing what to do, when to stop and what to save integrator = steep ; Algorithm (steep = steepest descent minimization) emtol = 1000.0 ; Stop minimization when the maximum force < 10.0 kJ/mol emstep = 0.01 ; Energy step size nsteps = 50000 ; Maximum number of (minimization) steps to perform energygrps = system ; Which energy group(s) to write to disk ; Parameters describing how to find the neighbors of each atom and how to calculate the interactions nstlist = 1 ; Frequency to update the neighbor list and long range forces ns_type = grid ; Method to determine neighbor list (simple, grid) rlist = 1.0 ; Cut-off for making neighbor list (short range forces) coulombtype = PME ; Treatment of long range electrostatic interactions rcoulomb = 1.0 ; long range electrostatic cut-off rvdw = 1.0 ; long range Van der Waals cut-off pbc = xyz ; Periodic Boundary Conditions (yes/no) 但是運(yùn)行總是很快就結(jié)束了，返回結(jié)果說(shuō)： Stepsize too small, or no change in energy. Converged to machine precision, but not to the requested precision Fmax< 1000 試著調(diào)了幾個(gè)參數(shù)，如把nsteps調(diào)整為100000，或把emstep調(diào)整為0.02或0.03，但還是出現(xiàn)同樣的結(jié)果。想著不報(bào)錯(cuò)就繼續(xù)運(yùn)行，但是在NVT平衡的時(shí)候，就會(huì)出現(xiàn)LINCE WARNING,出現(xiàn)太多程序就自動(dòng)停止了。 有沒(méi)有哪位大神知道一下，這種情況該如何處理。謝謝了��！ 2015-11-06_172833.png 2015-11-06_172803.png 2015-11-06_172600.png |
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aizazadi525: 金幣+10, ★★★很有幫助 2015-11-09 11:07:28
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只能說(shuō)你自己對(duì)接的這個(gè)構(gòu)象，無(wú)法被能量最小化到1000以內(nèi)。（報(bào)錯(cuò)寫(xiě)的很清楚） 樓上說(shuō)的方法可能可行。 若不行，還是仔細(xì)要看看你對(duì)接的結(jié)果 |
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aizazadi5253樓2015-11-09 02:10:58
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5樓2015-11-09 17:02:35
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8樓2015-11-10 00:03:27
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你好！我的蛋白是直接從PDB數(shù)據(jù)庫(kù)中下載的，使用Chimera軟件修復(fù)了氨基酸殘基，里邊的配體是我們自己分離得到的。我用sybyl軟件構(gòu)建了配體的三維結(jié)構(gòu)、并進(jìn)行了能量?jī)?yōu)化、構(gòu)象優(yōu)化。隨后使用了Surflex dock模塊進(jìn)行了對(duì)接，在對(duì)接前對(duì)蛋白進(jìn)行了加氫、加電荷及一些優(yōu)化。對(duì)對(duì)接結(jié)果另存為PDB文件，然后進(jìn)行MD模擬。這就是我的試驗(yàn)流程。我自己在網(wǎng)上也百度了一些解決方法，如2樓說(shuō)的修改原子的坐標(biāo)、修改integrator參數(shù)為cg、修改emstep為0.00001等方法，輸出結(jié)果還是stepsize too small。你說(shuō)的這個(gè)優(yōu)化蛋白，可不可以給以個(gè)具體的方法？謝謝了！ |
9樓2015-11-10 13:33:48
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10樓2015-11-10 22:13:49
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