 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 3838 | 回復(fù): 14 | ||
| 當(dāng)前只顯示滿足指定條件的回帖，點擊這里查看本話題的所有回帖 | ||
還在fighting新蟲 (初入文壇)
|
[求助]
NCBI上的序列下載建樹對序列的選擇要求。 已有2人參與
|
|
|
我是要做一個目里面幾十個種的進化樹，然后我選取16S的序列，但是序列長短差距較大一些1500多，一些500多(沒法選擇長度基本一致的，因為有些只有這么一個)，然后我該怎么去建樹呢？我自己跑了一下來看，建出來的樹看著完全不對。一個科的都不能聚在一起。是不是序列選取有問題呢？還是應(yīng)該怎么做？ 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
蛋白質(zhì)檢測：精準(zhǔn)分析，解鎖生物分子的密碼
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
不合理蛙科研實驗之小鼠實驗：嚴(yán)謹(jǐn)設(shè)計，解析生命機制的重要載體
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
化學(xué)工程及工業(yè)化學(xué)論文潤色/翻譯怎么收費?
已經(jīng)有132人回復(fù)
-
不合理蛙科研實驗之重金屬檢測：精準(zhǔn)篩查，守護健康與環(huán)境的防線
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
不合理蛙科研實驗之“蛙測重金屬我背鍋三千”
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
不合理蛙科研實驗之“鼠逃三次我發(fā)三篇SCI”
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
納米粒度分析
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
林科院林化所招收材料與化工專業(yè)碩士，坐標(biāo)南京
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
留學(xué)--博士招生
已經(jīng)有16人回復(fù)
-
化學(xué)工程，本211，求調(diào)劑，ab區(qū)不限
已經(jīng)有4人回復(fù)
» 本主題相關(guān)價值貼推薦，對您同樣有幫助:
- 想用BioEdit 軟件進行序列比對設(shè)計引物。從NCBI上下載了序列文件。打不開怎么辦。
已經(jīng)有3人回復(fù)
- 如何從NCBI上下載質(zhì)粒序列
已經(jīng)有15人回復(fù)
- 在NCBI上找不到preproinsulin人前胰島素原的三維結(jié)構(gòu)？在cn3d上又怎樣找到二硫鍵呢？
已經(jīng)有5人回復(fù)
- NCBI里面的PREDICTED蛋白序列能夠直接用嗎？
已經(jīng)有2人回復(fù)
- NCBI上的序列進行引物設(shè)計問題
已經(jīng)有0人回復(fù)
- 關(guān)于NCBI的一個問題
已經(jīng)有5人回復(fù)
- NCBI 批量下載蛋白序列時，顯示Result is empty. Can't proceed to Entrez
已經(jīng)有2人回復(fù)
- 如何判斷基因序列是從什么數(shù)據(jù)庫下載的？
已經(jīng)有3人回復(fù)
- 為何在NCBI上下載的16srRNA序列，在MEGA中查不到前引物呀？
已經(jīng)有0人回復(fù)
- ncbi 下載蛋白質(zhì)序列
已經(jīng)有1人回復(fù)
- NCBI上開發(fā)EST-SSR步驟
已經(jīng)有6人回復(fù)
- 急！NCBI的使用和進化樹構(gòu)建求助
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 如何從NCBI上下載菌株的16S rDNA序列，請問在NCBI上如何下載？
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 菜鳥求助——著急求助解答：在NCBI上為什么下載不了FASTA格式的基因序列
已經(jīng)有9人回復(fù)
- 求在NCBI上下載序列
已經(jīng)有0人回復(fù)
- 【求助/交流】NCBI序列下載
已經(jīng)有6人回復(fù)
- 【求助/交流】在NCBI上下載序列
已經(jīng)有0人回復(fù)
- 【求助/交流】請問，有沒有誰知道，如何從NCBI上批量下載一類gene的核苷酸序列？
已經(jīng)有13人回復(fù)
- 【推薦】序列對齊分析
已經(jīng)有14人回復(fù)
- 如何向NCBI提交序列【已搜無重復(fù)】
已經(jīng)有92人回復(fù)
- 如何在NCBI上下載一個已測序物種的基因組全部核酸序列
已經(jīng)有1人回復(fù)
3樓2016-10-22 15:56:26
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
西門吹雪170: 金幣+2, 鼓勵回帖交流 2016-10-24 22:36:37
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
西門吹雪170: 金幣+2, 鼓勵回帖交流 2016-10-24 22:36:37
