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cf_success金蟲 (小有名氣)
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高斯計算單點能之前一定要優(yōu)化嗎？ 已有1人參與
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RT，通過單晶衍射再用shlex等晶體學軟件精修好，得到cif晶體學數(shù)據(jù)文件，再導出xyz坐標文件，導入gaussian view做成gjf文件，然后用gaussian09計算。 這樣在計算前也需要先優(yōu)化再計算嗎？優(yōu)化之后是不是會改變一些鍵長鍵角數(shù)據(jù)？ @jiewei 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
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取出的部分它在晶體中還受周圍原子的影響，二者在鍵長、鍵角上都會有改變。 如果是研究取出部分的性能，要進行優(yōu)化。如果取出部分與周圍有斷鍵，則要“封頭”，不使存在自由基。 如果取出部分是雙分子，要看它們之間的氫鍵、范德華作用，如從晶體中取出的葉綠素二聚體，則不必優(yōu)化，反而能更接近晶體中的氫鍵、范德華作用。 |
2樓2016-06-29 16:02:48
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4樓2016-07-01 16:49:45
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5樓2016-07-02 21:11:30
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7樓2016-07-04 00:11:11
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您好，補氫之后發(fā)現(xiàn)金屬與配位原子之間的鍵長縮短了，如果調(diào)節(jié)鍵長，兩個原子坐標又會發(fā)生變化，如何解決這個問題？ 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
8樓2016-07-04 00:48:27
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不知道具體是什么結(jié)構(gòu)，如果非對稱結(jié)構(gòu)是分子型的，就可以視為一個隔離態(tài)，可以不用補。優(yōu)化的結(jié)構(gòu)是可信的，前提是第一性原理的計算結(jié)果可信。有微小的差別是正常的比如鍵長差0.05埃之類的。 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
9樓2016-07-04 16:12:50
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