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shuting1994新蟲 (小有名氣)
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[求助]
Lammps并行速度比串行速度慢很多，是什么原因呢？ 已有3人參與
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自己在服務(wù)器上安裝的并行l(wèi)ammps，以一個(gè)4千原子1萬(wàn)步的腳本為例子，發(fā)現(xiàn)并行輸入mpirun -n 28 lmp_mpi < in.text. 輸出log里顯示1 by 14 by 2 mpi processor grid ,說(shuō)明應(yīng)該是并行計(jì)算了，結(jié)果算了32分19秒；同樣的腳本我輸入串行l(wèi)mp_serial < in.bn，結(jié)果2分08秒就算出來(lái)了，心塞的不行，請(qǐng)問(wèn)有哪位高手知道這是什么原因？多謝 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
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abinitio
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【答案】應(yīng)助回帖
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
| 看看log文件里的comm time 占百分比是多少？ |
» 本帖已獲得的紅花（最新10朵）
2樓2016-12-01 08:29:16
【答案】應(yīng)助回帖
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
| 建議你做些其它核數(shù)的測(cè)試，比如2 4 8 等看看，有的確實(shí)核數(shù)多反而慢的 |
» 本帖已獲得的紅花（最新10朵）
3樓2016-12-02 09:43:21
★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
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4樓2016-12-02 12:31:38
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送紅花一朵 |
我還是新手，是用的SSH端口連接的服務(wù)器，這里我只能從log文件里看到計(jì)算總時(shí)間，請(qǐng)問(wèn)comm time應(yīng)該從哪里看到呢？ 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
5樓2016-12-02 19:43:44
shuting1994
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好的，謝謝你的建議！我后來(lái)確實(shí)測(cè)試了其他核數(shù)，也確實(shí)出現(xiàn)了核數(shù)多時(shí)間反而滿下來(lái)的情況，這里我還有一個(gè)疑問(wèn)，因?yàn)槲疫x擇的體系很小，所以我有點(diǎn)擔(dān)心結(jié)果是否準(zhǔn)確，請(qǐng)問(wèn)你做過(guò)類似測(cè)試嗎，一般選取多長(zhǎng)測(cè)試時(shí)間比較合適呢？ 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
6樓2016-12-02 19:45:38
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是的，因?yàn)槲业捏w系很小，我后來(lái)對(duì)自己的結(jié)果也產(chǎn)生懷疑，請(qǐng)問(wèn)你做過(guò)類似測(cè)試嗎，體系的計(jì)算時(shí)間選取多長(zhǎng)比較合適呢？還有請(qǐng)問(wèn)你所提到的數(shù)據(jù)通訊和數(shù)據(jù)交流分別指什么意思呢？我的理解是數(shù)據(jù)通訊是指數(shù)據(jù)從我的端口提交到服務(wù)器所花的時(shí)間，是這樣的嗎，太感謝你啦！ 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
7樓2016-12-02 19:50:34
8樓2016-12-02 20:06:19
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我沒(méi)說(shuō)清楚，是運(yùn)行時(shí)的屏幕顯示信息，一般都通過(guò)> 或get 重定向到一個(gè)文件里，里面有關(guān)于comm time的比例。 Pair time (%) = 682.588 (58.6658) Neigh time (%) = 1.25649 (0.10799) Comm time (%) = 401.952 (34.5463) Outpt time (%) = 0.3374 (0.0289982) Other time (%) = 77.3855 (6.65098) |
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9樓2016-12-05 08:07:49
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比方說(shuō)我在提交任務(wù)的時(shí)候，可以這樣mpirun -n 核數(shù) lmp_mpi < in.text >out.put，然后在在out.put文件里查看時(shí)間信息嗎？還是你的服務(wù)器里安裝了類似pbs之類的提交軟件，可以在輸出文件里查看時(shí)間信息呢？~ 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
10樓2016-12-05 11:58:52
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