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[求助]
MOE全新藥物分子設(shè)計(jì)，請(qǐng)賜教！
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| 用MOE做全新藥物設(shè)計(jì)，有些問題不太明白：1，在fragments模塊的scaffold R replacement中，OK后彈出vectors of wrong length，為啥？而將scoring 改成NONE后又會(huì)有些片段生成。。。2， fragment模塊是將數(shù)據(jù)庫中保存的整個(gè)片段對(duì)接到口袋部位？還是有連接不同片段或具有生長的功能？ 3，另外，打開的蛋白配體復(fù)合物，其Electrostatic Map 顯示的口袋的信息會(huì)根據(jù)不同的配體而變化嗎？還是因?yàn)榭诖猩炜s的功能或和配體相互作用后引起氨基酸位置等變化？HELP中的教程好像不全，各位有好的教程，望指教！ |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
廣西醫(yī)科大學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院自身免疫病課題組招收基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)相關(guān)專業(yè)的調(diào)劑研究生
已經(jīng)有2人回復(fù)
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藥理學(xué)論文潤色/翻譯怎么收費(fèi)?
已經(jīng)有155人回復(fù)
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樓主，您好。最近我也剛開始學(xué)MOE，有幾個(gè)問題想向您請(qǐng)教。我現(xiàn)在已經(jīng)有了片段化合物與蛋白的復(fù)合物結(jié)構(gòu)，我想對(duì)片段進(jìn)行后續(xù)優(yōu)化，不知道該怎么進(jìn)行，煩請(qǐng)樓主賜教。 我的想法是：（1）直接在接觸界面對(duì)分子添加Build，然后minize,找出能提高affinity的分子。這樣盲目性比較大，而且我想知道添加Build模塊后，軟件會(huì)不會(huì)進(jìn)行蛋白+化合物的整體能量計(jì)算？（2）利用compute里面的fragment板塊，可以進(jìn)行片段生長，這里我的問題是，如何讓分子生長到口袋里去，而不是隨機(jī)延伸。因?yàn)椴粚I(yè)，問的可能有問題。如果樓主有更好的建議或者操作方法，將不勝感激。期待您的回復(fù)。 |
3樓2018-06-11 16:47:56
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