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[資源]
如何在天河二號(hào)上安裝Material Studio軟件
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做過模擬計(jì)算的同仁，應(yīng)該對(duì)于Material Studio軟件比較熟悉，尤其是該軟件友好的界面，是優(yōu)秀的前處理以及后處理軟件之一。但該軟件常用的模塊Castep/Dmol/Forcite的并行效率并不高，即使對(duì)于linux版（更不用說Windows版），我想諸君都很少用到百核以上。因此，今天跟大家分享一下如何利用超算（目前運(yùn)行最快的天河二號(hào)為例）的分布式系統(tǒng)，突破并行核數(shù)以及內(nèi)存的限制。 如果大家有該軟件版權(quán)的話，不妨根據(jù)附件的安裝文檔，自己嘗試安裝。MS常用的版本包括60/70/80，安裝以及使用的方法則是大同小異，我已經(jīng)將安裝文檔、腳本（針對(duì)天河二號(hào)的SLUERM系統(tǒng)）以及相關(guān)的文件（支持高速網(wǎng)的庫文件）添加到附件中，大家可以結(jié)合安裝文檔的內(nèi)容去使用其他附件。同時(shí)建議大家安裝成功以后一定要進(jìn)行正確性測(cè)試，用自己熟悉的算例結(jié)果去比對(duì)。 在此，需要分享的一個(gè)經(jīng)驗(yàn)的是，雖然天河二號(hào)的收費(fèi)方式是以一個(gè)結(jié)點(diǎn)為計(jì)算單元（一個(gè)結(jié)點(diǎn)24核，即用1核和用24個(gè)核是一樣的收費(fèi)方式），但并不一定每個(gè)算例用滿一個(gè)結(jié)點(diǎn)CPU物理核的性能最好（舉個(gè)例子：任務(wù)量一定，過多CPU物理核的參與，會(huì)把時(shí)間浪費(fèi)在協(xié)調(diào)上），如果不太清楚自己算例的情況，可以做擴(kuò)展性測(cè)試，從1、2、4、8、16...核數(shù)一直往上測(cè)執(zhí)行時(shí)間，在時(shí)間曲線的拐點(diǎn)附近尋找最優(yōu)核數(shù)。 PS：有問題的蟲友，請(qǐng)給我留言，如果相關(guān)內(nèi)容有問題，我會(huì)及時(shí)更新。。 |
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- 附件 2 : 如何在天河二號(hào)上安裝MS.pdf
- 附件 3 : sub_script.tar.gz
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2016-03-17 17:48:21, 404.59 K
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使用廣州天河二號(hào)進(jìn)行castep計(jì)算，當(dāng)選用HSE06計(jì)算帶隙時(shí)出現(xiàn)如下錯(cuò)誤!（MS版本為7.0） ERROR: Shifted MP set detected/supplied - unshifted MP k-point set required for an NLXC calculation Current trace stack: nlxc_basis_initialise_complex nlxc_basis_initialise nlxc_initialise castep 煩請(qǐng)樓主指導(dǎo)！  |
3樓2016-04-08 19:13:00
2樓2016-03-23 20:41:41
6樓2016-04-30 23:13:12
8樓2016-06-23 18:06:10
9樓2016-07-04 11:57:06
10樓2016-07-04 12:10:06
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我們公司已在天河二號(hào)上架好了gateway,想使用的伙伴們只需在自己的MS中加上Gateway就可以提交作業(yè)計(jì)算了。非常方便，不用折騰。有需要嘗試的，我可以申請(qǐng)?jiān)囁銕ぬ?hào)體驗(yàn) 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
13樓2017-03-13 19:35:39
16樓2017-10-17 18:51:47
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30樓2021-01-07 10:23:45
31樓2021-07-09 17:02:18
老師您好，現(xiàn)在資源小木蟲上面無法下載資源了，請(qǐng)問能不能勞煩老師發(fā)一下資源 ，目前我們課題遇到了forceit模塊提交問題。郵箱為565197645@qq.com。謝謝老師了！發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
33樓2021-11-17 13:31:36
簡(jiǎn)單回復(fù)
sunpixel4樓
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