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wyysunshine木蟲(chóng) (知名作家)
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[求助]
Modeltest尋找建樹(shù)模型求助~~ 已有3人參與
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正在做DNA序列分析，用到modeltest尋找建樹(shù)模型，操作步驟如下：（參考http://blog.sina.com.cn/s/blog_43b74ed60100dexh.html） 1、把序列使用ClustalX 1.83進(jìn)行比對(duì)，然后保存成PAUP識(shí)別的格式Nexus，然后導(dǎo)入至PAUP。 2、導(dǎo)入序列之后，在Modeltest的文件夾中，有一個(gè)paupblock的文件夾，里面有一個(gè)文件叫“modelblockPAUPb10”，然后在paup軟件中，file，open，就可以執(zhí)行這個(gè)命令了。就是paup用ML計(jì)算不同model下的似然值。如果序列比較多，且長(zhǎng)的話，需要計(jì)算一陣呢！ 3、運(yùn)行完這步之后，在paupblock文件夾中，會(huì)生成一個(gè)名為“model.scores”的文件。 4、安裝MrMTgui，完成之后，打開(kāi)界面，在下面會(huì)有MT path和PAUP path兩個(gè)按鈕，然后打開(kāi)，找到Modeltest和paup所在的文件夾，雙擊他們的安裝程序，就可以連接上兩個(gè)軟件了。 5、然后點(diǎn)擊左邊的按鈕“select file”，找到“model.scores”，之后，點(diǎn)擊按鈕“Modeltest！！”，然后就會(huì)出現(xiàn)運(yùn)行結(jié)果了。 6、會(huì)出現(xiàn)兩個(gè)運(yùn)行結(jié)果，一個(gè)是hLRT得出的結(jié)果，另一個(gè)是AIC給出的結(jié)果。 問(wèn)題出在第5步，點(diǎn)擊‘modeltest��！’之后，就出現(xiàn)了下面的提示，Execution of command ‘m.bat’ failed （error 2：the system cannot find the file specified.） 好像是說(shuō)一個(gè)文件找不到，但我并沒(méi)有改動(dòng)文件夾里的東西啊，運(yùn)行了好幾次都是這樣，不知道問(wèn)題出在哪里  help me plz modeltest.jpg |
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不明白，誰(shuí)對(duì)你說(shuō)的，Jmodeltest不能用貝葉斯，BEAST一樣用這些參數(shù)設(shè)定啊，而且算出來(lái)的ESS都很好啊，另外在用Mrbayes時(shí)候根本不用模型的，只用分段就好了，軟件會(huì)自動(dòng)搜索最適合模型的，你見(jiàn)過(guò)別人用這個(gè)軟件還要算Model的嗎? 反正我是沒(méi)見(jiàn)過(guò)。另外你說(shuō)的那個(gè)什么的MrMTgui有必要用嗎，直接在c盤(pán)下運(yùn)行dos命令窗口，不就算出來(lái)你想要的模型了？有那么麻煩嗎？甚至自己可以自己做個(gè)bat文件，想什么時(shí)候用都行啊。。 |
8樓2015-12-24 14:07:36
wyysunshine
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9樓2015-12-28 21:36:51
17173me007
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m.bat這個(gè)文件不見(jiàn)了，，你到官網(wǎng)或找售后咨詢下一個(gè)應(yīng)該就可以了 是批處理文件，補(bǔ)丁基本都是這種文件 發(fā)自小木蟲(chóng)Android客戶端 |
2樓2015-12-04 08:16:21
rommel1941
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4樓2015-12-18 20:14:13
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7樓2015-12-19 00:59:00
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