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任務(wù)越大，高斯并行效率越好（任務(wù)實測結(jié)果） 已有6人參與
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測試了兩個任務(wù)，一個小任務(wù)和一個較大的任務(wù)。結(jié)果顯示小任務(wù)的并行效率很差，而大任務(wù)的并行效率非常好。當(dāng)任務(wù)較小時，本來計算量就很小，還要分配給很多核去計算，核之間的數(shù)據(jù)交換和進(jìn)行協(xié)調(diào)的時間變長，可能出現(xiàn)“核浮于事”的情況，造成并行效率很差。但如果計算量很大，核心根本不夠用，每個核都拼命地工作還是算不完的話，核的并行效果就非常好了。 說一下測試的機器，是學(xué)校的超算中心，每個節(jié)點2個CPU，共20核心，具體CPU型號不知道，聽說是E5的工作站專用核心吧，64G內(nèi)存。軟件為Gaussian09 D0.1版，linux系統(tǒng)。 因此，如果任務(wù)小的話，就2核，4 核，8核并行，如果任務(wù)大的話，就8核，12核，16核，20核一起并行計算，效果會很好。當(dāng)然這個只是在學(xué)校的超算電腦上的測試結(jié)果，對于其他型號的機器不知道能否通用，僅作為一個參考吧。 測試實例如下所示： 一個較小的任務(wù)，34個原子（含C,H元素）的分子B3LYP/6-31+G(D,P)水平下優(yōu)化，basis function 478, 12步優(yōu)化結(jié)束，%mem=1000MW，CPU time: 200分鐘，用不同核心來并行，結(jié)果如下： 1核CPU time:204分鐘，實際用時204分鐘 2核CPU time:213分鐘，實際用時107分鐘 4核CPU time:229分鐘，實際用時57分鐘 6核CPU time:236分鐘，實際用時40分鐘 8核CPU time:241分鐘，實際用時27分鐘 12核CPU time:269分鐘，實際用時23分鐘 16核CPU time:433分鐘，實際用時30分鐘 20核CPU time:541分鐘，實際用時47分鐘 一個較大的Gaussian的任務(wù)，140個原子（含C,H,O,N元素）的分子B3LYP/6-31+G(D,P)水平下優(yōu)化，basis function 1848，16步優(yōu)化結(jié)束，CPU time14天以上（336小時以上）。%mem=1000MW，分別用不同的核去計算： 4核心，CPU time：351小時，實際用時88小時（88*4=352小時） 8核心，CPU time：342小時，實際用時43小時（43*8=344小時） 12核心，CPU time：336小時，實際用時28.5小時（28.5*12=342小時） 16核心，CPU time：342小時，實際用時21.5小時（21.5*16=344小時） 20核心，CPU time：350小時，實際用時18.7小時（18.7*20=374小時） |
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2樓2015-12-22 08:05:55
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