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zhangdie新蟲(chóng) (初入文壇)
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請(qǐng)問(wèn)驗(yàn)證cds全長(zhǎng)序列設(shè)計(jì)引物(cDNA模板)，后二十堿基幾乎沒(méi)有GC怎么辦
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為了設(shè)計(jì)這個(gè)引物我查了好多資料，pp5也下了學(xué)了但是驗(yàn)證cds的引物基本上只有前二十和后二十這種設(shè)計(jì)法，但我下游引物用了最后二十四個(gè)堿基CG含量才大概20%，退火溫度五十都不到，跑出條帶做了連接轉(zhuǎn)化但結(jié)果都不是目的基因。有人說(shuō)用utr區(qū)設(shè)計(jì)，但是我5‘utr只有十五個(gè)已知堿基，是需要先做個(gè)5race嗎？或者前輩們有什么別的方法？求指點(diǎn)謝謝 發(fā)自小木蟲(chóng)Android客戶(hù)端 |
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zhangdie
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我是中間序列有5`，我做了3race拼上之后先用核苷酸比對(duì)，找到終止密碼子后再翻譯比對(duì)，都沒(méi)什么問(wèn)題，而且我race出的序列只隔十幾個(gè)堿基就是終止密碼子了�！，F(xiàn)在就是引物問(wèn)題，下游后二十個(gè)堿基全是AT。。前二十后二十那種設(shè)計(jì)引物法得不到目的基因是這個(gè)原因嗎 發(fā)自小木蟲(chóng)Android客戶(hù)端 |
12樓2017-01-07 00:10:05
MAS_rice
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西門(mén)吹雪170: 金幣+1, 鼓勵(lì)回帖交流 2017-01-06 07:45:02
西門(mén)吹雪170: 金幣+1, 鼓勵(lì)回帖交流 2017-01-06 07:45:02
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能擴(kuò)出來(lái)應(yīng)該可以用吧，要不然你把這個(gè)擴(kuò)出來(lái)的前段連個(gè)T載，再測(cè)序看看是不是目的前段 發(fā)自小木蟲(chóng)Android客戶(hù)端 |
2樓2017-01-03 23:20:27
zhangdie
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做過(guò)了，挑了十個(gè)菌都出了結(jié)果位置和我目的條帶位置差不多，但測(cè)序回來(lái)都比對(duì)不上T T 發(fā)自小木蟲(chóng)Android客戶(hù)端 |
3樓2017-01-04 15:41:08
MAS_rice
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4樓2017-01-04 22:12:15
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