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shuting1994新蟲 (小有名氣)
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[求助]
Lammps并行速度比串行速度慢很多，是什么原因呢？ 已有3人參與
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自己在服務(wù)器上安裝的并行l(wèi)ammps，以一個4千原子1萬步的腳本為例子，發(fā)現(xiàn)并行輸入mpirun -n 28 lmp_mpi < in.text. 輸出log里顯示1 by 14 by 2 mpi processor grid ,說明應(yīng)該是并行計算了，結(jié)果算了32分19秒；同樣的腳本我輸入串行l(wèi)mp_serial < in.bn，結(jié)果2分08秒就算出來了，心塞的不行，請問有哪位高手知道這是什么原因？多謝 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
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abinitio
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【答案】應(yīng)助回帖
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
| 看看log文件里的comm time 占百分比是多少？ |
2樓2016-12-01 08:29:16
【答案】應(yīng)助回帖
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
| 建議你做些其它核數(shù)的測試，比如2 4 8 等看看，有的確實核數(shù)多反而慢的 |
» 本帖已獲得的紅花（最新10朵）
3樓2016-12-02 09:43:21
★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
shuting1994: 金幣+5, ★★★★★最佳答案 2016-12-02 19:46:04
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本帖內(nèi)容被屏蔽 |
4樓2016-12-02 12:31:38
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5樓2016-12-02 19:43:44
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送紅花一朵 |
好的，謝謝你的建議！我后來確實測試了其他核數(shù)，也確實出現(xiàn)了核數(shù)多時間反而滿下來的情況，這里我還有一個疑問，因為我選擇的體系很小，所以我有點(diǎn)擔(dān)心結(jié)果是否準(zhǔn)確，請問你做過類似測試嗎，一般選取多長測試時間比較合適呢？ 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
6樓2016-12-02 19:45:38
shuting1994
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是的，因為我的體系很小，我后來對自己的結(jié)果也產(chǎn)生懷疑，請問你做過類似測試嗎，體系的計算時間選取多長比較合適呢？還有請問你所提到的數(shù)據(jù)通訊和數(shù)據(jù)交流分別指什么意思呢？我的理解是數(shù)據(jù)通訊是指數(shù)據(jù)從我的端口提交到服務(wù)器所花的時間，是這樣的嗎，太感謝你啦！ 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
7樓2016-12-02 19:50:34
8樓2016-12-02 20:06:19
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我沒說清楚，是運(yùn)行時的屏幕顯示信息，一般都通過> 或get 重定向到一個文件里，里面有關(guān)于comm time的比例。 Pair time (%) = 682.588 (58.6658) Neigh time (%) = 1.25649 (0.10799) Comm time (%) = 401.952 (34.5463) Outpt time (%) = 0.3374 (0.0289982) Other time (%) = 77.3855 (6.65098) |
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9樓2016-12-05 08:07:49
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送紅花一朵 |
比方說我在提交任務(wù)的時候，可以這樣mpirun -n 核數(shù) lmp_mpi < in.text >out.put，然后在在out.put文件里查看時間信息嗎？還是你的服務(wù)器里安裝了類似pbs之類的提交軟件，可以在輸出文件里查看時間信息呢？~ 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
10樓2016-12-05 11:58:52
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