| 用核苷酸序列還是蛋白質(zhì)序列建樹的呢，用的什么軟件呢，MEGA么，其實可以用PAUP4來試一下，而且算之前最好用mrbayes-3.1.2 算一下選擇什么模型。而且還要看你選擇用什么算法，一般是用鄰接法（Neighbor-Joining，NJ）、最大似然法（Maximum likelihood，ML）和最大簡約法（Maximum parsimony，MP），我老師教我的時候是說用這三種算法分別建樹，看是不是結(jié)果相似，相似就是對的。另外選擇一個合適外群也挺重要的。我也才在學(xué)習(xí)這方面的，歡迎討論。 |
2樓2016-10-22 15:52:38
還在fighting
新蟲 (初入文壇)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 2685.5
- 帖子: 24
- 在線: 18.2小時
- 蟲號: 3757329
- 注冊: 2015-03-22
- 性別: GG
- 專業(yè): 分子與進化生態(tài)學(xué)
|
我是用Mrbayes建樹，外群選擇的是一個綱里面的另外一個目，并且用mega的ML建樹進行比對，我現(xiàn)在的問題就是在NCBI上選擇的序列別人用的酶切位點不一樣，做出來的序列長度不一樣，這樣建樹就有問題。不知道該怎么解決， 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
4樓2016-10-22 17:01:26
還在fighting
新蟲 (初入文壇)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 2685.5
- 帖子: 24
- 在線: 18.2小時
- 蟲號: 3757329
- 注冊: 2015-03-22
- 性別: GG
- 專業(yè): 分子與進化生態(tài)學(xué)
5樓2016-10-22 17:02:00
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 材料與化工272求調(diào)劑 +7 | 阿斯蒂芬2004 2026-03-28 | 7/350 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 083000學(xué)碩274求調(diào)劑 +7 | Li李魚 2026-03-26 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 311求調(diào)劑 +3 | 希望上岸阿小楊 2026-03-23 | 3/150 |
|
|
|
[考研]
 一志愿廈門大學(xué)化學(xué)學(xué)碩307求調(diào)劑
+9
|
y7czhao 2026-03-26 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 328求調(diào)劑 +7 | 嗯滴的基本都 2026-03-27 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 070300求調(diào)劑306分 +3 | 26要上岸 2026-03-27 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 266分求材料化工冶金礦業(yè)等專業(yè)的調(diào)劑 +4 | 哇呼哼呼哼 2026-03-26 | 4/200 |
|
|
|
[考研]
 一志愿 西北大學(xué) 總分282 英語一62 求調(diào)劑
+7
|
18419759900 2026-03-25 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 322求調(diào)劑 +4 | 舊吢 2026-03-24 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 0856調(diào)劑 +5 | 求求讓我有書讀?/a> 2026-03-26 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 085600，材料與化工321分，求調(diào)劑 +9 | 大饞小子 2026-03-27 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 085600，材料與化工321分調(diào)劑 +4 | 大饞小子 2026-03-27 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 一志愿 南京郵電大學(xué) 288分 材料考研 求調(diào)劑 +3 | jl0720 2026-03-26 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 【2026考研調(diào)劑】制藥工程 284分 求相關(guān)專業(yè)調(diào)劑名額 +4 | 袁奐奐 2026-03-25 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 各位老師您好：本人初試372分 +5 | jj涌77 2026-03-25 | 6/300 |
|
|
|
[有機交流]
有機合成求助
 20+3
|
FENGSHUJEI 2026-03-23 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 361求調(diào)劑 +3 | Glack 2026-03-22 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 333求調(diào)劑 +3 | ALULU4408 2026-03-23 | 3/150 |
|
|
|
[論文投稿] 急發(fā)核心期刊論文 +3 | 賢達(dá)問津 2026-03-23 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑院校信息 +6 | CX 330 2026-03-21 | 6/300 |
|