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[交流]
任務越大，高斯并行效率越好（任務實測結(jié)果） 已有6人參與
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測試了兩個任務，一個小任務和一個較大的任務。結(jié)果顯示小任務的并行效率很差，而大任務的并行效率非常好。當任務較小時，本來計算量就很小，還要分配給很多核去計算，核之間的數(shù)據(jù)交換和進行協(xié)調(diào)的時間變長，可能出現(xiàn)“核浮于事”的情況，造成并行效率很差。但如果計算量很大，核心根本不夠用，每個核都拼命地工作還是算不完的話，核的并行效果就非常好了。 說一下測試的機器，是學校的超算中心，每個節(jié)點2個CPU，共20核心，具體CPU型號不知道，聽說是E5的工作站專用核心吧，64G內(nèi)存。軟件為Gaussian09 D0.1版，linux系統(tǒng)。 因此，如果任務小的話，就2核，4 核，8核并行，如果任務大的話，就8核，12核，16核，20核一起并行計算，效果會很好。當然這個只是在學校的超算電腦上的測試結(jié)果，對于其他型號的機器不知道能否通用，僅作為一個參考吧。 測試實例如下所示： 一個較小的任務，34個原子（含C,H元素）的分子B3LYP/6-31+G(D,P)水平下優(yōu)化，basis function 478, 12步優(yōu)化結(jié)束，%mem=1000MW，CPU time: 200分鐘，用不同核心來并行，結(jié)果如下： 1核CPU time:204分鐘，實際用時204分鐘 2核CPU time:213分鐘，實際用時107分鐘 4核CPU time:229分鐘，實際用時57分鐘 6核CPU time:236分鐘，實際用時40分鐘 8核CPU time:241分鐘，實際用時27分鐘 12核CPU time:269分鐘，實際用時23分鐘 16核CPU time:433分鐘，實際用時30分鐘 20核CPU time:541分鐘，實際用時47分鐘 一個較大的Gaussian的任務，140個原子（含C,H,O,N元素）的分子B3LYP/6-31+G(D,P)水平下優(yōu)化，basis function 1848，16步優(yōu)化結(jié)束，CPU time14天以上（336小時以上）。%mem=1000MW，分別用不同的核去計算： 4核心，CPU time：351小時，實際用時88小時（88*4=352小時） 8核心，CPU time：342小時，實際用時43小時（43*8=344小時） 12核心，CPU time：336小時，實際用時28.5小時（28.5*12=342小時） 16核心，CPU time：342小時，實際用時21.5小時（21.5*16=344小時） 20核心，CPU time：350小時，實際用時18.7小時（18.7*20=374小時） |
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2樓2015-12-22 08:05:55
sandf
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3樓2015-12-22 17:42:04
4樓2015-12-23 10:53:55
biloba
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5樓2015-12-23 11:52:23
6樓2015-12-23 12:10:54
7樓2015-12-23 12:43:22
8樓2015-12-23 13:12:04
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不好意思，我最多用一個node的20個核并行一個任務。沒用過比如2個node的40核算一個任務的情況。據(jù)說node和node之間數(shù)據(jù)交換要慢一些。估計用2個node分別算2個任務，要比用2個node共同算一個任務再算一個任務要快。 發(fā)自小木蟲IOS客戶端 |
9樓2015-12-23 14:24:57
10樓2015-12-23 21:21:43
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