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[求助]
MOE全新藥物分子設(shè)計，請賜教！
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| 用MOE做全新藥物設(shè)計，有些問題不太明白：1，在fragments模塊的scaffold R replacement中，OK后彈出vectors of wrong length，為啥？而將scoring 改成NONE后又會有些片段生成。。。2， fragment模塊是將數(shù)據(jù)庫中保存的整個片段對接到口袋部位？還是有連接不同片段或具有生長的功能？ 3，另外，打開的蛋白配體復(fù)合物，其Electrostatic Map 顯示的口袋的信息會根據(jù)不同的配體而變化嗎？還是因為口袋有伸縮的功能或和配體相互作用后引起氨基酸位置等變化？HELP中的教程好像不全，各位有好的教程，望指教！ |
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2樓2015-12-07 10:07:29
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樓主，您好。最近我也剛開始學(xué)MOE，有幾個問題想向您請教。我現(xiàn)在已經(jīng)有了片段化合物與蛋白的復(fù)合物結(jié)構(gòu)，我想對片段進行后續(xù)優(yōu)化，不知道該怎么進行，煩請樓主賜教。 我的想法是：（1）直接在接觸界面對分子添加Build，然后minize,找出能提高affinity的分子。這樣盲目性比較大，而且我想知道添加Build模塊后，軟件會不會進行蛋白+化合物的整體能量計算？（2）利用compute里面的fragment板塊，可以進行片段生長，這里我的問題是，如何讓分子生長到口袋里去，而不是隨機延伸。因為不專業(yè)，問的可能有問題。如果樓主有更好的建議或者操作方法，將不勝感激。期待您的回復(fù)。 |
3樓2018-06-11 16:47:56
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