 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 查看: 1777 | 回復: 11 | |||
Inorg@USF木蟲 (正式寫手)
|
[交流]
【求助】大家?guī)臀铱纯磳τ跓o序的溶劑分子如此正確處理？ 已有4人參與
|
我的結構中有兩個獨立的甲醇CH3OH溶劑分子，它們的氧原子都是無序的，并可找到在每個O原子旁邊都有個Q（1.29，1.56)殘峰，分別定義為O7', O8'。 在res文件中分別做如下變動： same C29 O7 C29 O7' C29 1 0.077512 0.738196 0.389123 10.500000 0.125780 0.057390 = 0.031800 -0.005980 0.004650 -0.038370 AFIX 137 H29A 2 0.090129 0.766425 0.439870 10.500000 -1.500000 H29B 2 0.056775 0.778432 0.356668 10.500000 -1.500000 H29C 2 0.103629 0.721107 0.358019 10.500000 -1.500000 AFIX 0 O7 4 0.049875 0.659294 0.408799 10.500000 0.160580 0.687290 = 0.902020 0.618200 -0.135650 -0.143690 O7' 4 0.050500 0.678200 0.379700 10.500000 0.050000 afix 147 H33 2 0.061709 0.645789 0.460684 11.000000 -1.5 afix 0  SAME C33 O8 C33 O8' C33 1 0.417322 0.742677 0.150674 10.500000 0.147560 AFIX 137 H33A 2 0.436970 0.709938 0.192083 10.500000 -1.500000 H33B 2 0.418212 0.714857 0.097429 10.500000 -1.500000 H33C 2 0.384722 0.744078 0.164972 10.500000 -1.500000 AFIX 0 O8 4 0.434422 0.826530 0.147184 10.500000 0.199260 0.622860 = 0.466600 -0.329290 0.219120 -0.254560 O8' 4 0.423200 0.839100 0.126600 10.500000 0.050000 AFIX 147 H8 2 0.459327 0.826485 0.123757 11.000000 -1.500000 AFIX 0 我的主要意思是能讓甲醇中C原子有三個氫原子，保持C原子的SP3雜化構型�？墒蔷谷徊荒芫蕖Ｌ崾綜原子的鏈接狀態(tài)不對! 請問是我的命令加的有問題嗎？ 應該如何改動？ 多謝了！ [ Last edited by Inorg@USF on 2010-5-25 at 12:01 ] |
回復此樓» 猜你喜歡
中南大學化學化工學院易小藝教授課題組招收2026級博士研究生（第二輪）
已經有0人回復
-
求助
已經有1人回復
-
無機化學論文潤色/翻譯怎么收費?
已經有266人回復
-
0703化學26考研調劑，一志愿南昌大學
已經有2人回復
-
有沒有化學、材料專業(yè)的同學需要調劑 考慮天津高效的可以郵件或者私信
已經有1人回復
-
26年博士招生
已經有15人回復
-
江西理工大學功能晶態(tài)材料方向劉遂軍課題組招收2026年秋季入學博士研究生
已經有10人回復
-
寧夏大學團簇新材料團隊招收材料/化學/化工專業(yè)博士生
已經有0人回復
-
MIL-101有單晶樣品嗎
已經有0人回復
-
西北大學26年化學博士招生
已經有2人回復
» 本主題相關商家推薦: (我也要在這里推廣)
» 本主題相關價值貼推薦，對您同樣有幫助:
- 請大家?guī)臀铱纯碨SR的聚丙烯~
已經有7人回復
- 請用過流變儀的蟲友么幫我看看
已經有8人回復
- 大家?guī)臀铱纯催@個RNA膠圖，這是神馬情況。。。
已經有8人回復
- 幫我看看這個溶解qPCR曲線
已經有6人回復
- 有關丙烯酸酯聚合溶劑選擇問題？請各位幫幫忙看一下
已經有10人回復
- 【求助】晶體解析時溶劑分子中氧原子和一個C原子無序能說明什么
已經有12人回復
- 【求助】急！請高人幫我看看我的GPC 圖
已經有26人回復
- 【求助/交流】大家?guī)臀铱纯次业沫傊菆D怎么這樣啊
已經有27人回復
- 【求助/交流】CTAB法提取了dna，幫我看看圖片，幫忙提點改進方法
已經有20人回復
- 【求助】大家?guī)臀铱纯催@個Wittig反應是否可行。。。
已經有21人回復
- 【求助】請大家?guī)臀铱纯碩GA圖吧，O(∩_∩)O謝謝
已經有21人回復
- 【請教】如何對付non positive difinte（NPD)和無序的溶劑分子？
已經有4人回復
- 【求助】“無序“溶劑分子的確定
已經有7人回復
- 【求助】用platon中的squeeze程序是否可以處理高度無序的溶劑分子？
已經有4人回復
hao_jian
木蟲 (正式寫手)
- 應助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 1595.5
- 散金: 10
- 紅花: 2
- 帖子: 328
- 在線: 22.8小時
- 蟲號: 992587
- 注冊: 2010-04-09
- 性別: GG
- 專業(yè): 結構化學
2樓2010-05-25 12:06:33
Inorg@USF
木蟲 (正式寫手)
- CMEI: 1
- 應助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 4236.3
- 散金: 10
- 紅花: 10
- 帖子: 329
- 在線: 133小時
- 蟲號: 291411
- 注冊: 2006-10-29
- 性別: GG
- 專業(yè): 無機合成和制備化學
|
