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菱紫369銅蟲 (初入文壇)
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[求助]
怎樣用一段基因和基因組的序列進(jìn)行比對呢？
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求助：我想要做一個苜蓿的基因定量，可是沒有序列不能設(shè)計(jì)引物，所以想拿擬南芥的這個基因和苜蓿的基因組進(jìn)行比對，得到序列后設(shè)計(jì)引物，可是不知道這么做對不對，還有不知道怎么比對？如果想法不對請知道的大神指點(diǎn)！急急急！有誰知道請幫忙，萬分感謝！ 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
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李保磊
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西門吹雪170: 金幣+1, 鼓勵回帖交流 2016-10-16 22:22:38
西門吹雪170: 金幣+1, 鼓勵回帖交流 2016-10-16 22:22:38
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可以先去NCBI將苜蓿的序列全部下載下來，然后blast，這樣才可靠，你要是擬南芥的話，必須找一些保守區(qū)域，也有可能出現(xiàn)問題，而且費(fèi)些時間 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
» 本帖已獲得的紅花（最新10朵）
4樓2016-10-16 19:42:20
ygidtu
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7樓2016-10-16 20:13:10
luckydog52
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15樓2016-10-19 16:29:04
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2樓2016-10-16 19:38:15
ygidtu
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3樓2016-10-16 19:39:29
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不下載下來比，用NCBI在線的雙序列比對可以嗎？怎么區(qū)分是保守區(qū)域還是不保守區(qū)域呢？我用在線的雙序列比對拿擬南芥的幾丁質(zhì)酶基因和蒺藜苜蓿的全基因組比對，沒比對出來！我這m做是不是不對啊…… 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
5樓2016-10-16 20:01:08
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6樓2016-10-16 20:02:34
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8樓2016-10-16 20:15:11
ygidtu
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9樓2016-10-16 20:16:04
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10樓2016-10-16 20:20:49
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