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[求助]
用mothur做植物內(nèi)生真菌基因庫的OTU聚類分析，提示片段長度不一致，怎么辦？ 已有1人參與
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最近測了一種植物的內(nèi)生真菌序列的克隆文庫，大概有一百多條序列，長度在500-750bp之間都有。想用mothur軟件把這些序列劃分到不同的OTU，然后再挑選每個OTU中代表序列做系統(tǒng)發(fā)育分析。那么問題來了？ 我在運行mothur軟件時，提醒序列長度不一致，需要修改成一致的。請問這個是什么意思？難道要把序列長度都人工截取到一樣的長度？ 我發(fā)現(xiàn)mega軟件在構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹時也有一個步驟是處理每個序列使它們的長度保持一致后，才能構(gòu)建樹。 本人純屬小白，還請各位多多幫助。ps有沒有其他的方法或軟件把克隆文庫的序列劃分到不同的OTU，我在網(wǎng)上只能查到mothur的教程比較詳細。 |
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2樓2015-12-09 12:05:31
喝茶的面包 
銀蟲 (初入文壇)
- 應助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 909.9
- 帖子: 19
- 在線: 43.9小時
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- 專業(yè): 環(huán)境工程
3樓2015-12-29 18:51:34
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mega軟件在構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹時也有一個步驟是處理每個序列使它們的長度保持一致后，才能構(gòu)建樹。我就用MEGA軟件把他們長度處理一致后，再在mothur上運行 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
4樓2015-12-30 08:44:50
5樓2016-01-12 14:09:05
6樓2016-01-13 09:05:42
7樓2017-02-17 10:14:51
8樓2018-05-04 11:16:23
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