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分子對接前，含有配體的復(fù)合蛋白怎么處理？HETATM開頭的元素要刪除嗎
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| 在對接時，HETATM開頭的分子是不是一定就是配體，需要刪掉嗎；我現(xiàn)在的PDB文件里面有個MODRES (對標準殘基的修飾)的分子，坐標前是HETATM開頭，這個是當配體刪掉，還是對接蛋白的一部分？ |
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3樓2012-12-10 22:41:15
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首先要考慮清楚你的pdb文件的來源，大多蛋白結(jié)構(gòu)來自晶體結(jié)晶的衍射，結(jié)晶環(huán)境中的有機溶劑分子，結(jié)晶水分子，小分子配體等均可能存在于pdb文件中。其次不能一概而論刪除一切蛋白本體結(jié)構(gòu)外的所有分子，比如，原有的配體分子存在的位置和構(gòu)像可能對于同類的分子對接和活性位點特性提供參考，活性殘基周圍的分子如果有氫鍵等作用力存在，建議謹慎考慮是否要刪除。個人觀點，如有錯誤，請蟲友們指出，歡迎討論 [ 發(fā)自手機版 http://www.gaoyang168.com/3g ] |
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gouyi5樓2012-12-11 14:45:40
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