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任務(wù)越大，高斯并行效率越好（任務(wù)實(shí)測(cè)結(jié)果） 已有6人參與
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測(cè)試了兩個(gè)任務(wù)，一個(gè)小任務(wù)和一個(gè)較大的任務(wù)。結(jié)果顯示小任務(wù)的并行效率很差，而大任務(wù)的并行效率非常好。當(dāng)任務(wù)較小時(shí)，本來(lái)計(jì)算量就很小，還要分配給很多核去計(jì)算，核之間的數(shù)據(jù)交換和進(jìn)行協(xié)調(diào)的時(shí)間變長(zhǎng)，可能出現(xiàn)“核浮于事”的情況，造成并行效率很差。但如果計(jì)算量很大，核心根本不夠用，每個(gè)核都拼命地工作還是算不完的話，核的并行效果就非常好了。 說(shuō)一下測(cè)試的機(jī)器，是學(xué)校的超算中心，每個(gè)節(jié)點(diǎn)2個(gè)CPU，共20核心，具體CPU型號(hào)不知道，聽(tīng)說(shuō)是E5的工作站專(zhuān)用核心吧，64G內(nèi)存。軟件為Gaussian09 D0.1版，linux系統(tǒng)。 因此，如果任務(wù)小的話，就2核，4 核，8核并行，如果任務(wù)大的話，就8核，12核，16核，20核一起并行計(jì)算，效果會(huì)很好。當(dāng)然這個(gè)只是在學(xué)校的超算電腦上的測(cè)試結(jié)果，對(duì)于其他型號(hào)的機(jī)器不知道能否通用，僅作為一個(gè)參考吧。 測(cè)試實(shí)例如下所示： 一個(gè)較小的任務(wù)，34個(gè)原子（含C,H元素）的分子B3LYP/6-31+G(D,P)水平下優(yōu)化，basis function 478, 12步優(yōu)化結(jié)束，%mem=1000MW，CPU time: 200分鐘，用不同核心來(lái)并行，結(jié)果如下： 1核CPU time:204分鐘，實(shí)際用時(shí)204分鐘 2核CPU time:213分鐘，實(shí)際用時(shí)107分鐘 4核CPU time:229分鐘，實(shí)際用時(shí)57分鐘 6核CPU time:236分鐘，實(shí)際用時(shí)40分鐘 8核CPU time:241分鐘，實(shí)際用時(shí)27分鐘 12核CPU time:269分鐘，實(shí)際用時(shí)23分鐘 16核CPU time:433分鐘，實(shí)際用時(shí)30分鐘 20核CPU time:541分鐘，實(shí)際用時(shí)47分鐘 一個(gè)較大的Gaussian的任務(wù)，140個(gè)原子（含C,H,O,N元素）的分子B3LYP/6-31+G(D,P)水平下優(yōu)化，basis function 1848，16步優(yōu)化結(jié)束，CPU time14天以上（336小時(shí)以上）。%mem=1000MW，分別用不同的核去計(jì)算： 4核心，CPU time：351小時(shí)，實(shí)際用時(shí)88小時(shí)（88*4=352小時(shí)） 8核心，CPU time：342小時(shí)，實(shí)際用時(shí)43小時(shí)（43*8=344小時(shí)） 12核心，CPU time：336小時(shí)，實(shí)際用時(shí)28.5小時(shí)（28.5*12=342小時(shí)） 16核心，CPU time：342小時(shí)，實(shí)際用時(shí)21.5小時(shí)（21.5*16=344小時(shí)） 20核心，CPU time：350小時(shí)，實(shí)際用時(shí)18.7小時(shí)（18.7*20=374小時(shí)） |
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2樓2015-12-22 08:05:55
sandf
木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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3樓2015-12-22 17:42:04
4樓2015-12-23 10:53:55
biloba
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5樓2015-12-23 11:52:23
6樓2015-12-23 12:10:54
7樓2015-12-23 12:43:22
矛盾場(chǎng)面
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8樓2015-12-23 13:12:04
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不好意思，我最多用一個(gè)node的20個(gè)核并行一個(gè)任務(wù)。沒(méi)用過(guò)比如2個(gè)node的40核算一個(gè)任務(wù)的情況。據(jù)說(shuō)node和node之間數(shù)據(jù)交換要慢一些。估計(jì)用2個(gè)node分別算2個(gè)任務(wù)，要比用2個(gè)node共同算一個(gè)任務(wù)再算一個(gè)任務(wù)要快。 發(fā)自小木蟲(chóng)IOS客戶(hù)端 |
9樓2015-12-23 14:24:57
10樓2015-12-23 21:21:43
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