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Inorg@USF

木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)

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[交流] 【求助】大家?guī)臀铱纯磳?duì)于無(wú)序的溶劑分子如此正確處理？已有4人參與

我的結(jié)構(gòu)中有兩個(gè)獨(dú)立的甲醇CH3OH溶劑分子，它們的氧原子都是無(wú)序的，并可找到在每個(gè)O原子旁邊都有個(gè)Q（1.29，1.56)殘峰，分別定義為O7', O8'。在res文件中分別做如下變動(dòng)：

same C29 O7 C29 O7'
C29 1 0.077512  0.738196  0.389123 10.500000  0.125780  0.057390 =
         0.031800 -0.005980  0.004650 -0.038370
AFIX 137
H29A 2 0.090129  0.766425  0.439870 10.500000 -1.500000
H29B 2 0.056775  0.778432  0.356668 10.500000 -1.500000
H29C 2 0.103629  0.721107  0.358019 10.500000 -1.500000
AFIX 0
O7    4 0.049875  0.659294  0.408799 10.500000  0.160580  0.687290 =
         0.902020  0.618200 -0.135650 -0.143690
O7' 4 0.050500  0.678200  0.379700 10.500000  0.050000
afix 147
H33 2 0.061709  0.645789  0.460684 11.000000  -1.5
afix 0

SAME C33 O8 C33 O8'
C33 1 0.417322  0.742677  0.150674 10.500000  0.147560
AFIX 137
H33A 2 0.436970  0.709938  0.192083 10.500000 -1.500000
H33B 2 0.418212  0.714857  0.097429 10.500000 -1.500000
H33C 2 0.384722  0.744078  0.164972 10.500000 -1.500000
AFIX 0
O8    4 0.434422  0.826530  0.147184 10.500000  0.199260  0.622860 =
         0.466600 -0.329290  0.219120 -0.254560
O8' 4 0.423200  0.839100  0.126600 10.500000  0.050000
AFIX 147
H8    2 0.459327  0.826485  0.123757 11.000000 -1.500000
AFIX 0

我的主要意思是能讓甲醇中C原子有三個(gè)氫原子，保持C原子的SP3雜化構(gòu)型�？墒蔷谷徊荒芫�。提示C原子的鏈接狀態(tài)不對(duì)! 請(qǐng)問(wèn)是我的命令加的有問(wèn)題嗎？應(yīng)該如何改動(dòng)？多謝了！

[ Last edited by Inorg@USF on 2010-5-25 at 12:01 ]

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1樓 2010-05-25 11:55:53

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hao_jian

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★
Inorg@USF(金幣+5):謝謝你的幫助，我重新做了，一起從頭開(kāi)始。 2010-05-25 13:44:24
wsht212(金幣+1):謝謝交流，希望常來(lái)！ 2010-05-25 15:03:07

光改占有率不行，無(wú)序原子應(yīng)該放在不同的part里面，否則程序不能識(shí)別C上接了幾個(gè)O，也就不知道該加幾個(gè)H。

請(qǐng)給出C29-O7'和C33-O8的鍵長(zhǎng)，看起來(lái)O7和O8‘象H
通常羥基不容易無(wú)序，因?yàn)橛袣滏I給他定位。

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2樓2010-05-25 12:06:33

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謝謝回應(yīng)！

我之前也用part命令做了一下，如下：

REM ************ Methanol group 1 ****************
same C29 O7 C29 O7'
C29 1 0.077512  0.738196  0.389123 10.500000  0.125780  0.057390 =
         0.031800 -0.005980  0.004650 -0.038370
part1
AFIX 137
H29A 2 0.090129  0.766425  0.439870 21.00000 -1.500000
H29B 2 0.056775  0.778432  0.356668 21.00000 -1.500000
H29C 2 0.103629  0.721107  0.358019 21.00000 -1.500000
AFIX 0
part 2
AFIX 137
H29D 2 0  0  0 -21.00000 -1.500000
H29E 2 0  0  0 -21.00000 -1.500000
H29F 2 0  0  0 -21.00000 -1.500000
AFIX 0
part 1
O7    4 0.049875  0.659294  0.408799 10.500000  0.160580  0.687290 =
         0.902020  0.618200 -0.135650 -0.143690
part 2
O7' 4 0.050500  0.678200  0.379700 10.500000  0.050000
afix 147
H33 2 0.061709  0.645789  0.460684 11.000000  -1.5
afix 0
part 0
REM ************ Methanol group 1 ****************

REM ************ Methanol group 2 ****************
SAME C33 O8 C33 O8'
C33 1 0.417322  0.742677  0.150674 10.500000  0.147560
part 1
AFIX 137
H33A 2 0.436970  0.709938  0.192083 10.500000 -1.500000
H33B 2 0.418212  0.714857  0.097429 10.500000 -1.500000
H33C 2 0.384722  0.744078  0.164972 10.500000 -1.500000
AFIX 0
part 2
AFIX 137
H33D 2 0  0  0 -21.00000 -1.500000
H33E 2 0  0  0 -21.00000 -1.500000
H33F 2 0  0  0 -21.00000 -1.500000
AFIX 0
part 1
O8    4 0.434422  0.826530  0.147184 10.500000  0.199260  0.622860 =
         0.466600 -0.329290  0.219120 -0.254560
part 2
O8' 4 0.423200  0.839100  0.126600 10.500000  0.050000
AFIX 147
H8    2 0.459327  0.826485  0.123757 11.000000 -1.500000
AFIX 0
part 0

