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用mothur做植物內(nèi)生真菌基因庫的OTU聚類分析,提示片段長度不一致,怎么辦? 已有1人參與
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最近測了一種植物的內(nèi)生真菌序列的克隆文庫,大概有一百多條序列,長度在500-750bp之間都有。想用mothur軟件把這些序列劃分到不同的OTU,然后再挑選每個OTU中代表序列做系統(tǒng)發(fā)育分析。那么問題來了? 我在運行mothur軟件時,提醒序列長度不一致,需要修改成一致的。請問這個是什么意思?難道要把序列長度都人工截取到一樣的長度? 我發(fā)現(xiàn)mega軟件在構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹時也有一個步驟是處理每個序列使它們的長度保持一致后,才能構(gòu)建樹。 本人純屬小白,還請各位多多幫助。ps有沒有其他的方法或軟件把克隆文庫的序列劃分到不同的OTU,我在網(wǎng)上只能查到mothur的教程比較詳細。 |
新蟲 (初入文壇)
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