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高興丶

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[求助] Sybyl遇到問題新人真心請求幫助。

新人求助
剛接觸sybyl-x軟件我用ChemDraw畫的分子存為mol格式，再利用DS打開另存為mol2格式。分子名字編輯為jmc19963a。用sybyl打開的時候出現(xiàn)
SYBYL> Reading mol file...
Reading molecule Unnamed
我一共畫了35個分子都是按上述步驟轉(zhuǎn)化為mol2格式的但是一建立數(shù)據(jù)庫在導入分子的時候顯示的全是unnamed 改過分子名字怎么弄都是這樣而且還添加不進去。
想請教一下這是為什么啊。用sybyl自帶的轉(zhuǎn)換格式工具轉(zhuǎn)過也是一樣的。真的很鬧心啊請教導師導師說他也不明白。。真是沒招了求各位大俠么幫助我一下吧。

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1樓 2013-02-26 13:37:42

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引用回帖:

9樓: Originally posted by 126406380 at 2013-03-01 08:51:28
教你一個簡單的方式，用chemdraw畫圖，然后在chem3D打開，對其進行初步能量優(yōu)化，然后保存的時候，其格式有mol2格式的，然后到sybyl中就可以打開。我一直這么用的

我想知道為什么我的chemoffice3D里面沒有mol2這個個手機呀？

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10樓2018-05-27 13:44:28

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xpyp

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用文本編輯器（如win系統(tǒng)中的記事本）打開各分子文件（*.mol2), 對其重新命名。

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2樓2013-02-27 00:46:08

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tjegg

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★ ★ ★ ★ ★
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高興丶: 金幣+5, ★有幫助 2013-02-27 12:46:43

用Chemfinder做成數(shù)據(jù)庫，里面有ID name一項，需要填寫，不是大問題，不影響工作。

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除了你的親人，沒有人應該對你好，對你好的人，一定要珍惜。

3樓2013-02-27 07:41:24

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2樓: Originally posted by xpyp at 2013-02-27 00:46:08
用文本編輯器（如win系統(tǒng)中的記事本）打開各分子文件（*.mol2), 對其重新命名。

# Created by UNITY Export Utility
# User: Administrator
# Creation Date: Tue Feb 26 12:44:57 2013

@MOLECULE
Unnamed
36 37 1
SMALL
No_CHARGES

@ATOM
1 N 2.4440 2.6800 0.0000 N.am 1 <1>
2 C 3.7880 1.2630 0.0000 C.3 1 <1>
3 C 3.5010 2.3360 0.0000 C.3 1 <1>
4 C 5.1160 3.7920 0.0000 C.3 1 <1>
5 O 6.8360 0.5530 0.0000 O.2 1 <1>
6 C 9.5460 1.9900 0.0000 C.3 1 <1>
7 C 8.5840 1.4340 0.0000 C.3 1 <1>
8 O 7.7980 2.2200 0.0000 O.3 1 <1>
9 C 6.8360 1.6650 0.0000 C.2 1 <1>
10 C 6.0500 2.4500 0.0000 C.2 1 <1>
11 C 4.9390 2.4500 0.0000 C.2 1 <1>
12 C 4.1540 3.2360 0.0000 C.3 1 <1>
13 O 3.0460 5.4170 0.0000 O.2 1 <1>
14 O 4.7960 4.9410 0.0000 O.2 1 <1>
15 S 3.5010 4.1360 0.0000 S.o2 1 <1>
16 H 2.1570 4.8650 0.0000 H 1 <1>
17 C 2.4440 3.7920 0.0000 C.3 1 <1>
18 O 0.3390 2.2280 0.0000 O.2 1 <1>
19 C 1.3330 2.6800 0.0000 C.2 1 <1>
20 C 1.3330 3.7920 0.0000 C.3 1 <1>
21 H 3.2080 1.1080 0.0000 H 1 <1>
22 H 3.9430 0.6830 0.0000 H 1 <1>
23 H 4.3680 1.4180 0.0000 H 1 <1>
24 H 4.0910 2.2270 0.0000 H 1 <1>
25 H 5.4160 3.2730 0.0000 H 1 <1>
26 H 5.6350 4.0920 0.0000 H 1 <1>
27 H 4.8160 4.3110 0.0000 H 1 <1>
28 H 9.8460 1.4710 0.0000 H 1 <1>
29 H 10.0650 2.2900 0.0000 H 1 <1>
30 H 9.2460 2.5090 0.0000 H 1 <1>
31 H 8.0160 1.2410 0.0000 H 1 <1>
32 H 9.0830 1.1010 0.0000 H 1 <1>
33 H 6.2790 3.0040 0.0000 H 1 <1>
34 H 4.7090 1.8960 0.0000 H 1 <1>
35 H 1.5630 4.3460 0.0000 H 1 <1>
36 H 0.7790 3.5620 0.0000 H 1 <1>
@BOND
1 17 20 1
2 1 17 1
3 19 1 am
4 3 1 1
5 12 3 1
6 3 2 1
7 15 12 1
8 12 4 1
9 12 11 1
  10 11 10 2
  11 10 9 1
  12 9 5 2
  13 9 8 1
  14 8 7 1
  15 7 6 1
  16 17 15 1
  17 15 13 2
  18 15 14 2
  19 17 16 1
  20 20 19 1
  21 19 18 2
  22 2 21 1
  23 2 22 1
  24 2 23 1
  25 3 24 1
  26 4 25 1
  27 4 26 1
  28 4 27 1
  29 6 28 1
  30 6 29 1
  31 6 30 1
  32 7 31 1
  33 7 32 1
  34 10 33 1
  35 11 34 1
  36 20 35 1
  37 20 36 1
@SUBSTRUCTURE
1 **** 1 TEMP  0  ****  ****  0  ROOT
@UNITY_ATOM_ATTR
12 1
AtomExpr s=I
17 1
AtomExpr s=N
@UNITY_BOND_ATTR
10 1
S I
是把unnamed改成我需要的名字么？

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4樓2013-02-27 08:10:31

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