REM ************ Methanol group 2 ****************

問(wèn)題依舊不能解決。也是同樣的警告！盼解～～

鍵長(zhǎng)數(shù)據(jù)：

C29-O7    1.505
C29-O7' 1.206
C33-O8    1.389
C33-O8' 1.557
O7-O7'    0.564
O8-O8'    0.483

引用回帖:

Originally posted by hao_jian at 2010-05-25 12:06:33:
光改占有率不行，無(wú)序原子應(yīng)該放在不同的part里面，否則程序不能識(shí)別C上接了幾個(gè)O，也就不知道該加幾個(gè)H。

請(qǐng)給出C29-O7'和C33-O8的鍵長(zhǎng)，看起來(lái)O7和O8‘象H
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3樓2010-05-25 12:38:34

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Inorg@USF(金幣+1):謝謝你，的確如此。 2010-05-25 13:44:51

沒(méi)有原始文件很難幫到您的

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4樓2010-05-25 12:45:26

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對(duì)了,每次給出的警告都是:

SAME/SADI sfac type mismatch for C29 O7 O7 O7'

c29 not bonded to suitable atom for Afix

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5樓2010-05-25 12:46:06

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★
wsht212(金幣+1): 2010-05-25 15:03:43
Inorg@USF(金幣+1):我最后決定用的是DFIX 2010-05-26 10:42:44

same不是這么用的
你把same改成sadi，語(yǔ)句放在文件頭部

下面這1句就行了
SADI C33 O8 C33 O8' C29 O7 C29 O7'

[ Last edited by hao_jian on 2010-5-25 at 14:12 ]

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6樓2010-05-25 14:10:37

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wsht212(金幣+1):謝謝交流，希望常來(lái)！ 2010-05-25 15:03:51
Inorg@USF(金幣+1):謝謝回應(yīng)！ 2010-05-26 10:30:54

還有，同一個(gè)part，占有率應(yīng)該一致，你這里
part1有50%和b%
part2有50%和（1 - b%）

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7樓2010-05-25 14:17:27

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Inorg@USF(金幣+1):謝謝回應(yīng)！ 2010-05-26 10:31:18

same 亂用會(huì)造成精修不穩(wěn)定
一個(gè)簡(jiǎn)單的甲醇無(wú)序，用不著用same這種高級(jí)指令。
如果樓主想練習(xí)的話，還需注意以下兩點(diǎn)：
（1）鍵長(zhǎng)鍵角的設(shè)置
（2）氫原子應(yīng)該加兩套，分別加，而且方向要合適

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8樓2010-05-25 19:12:47

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您說(shuō)的沒(méi)錯(cuò)。我后來(lái)發(fā)現(xiàn)也沒(méi)必要加SAME命令。最后我的措施是，刪除C上的理論加的H原子，用PART命令，精修后如圖示。

問(wèn)題是，我實(shí)在是技窮于如何給C加上H，我也知道是要加兩套，嘗試用part 和afix命令，如下，可是無(wú)法精修。警告為：C29 NOT BONDED TO SUITABLE ATOM FOR AFIX

C29 1 0.079328  0.740455  0.389474 11.000000  0.112010  0.050760 =
         0.036690  0.008560  0.001170  0.022990

PART 1
AFIX 137
H29A 2 0  0  0  10.50000 -1.5
H29B 2 0  0  0  10.50000 -1.5
H29C 2 0  0  0  10.50000 -1.5
AFIX 0
PART 2
AFIX 137
H29D 2 0  0  0  10.50000 -1.5
H29E 2 0  0  0  10.50000 -1.5
H29F 2 0  0  0  10.50000 -1.5
AFIX 0
PART 1
O7' 4 0.050069  0.663745  0.386007 10.500000  0.145980  0.609370 =
         0.668760 -0.579650 -0.079440  0.122330
PART 2
O7    4 0.053091  0.673034  0.426211 10.500000  0.145980  0.609370 =
         0.668760 -0.579650 -0.079440  0.122330
PART 0
AFIX 147
H7A 2 0.071743  0.634038  0.444499 11.000000 -1.500000
AFIX 0

盼解！

引用回帖:

Originally posted by wsyy163 at 2010-05-25 19:12:47:
same 亂用會(huì)造成精修不穩(wěn)定
一個(gè)簡(jiǎn)單的甲醇無(wú)序，用不著用same這種高級(jí)指令。
如果樓主想練習(xí)的話，還需注意以下兩點(diǎn)：
（1）鍵長(zhǎng)鍵角的設(shè)置
（2）氫原子應(yīng)該加兩套，分別加，而且方向要合適

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回復(fù)此樓

There is a will,there is a way.

9樓2010-05-26 10:39:50

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huhongfan0926

金蟲(chóng) (小有名氣)

應(yīng)助: 0 (幼兒園)
金幣: 1205.9
帖子: 155
在線: 59小時(shí)
蟲(chóng)號(hào): 514048
注冊(cè): 2008-02-28
性別: GG
專(zhuān)業(yè): 金屬有機(jī)化學(xué)

C29也分兩套
part 1
o7........
c29

part 2
o7'
c29'
part 0

exyz c29 c29'

再加氫試試

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回復(fù)此樓

10樓2010-05-26 11:17:13

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