謝謝回應！ 我之前也用part命令做了一下，如下： REM ************ Methanol group 1 **************** same C29 O7 C29 O7' C29 1 0.077512 0.738196 0.389123 10.500000 0.125780 0.057390 = 0.031800 -0.005980 0.004650 -0.038370 part1 AFIX 137 H29A 2 0.090129 0.766425 0.439870 21.00000 -1.500000 H29B 2 0.056775 0.778432 0.356668 21.00000 -1.500000 H29C 2 0.103629 0.721107 0.358019 21.00000 -1.500000 AFIX 0 part 2 AFIX 137 H29D 2 0 0 0 -21.00000 -1.500000 H29E 2 0 0 0 -21.00000 -1.500000 H29F 2 0 0 0 -21.00000 -1.500000 AFIX 0 part 1 O7 4 0.049875 0.659294 0.408799 10.500000 0.160580 0.687290 = 0.902020 0.618200 -0.135650 -0.143690 part 2 O7' 4 0.050500 0.678200 0.379700 10.500000 0.050000 afix 147 H33 2 0.061709 0.645789 0.460684 11.000000 -1.5 afix 0 part 0 REM ************ Methanol group 1 **************** REM ************ Methanol group 2 **************** SAME C33 O8 C33 O8' C33 1 0.417322 0.742677 0.150674 10.500000 0.147560 part 1 AFIX 137 H33A 2 0.436970 0.709938 0.192083 10.500000 -1.500000 H33B 2 0.418212 0.714857 0.097429 10.500000 -1.500000 H33C 2 0.384722 0.744078 0.164972 10.500000 -1.500000 AFIX 0 part 2 AFIX 137 H33D 2 0 0 0 -21.00000 -1.500000 H33E 2 0 0 0 -21.00000 -1.500000 H33F 2 0 0 0 -21.00000 -1.500000 AFIX 0 part 1 O8 4 0.434422 0.826530 0.147184 10.500000 0.199260 0.622860 = 0.466600 -0.329290 0.219120 -0.254560 part 2 O8' 4 0.423200 0.839100 0.126600 10.500000 0.050000 AFIX 147 H8 2 0.459327 0.826485 0.123757 11.000000 -1.500000 AFIX 0 part 0 REM ************ Methanol group 2 **************** 問題依舊不能解決。也是同樣的警告！盼解～～ 鍵長數據： C29-O7 1.505 C29-O7' 1.206 C33-O8 1.389 C33-O8' 1.557 O7-O7' 0.564 O8-O8' 0.483 [ Last edited by Inorg@USF on 2010-5-25 at 12:41 ] |
3樓2010-05-25 12:38:34
wsyy163
銀蟲 (正式寫手)
- 應助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 36
- 散金: 376
- 帖子: 328
- 在線: 51.6小時
- 蟲號: 799179
- 注冊: 2009-06-26
- 專業(yè): 無機合成和制備化學
4樓2010-05-25 12:45:26
Inorg@USF
木蟲 (正式寫手)
- CMEI: 1
- 應助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 4236.3
- 散金: 10
- 紅花: 10
- 帖子: 329
- 在線: 133小時
- 蟲號: 291411
- 注冊: 2006-10-29
- 性別: GG
- 專業(yè): 無機合成和制備化學
5樓2010-05-25 12:46:06
hao_jian
木蟲 (正式寫手)
- 應助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 1595.5
- 散金: 10
- 紅花: 2
- 帖子: 328
- 在線: 22.8小時
- 蟲號: 992587
- 注冊: 2010-04-09
- 性別: GG
- 專業(yè): 結構化學
6樓2010-05-25 14:10:37
hao_jian
木蟲 (正式寫手)
- 應助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 1595.5
- 散金: 10
- 紅花: 2
- 帖子: 328
- 在線: 22.8小時
- 蟲號: 992587
- 注冊: 2010-04-09
- 性別: GG
- 專業(yè): 結構化學
7樓2010-05-25 14:17:27
wsyy163
銀蟲 (正式寫手)
- 應助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 36
- 散金: 376
- 帖子: 328
- 在線: 51.6小時
- 蟲號: 799179
- 注冊: 2009-06-26
- 專業(yè): 無機合成和制備化學
8樓2010-05-25 19:12:47
Inorg@USF
木蟲 (正式寫手)
- CMEI: 1
- 應助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 4236.3
- 散金: 10
- 紅花: 10
- 帖子: 329
- 在線: 133小時
- 蟲號: 291411
- 注冊: 2006-10-29
- 性別: GG
- 專業(yè): 無機合成和制備化學
