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[資源]
如何在天河二號上安裝Material Studio軟件
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做過模擬計算的同仁，應(yīng)該對于Material Studio軟件比較熟悉，尤其是該軟件友好的界面，是優(yōu)秀的前處理以及后處理軟件之一。但該軟件常用的模塊Castep/Dmol/Forcite的并行效率并不高，即使對于linux版（更不用說Windows版），我想諸君都很少用到百核以上。因此，今天跟大家分享一下如何利用超算（目前運行最快的天河二號為例）的分布式系統(tǒng)，突破并行核數(shù)以及內(nèi)存的限制。 如果大家有該軟件版權(quán)的話，不妨根據(jù)附件的安裝文檔，自己嘗試安裝。MS常用的版本包括60/70/80，安裝以及使用的方法則是大同小異，我已經(jīng)將安裝文檔、腳本（針對天河二號的SLUERM系統(tǒng)）以及相關(guān)的文件（支持高速網(wǎng)的庫文件）添加到附件中，大家可以結(jié)合安裝文檔的內(nèi)容去使用其他附件。同時建議大家安裝成功以后一定要進行正確性測試，用自己熟悉的算例結(jié)果去比對。 在此，需要分享的一個經(jīng)驗的是，雖然天河二號的收費方式是以一個結(jié)點為計算單元（一個結(jié)點24核，即用1核和用24個核是一樣的收費方式），但并不一定每個算例用滿一個結(jié)點CPU物理核的性能最好（舉個例子：任務(wù)量一定，過多CPU物理核的參與，會把時間浪費在協(xié)調(diào)上），如果不太清楚自己算例的情況，可以做擴展性測試，從1、2、4、8、16...核數(shù)一直往上測執(zhí)行時間，在時間曲線的拐點附近尋找最優(yōu)核數(shù)。 PS：有問題的蟲友，請給我留言，如果相關(guān)內(nèi)容有問題，我會及時更新。。 |
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- 附件 2 : 如何在天河二號上安裝MS.pdf
- 附件 3 : sub_script.tar.gz
2016-03-17 17:48:13, 28.33 M
2016-03-17 17:48:21, 404.59 K
2016-03-21 15:06:26, 713 bytes
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16樓2017-10-17 18:51:47
2樓2016-03-23 20:41:41
★★★★★ 五星級,優(yōu)秀推薦
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使用廣州天河二號進行castep計算，當選用HSE06計算帶隙時出現(xiàn)如下錯誤!（MS版本為7.0） ERROR: Shifted MP set detected/supplied - unshifted MP k-point set required for an NLXC calculation Current trace stack: nlxc_basis_initialise_complex nlxc_basis_initialise nlxc_initialise castep 煩請樓主指導(dǎo)！  |
3樓2016-04-08 19:13:00
6樓2016-04-30 23:13:12
簡單回復(fù)
sunpixel4樓
2016-04-09 07:02
回復(fù)
2016-04-09 20:53
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五星好評 頂一下，感謝分享！
書蟲呆呆7樓
2016-05-20 14:28
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2017-03-13 18:36
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hdlghzb14樓
2017-03-16 14:42
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