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[資源]
如何在天河二號(hào)上安裝Material Studio軟件
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做過(guò)模擬計(jì)算的同仁，應(yīng)該對(duì)于Material Studio軟件比較熟悉，尤其是該軟件友好的界面，是優(yōu)秀的前處理以及后處理軟件之一。但該軟件常用的模塊Castep/Dmol/Forcite的并行效率并不高，即使對(duì)于linux版（更不用說(shuō)Windows版），我想諸君都很少用到百核以上。因此，今天跟大家分享一下如何利用超算（目前運(yùn)行最快的天河二號(hào)為例）的分布式系統(tǒng)，突破并行核數(shù)以及內(nèi)存的限制。 如果大家有該軟件版權(quán)的話，不妨根據(jù)附件的安裝文檔，自己嘗試安裝。MS常用的版本包括60/70/80，安裝以及使用的方法則是大同小異，我已經(jīng)將安裝文檔、腳本（針對(duì)天河二號(hào)的SLUERM系統(tǒng)）以及相關(guān)的文件（支持高速網(wǎng)的庫(kù)文件）添加到附件中，大家可以結(jié)合安裝文檔的內(nèi)容去使用其他附件。同時(shí)建議大家安裝成功以后一定要進(jìn)行正確性測(cè)試，用自己熟悉的算例結(jié)果去比對(duì)。 在此，需要分享的一個(gè)經(jīng)驗(yàn)的是，雖然天河二號(hào)的收費(fèi)方式是以一個(gè)結(jié)點(diǎn)為計(jì)算單元（一個(gè)結(jié)點(diǎn)24核，即用1核和用24個(gè)核是一樣的收費(fèi)方式），但并不一定每個(gè)算例用滿一個(gè)結(jié)點(diǎn)CPU物理核的性能最好（舉個(gè)例子：任務(wù)量一定，過(guò)多CPU物理核的參與，會(huì)把時(shí)間浪費(fèi)在協(xié)調(diào)上），如果不太清楚自己算例的情況，可以做擴(kuò)展性測(cè)試，從1、2、4、8、16...核數(shù)一直往上測(cè)執(zhí)行時(shí)間，在時(shí)間曲線的拐點(diǎn)附近尋找最優(yōu)核數(shù)。 PS：有問(wèn)題的蟲友，請(qǐng)給我留言，如果相關(guān)內(nèi)容有問(wèn)題，我會(huì)及時(shí)更新。。 |
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- 附件 2 : 如何在天河二號(hào)上安裝MS.pdf
- 附件 3 : sub_script.tar.gz
2016-03-17 17:48:13, 28.33 M
2016-03-17 17:48:21, 404.59 K
2016-03-21 15:06:26, 713 bytes
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使用廣州天河二號(hào)進(jìn)行castep計(jì)算，當(dāng)選用HSE06計(jì)算帶隙時(shí)出現(xiàn)如下錯(cuò)誤!（MS版本為7.0） ERROR: Shifted MP set detected/supplied - unshifted MP k-point set required for an NLXC calculation Current trace stack: nlxc_basis_initialise_complex nlxc_basis_initialise nlxc_initialise castep 煩請(qǐng)樓主指導(dǎo)！  |
3樓2016-04-08 19:13:00
2樓2016-03-23 20:41:41
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