您說的沒錯。我后來發(fā)現也沒必要加SAME命令。最后我的措施是，刪除C上的理論加的H原子，用PART命令，精修后如圖示。 問題是，我實在是技窮于如何給C加上H，我也知道是要加兩套，嘗試用part 和afix命令，如下，可是無法精修。警告為：C29 NOT BONDED TO SUITABLE ATOM FOR AFIX C29 1 0.079328 0.740455 0.389474 11.000000 0.112010 0.050760 = 0.036690 0.008560 0.001170 0.022990 PART 1 AFIX 137 H29A 2 0 0 0 10.50000 -1.5 H29B 2 0 0 0 10.50000 -1.5 H29C 2 0 0 0 10.50000 -1.5 AFIX 0 PART 2 AFIX 137 H29D 2 0 0 0 10.50000 -1.5 H29E 2 0 0 0 10.50000 -1.5 H29F 2 0 0 0 10.50000 -1.5 AFIX 0 PART 1 O7' 4 0.050069 0.663745 0.386007 10.500000 0.145980 0.609370 = 0.668760 -0.579650 -0.079440 0.122330 PART 2 O7 4 0.053091 0.673034 0.426211 10.500000 0.145980 0.609370 = 0.668760 -0.579650 -0.079440 0.122330 PART 0 AFIX 147 H7A 2 0.071743 0.634038 0.444499 11.000000 -1.500000 AFIX 0 盼解！ [ Last edited by Inorg@USF on 2010-5-26 at 10:41 ] |
9樓2010-05-26 10:39:50
huhongfan0926
金蟲 (小有名氣)
- 應助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 1205.9
- 帖子: 155
- 在線: 59小時
- 蟲號: 514048
- 注冊: 2008-02-28
- 性別: GG
- 專業(yè): 金屬有機化學
10樓2010-05-26 11:17:13
相關版塊跳轉
我要訂閱樓主 Inorg@USF 的主題更新
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 304求調劑 +4 | 司空. 2026-03-18 | 4/200 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 【同濟軟件】軟件（085405）考研求調劑 +3 | 2026eternal 2026-03-18 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 化工學碩306求調劑 +10 | 42838695 2026-03-12 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 材料與化工一志愿南昌大學327求調劑推薦 +8 | Ncdx123456 2026-03-13 | 9/450 |
|
|
[考研] 0817 化學工程 299分求調劑 有科研經歷 有二區(qū)文章 +7 | rare12345 2026-03-18 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 材料專碩274一志愿陜西師范大學求調劑 +6 | 薛云鵬 2026-03-13 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 288求調劑，一志愿華南理工大學071005 +4 | ioodiiij 2026-03-17 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 304求調劑 +12 | 小熊joy 2026-03-14 | 13/650 |
|
|
|
[考研] 301求調劑 +4 | A_JiXing 2026-03-16 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 332求調劑 +6 | Zz版 2026-03-13 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 梁成偉老師課題組歡迎你的加入 +8 | 一鴨鴨喲 2026-03-14 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 070300化學學碩求調劑 +6 | 太想進步了0608 2026-03-16 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 288求調劑 +4 | 奇點0314 2026-03-14 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 一志愿哈工大材料324分求調劑 +5 | 閆旭東 2026-03-14 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 297求調劑 +4 | 學海漂泊 2026-03-13 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 材料與化工求調劑一志愿 985 總分 295 +8 | dream…… 2026-03-12 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 工科278分求調劑 +5 | 周慢熱啊 2026-03-12 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 070303一志愿西北大學學碩310找調劑 +3 | d如愿上岸 2026-03-13 | 3/150 |
|
|
|
[考博] 26讀博 +4 | Rui135246 2026-03-12 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 333求調劑 +3 | 152697 2026-03-12 | 4/200 |
|