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[求助]
用mothur做植物內(nèi)生真菌基因庫(kù)的OTU聚類(lèi)分析，提示片段長(zhǎng)度不一致，怎么辦？ 已有1人參與
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最近測(cè)了一種植物的內(nèi)生真菌序列的克隆文庫(kù)，大概有一百多條序列，長(zhǎng)度在500-750bp之間都有。想用mothur軟件把這些序列劃分到不同的OTU，然后再挑選每個(gè)OTU中代表序列做系統(tǒng)發(fā)育分析。那么問(wèn)題來(lái)了？ 我在運(yùn)行mothur軟件時(shí)，提醒序列長(zhǎng)度不一致，需要修改成一致的。請(qǐng)問(wèn)這個(gè)是什么意思？難道要把序列長(zhǎng)度都人工截取到一樣的長(zhǎng)度？ 我發(fā)現(xiàn)mega軟件在構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)時(shí)也有一個(gè)步驟是處理每個(gè)序列使它們的長(zhǎng)度保持一致后，才能構(gòu)建樹(shù)。 本人純屬小白，還請(qǐng)各位多多幫助。ps有沒(méi)有其他的方法或軟件把克隆文庫(kù)的序列劃分到不同的OTU，我在網(wǎng)上只能查到mothur的教程比較詳細(xì)。 |
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3樓2015-12-29 18:51:34
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mega軟件在構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)時(shí)也有一個(gè)步驟是處理每個(gè)序列使它們的長(zhǎng)度保持一致后，才能構(gòu)建樹(shù)。我就用MEGA軟件把他們長(zhǎng)度處理一致后，再在mothur上運(yùn)行 發(fā)自小木蟲(chóng)Android客戶(hù)端 |
4樓2015-12-30 08:44:50
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