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[求助]
放線菌被細菌污染該怎么處理。 已有3人參與
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| 從土壤中分離的放線菌，想要進行16s 序列測定，經(jīng)過擴增測序，BLAST比對發(fā)現(xiàn)是沙雷氏菌。于是懷疑是細菌污染，著手驗證，然后，挑取斜面種進行劃線于高氏培養(yǎng)基上培養(yǎng)3天后，發(fā)現(xiàn)并無細菌污染，重新施用SDS法提取DNA，經(jīng)過測序發(fā)現(xiàn)比對仍然是沙雷氏菌，提取DNA的實驗藥品(能滅菌的），PCR管，以及EP管，水，MIX都是滅菌確認無誤的。擴增引物 選用的是 8-27F，1523R。求大神們棒棒忙 我該怎么做。 |
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371522029
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
lance-tan: 金幣+10, ★★★很有幫助 2015-12-07 10:22:45
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lance-tan: 金幣+10, ★★★很有幫助 2015-12-07 10:22:45
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首先你是原位不能培養(yǎng)打算測菌群結(jié)構(gòu)呢？還是其他情況。 對于原味測序的話，出現(xiàn)這種狀況，我建議你從兩方面考慮看看；第一，看看能否換一種適合放線菌的通用引物，杜絕使用能夠擴增細菌的引物；另外一方面就是DNA提取的方法，看看破壁的時候調(diào)整一下，盡量的多破放線菌，少破細菌，擴大放線菌的DNA比例。為了保險起見，我建議你引物擴增的產(chǎn)物不要太大，不要大于1000bp；最好250-350之間，擴增成功率大。 如果是可培養(yǎng)的，當然是平板分離咯。 另外，你還可以嘗試導(dǎo)入大腸桿菌構(gòu)建重組質(zhì)粒，進行測序。 |
5樓2015-12-07 01:09:52
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