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[求助]
放線菌被細(xì)菌污染該怎么處理。 已有3人參與
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| 從土壤中分離的放線菌，想要進(jìn)行16s 序列測(cè)定，經(jīng)過(guò)擴(kuò)增測(cè)序，BLAST比對(duì)發(fā)現(xiàn)是沙雷氏菌。于是懷疑是細(xì)菌污染，著手驗(yàn)證，然后，挑取斜面種進(jìn)行劃線于高氏培養(yǎng)基上培養(yǎng)3天后，發(fā)現(xiàn)并無(wú)細(xì)菌污染，重新施用SDS法提取DNA，經(jīng)過(guò)測(cè)序發(fā)現(xiàn)比對(duì)仍然是沙雷氏菌，提取DNA的實(shí)驗(yàn)藥品(能滅菌的），PCR管，以及EP管，水，MIX都是滅菌確認(rèn)無(wú)誤的。擴(kuò)增引物 選用的是 8-27F，1523R。求大神們棒棒忙 我該怎么做。 |
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4樓2015-12-07 01:02:00
后方大漏勺
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2樓2015-12-06 03:03:35
3樓2015-12-06 14:40:43
371522029
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
lance-tan: 金幣+10, ★★★很有幫助 2015-12-07 10:22:45
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
lance-tan: 金幣+10, ★★★很有幫助 2015-12-07 10:22:45
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首先你是原位不能培養(yǎng)打算測(cè)菌群結(jié)構(gòu)呢？還是其他情況。 對(duì)于原味測(cè)序的話，出現(xiàn)這種狀況，我建議你從兩方面考慮看看；第一，看看能否換一種適合放線菌的通用引物，杜絕使用能夠擴(kuò)增細(xì)菌的引物；另外一方面就是DNA提取的方法，看看破壁的時(shí)候調(diào)整一下，盡量的多破放線菌，少破細(xì)菌，擴(kuò)大放線菌的DNA比例。為了保險(xiǎn)起見(jiàn)，我建議你引物擴(kuò)增的產(chǎn)物不要太大，不要大于1000bp；最好250-350之間，擴(kuò)增成功率大。 如果是可培養(yǎng)的，當(dāng)然是平板分離咯。 另外，你還可以嘗試導(dǎo)入大腸桿菌構(gòu)建重組質(zhì)粒，進(jìn)行測(cè)序。 |
5樓2015-12-07 01:09:52
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