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還在fighting新蟲(chóng) (初入文壇)
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[求助]
NCBI上的序列下載建樹(shù)對(duì)序列的選擇要求。 已有2人參與
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我是要做一個(gè)目里面幾十個(gè)種的進(jìn)化樹(shù)，然后我選取16S的序列，但是序列長(zhǎng)短差距較大一些1500多，一些500多(沒(méi)法選擇長(zhǎng)度基本一致的，因?yàn)橛行┲挥羞@么一個(gè))，然后我該怎么去建樹(shù)呢？我自己跑了一下來(lái)看，建出來(lái)的樹(shù)看著完全不對(duì)。一個(gè)科的都不能聚在一起。是不是序列選取有問(wèn)題呢？還是應(yīng)該怎么做？ 發(fā)自小木蟲(chóng)Android客戶端 |
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還在fighting
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我是用Mrbayes建樹(shù)，外群選擇的是一個(gè)綱里面的另外一個(gè)目，并且用mega的ML建樹(shù)進(jìn)行比對(duì)，我現(xiàn)在的問(wèn)題就是在NCBI上選擇的序列別人用的酶切位點(diǎn)不一樣，做出來(lái)的序列長(zhǎng)度不一樣，這樣建樹(shù)就有問(wèn)題。不知道該怎么解決， 發(fā)自小木蟲(chóng)Android客戶端 |
4樓2016-10-22 17:01:26
【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
西門(mén)吹雪170: 金幣+2, 鼓勵(lì)回帖交流 2016-10-24 22:36:37
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
西門(mén)吹雪170: 金幣+2, 鼓勵(lì)回帖交流 2016-10-24 22:36:37
| 用核苷酸序列還是蛋白質(zhì)序列建樹(shù)的呢，用的什么軟件呢，MEGA么，其實(shí)可以用PAUP4來(lái)試一下，而且算之前最好用mrbayes-3.1.2 算一下選擇什么模型。而且還要看你選擇用什么算法，一般是用鄰接法（Neighbor-Joining，NJ）、最大似然法（Maximum likelihood，ML）和最大簡(jiǎn)約法（Maximum parsimony，MP），我老師教我的時(shí)候是說(shuō)用這三種算法分別建樹(shù)，看是不是結(jié)果相似，相似就是對(duì)的。另外選擇一個(gè)合適外群也挺重要的。我也才在學(xué)習(xí)這方面的，歡迎討論。 |
2樓2016-10-22 15:52:38
3樓2016-10-22 15:56:26
還在fighting
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5樓2016-10-22 17:02:00
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