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[交流]
vasp用的pbs腳本問題 已有2人參與
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初學(xué)vasp，什么也不會(huì) #PBS -N ws2 #PBS -l nodes=1:ppn=12 cd $PBS_O_WORKDIR cp $PBS_NODEFILE node export P4_RSHCOMMAND=/usr/pbs/bin/pbs_remsh /usr/local/openmpi/bin/mpirun -np 12 -machinefile node /home/app/vasp5212.om > output 1.第4-6行是什么意思？ 2.怎么做能實(shí)現(xiàn)下面那種循環(huán)？ #!/bin/sh rm WAVECAR for i in 0.10 0.12 0.14 0.16 0.18 0.20 0.22 0.24 0.26 0.28 0.30 do cat > INCAR <<! SYSTEM = Al-fcc ENCUT = 250 ISTART = 0 ; ICHARG = 2 ISMEAR = 0; SIGMA = $i PREC = Accurate ! echo "SIGMA = $i eV" ; time vasp TS=‘grep "EENTRO" OUTCAR | tail -1 | awk ’{printf "%12.6f \n", $5 }’‘ echo $i $TS >>comment done |
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devinhu
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#PBS -N ws2 #PBS -l nodes=1:ppn=12 cd $PBS_O_WORKDIR cp $PBS_NODEFILE node export P4_RSHCOMMAND=/usr/pbs/bin/pbs_remsh rm WAVECAR for i in 0.10 0.12 0.14 0.16 0.18 0.20 0.22 0.24 0.26 0.28 0.30 do cat > INCAR <<! SYSTEM = Al-fcc ENCUT = 250 ISTART = 0 ; ICHARG = 2 ISMEAR = 0; SIGMA = $i PREC = Accurate ! echo "SIGMA = $i eV" /usr/local/openmpi/bin/mpirun -np 12 -machinefile node /home/app/vasp5212.om > output TS=‘grep "EENTRO" OUTCAR | tail -1 | awk ’{printf "%12.6f \n", $5 }’‘ echo $i $TS >>comment done |
2樓2015-12-09 11:16:32
3樓2015-12-09 13:32:00
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cd $PBS_O_WORKDIR：進(jìn)入工作目錄。$PBS_O_WORKDIR是PBS系統(tǒng)內(nèi)置的變量，代表工作目錄。 cp $PBS_NODEFILE node：這個(gè)NODEFILE同上，代表你們集群上節(jié)點(diǎn)的信息。 export P4_RSHCOMMAND=/usr/pbs/bin/pbs_remsh：指定了PBS系統(tǒng)的目錄 /usr/local/openmpi/bin/mpirun -np 12 -machinefile node /home/app/vasp5212.om > output：指定了VASP5.2.12的并行版本所在的目錄，指定了工作節(jié)點(diǎn)信息，并且把輸出文件合并到output當(dāng)中。 建議樓主多看些Linux的資料。 |
4樓2015-12-11 08:55:05
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