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mvan新蟲 (初入文壇)
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[求助]
如何確定測(cè)序結(jié)果是否為目的片段？ 已有1人參與
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新新手一枚，求助大家如何確定測(cè)序結(jié)果是否為目的片段? 我用的通用引物沒(méi)有在我研究的物種中被使用過(guò)，近緣種中也沒(méi)有人使用過(guò)。可用來(lái)對(duì)比的參考序列都是其它目或同目不同科的物種的序列，對(duì)比后相似度在80%以下。 在NCBI上blast之后，和同屬另一物種相似度為84%。（同屬另一物種序列長(zhǎng)度是我的兩倍，所以肯定也不是同一個(gè)引物。） 不知道這種情況怎么確定目的片段呢？還請(qǐng)各位輕拍 |
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
西門吹雪170: 金幣+3, 鼓勵(lì)回帖交流 2015-11-11 22:57:32
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| 首先，你的目的條帶在NCBI上比對(duì)出來(lái)其他近緣物種的片段長(zhǎng)度是否差不多？同時(shí)，預(yù)測(cè)出你的編碼蛋白，同樣去ＮＣＢＩ比對(duì)，看多肽鏈長(zhǎng)度的差異。如果差不多長(zhǎng)，就說(shuō)明可能是正確的，序列間的差異來(lái)自物種間的差異。如果明顯地跟其他物種比較差異較大，說(shuō)明未拿到正確序列，可能還要繼續(xù)延長(zhǎng)你的片段。具體是不是你需要的片段，如果沒(méi)有參考基因組，就只能通過(guò)拿到更多的測(cè)序信息來(lái)確定你的序列是否正確了。 |
2樓2015-11-11 20:32:50
mvan
新蟲 (初入文壇)
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3樓2015-11-11 21:06:15
4樓2015-11-11 21:53:43
mvan
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5樓2015-11-11 22:22:16
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