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aizazadi525鐵桿木蟲 (正式寫手)
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[求助]
能量優(yōu)化之后還是大于1000 已有2人參與
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小蟲剛接觸gromacs，現(xiàn)在在對一個自己對接的蛋白復(fù)合物進(jìn)行動力學(xué)模擬，在能量優(yōu)化過程中，使用如下.mdp文件 ; Title of run ; Parameters describing what to do, when to stop and what to save integrator = steep ; Algorithm (steep = steepest descent minimization) emtol = 1000.0 ; Stop minimization when the maximum force < 10.0 kJ/mol emstep = 0.01 ; Energy step size nsteps = 50000 ; Maximum number of (minimization) steps to perform energygrps = system ; Which energy group(s) to write to disk ; Parameters describing how to find the neighbors of each atom and how to calculate the interactions nstlist = 1 ; Frequency to update the neighbor list and long range forces ns_type = grid ; Method to determine neighbor list (simple, grid) rlist = 1.0 ; Cut-off for making neighbor list (short range forces) coulombtype = PME ; Treatment of long range electrostatic interactions rcoulomb = 1.0 ; long range electrostatic cut-off rvdw = 1.0 ; long range Van der Waals cut-off pbc = xyz ; Periodic Boundary Conditions (yes/no) 但是運行總是很快就結(jié)束了，返回結(jié)果說： Stepsize too small, or no change in energy. Converged to machine precision, but not to the requested precision Fmax< 1000 試著調(diào)了幾個參數(shù)，如把nsteps調(diào)整為100000，或把emstep調(diào)整為0.02或0.03，但還是出現(xiàn)同樣的結(jié)果。想著不報錯就繼續(xù)運行，但是在NVT平衡的時候，就會出現(xiàn)LINCE WARNING,出現(xiàn)太多程序就自動停止了。 有沒有哪位大神知道一下，這種情況該如何處理。謝謝了��！ 2015-11-06_172833.png 2015-11-06_172803.png 2015-11-06_172600.png |
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2樓2015-11-06 21:11:52
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【答案】應(yīng)助回帖
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aizazadi525: 金幣+10, ★★★很有幫助 2015-11-09 11:07:28
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aizazadi525: 金幣+10, ★★★很有幫助 2015-11-09 11:07:28
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只能說你自己對接的這個構(gòu)象，無法被能量最小化到1000以內(nèi)。（報錯寫的很清楚） 樓上說的方法可能可行。 若不行，還是仔細(xì)要看看你對接的結(jié)果 |
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aizazadi5253樓2015-11-09 02:10:58
aizazadi525
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4樓2015-11-09 15:32:34
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