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Inorg@USF木蟲 (正式寫手)
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[交流]
【求助】大家?guī)臀铱纯磳τ跓o序的溶劑分子如此正確處理？ 已有4人參與
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我的結(jié)構(gòu)中有兩個獨立的甲醇CH3OH溶劑分子，它們的氧原子都是無序的，并可找到在每個O原子旁邊都有個Q（1.29，1.56)殘峰，分別定義為O7', O8'。 在res文件中分別做如下變動： same C29 O7 C29 O7' C29 1 0.077512 0.738196 0.389123 10.500000 0.125780 0.057390 = 0.031800 -0.005980 0.004650 -0.038370 AFIX 137 H29A 2 0.090129 0.766425 0.439870 10.500000 -1.500000 H29B 2 0.056775 0.778432 0.356668 10.500000 -1.500000 H29C 2 0.103629 0.721107 0.358019 10.500000 -1.500000 AFIX 0 O7 4 0.049875 0.659294 0.408799 10.500000 0.160580 0.687290 = 0.902020 0.618200 -0.135650 -0.143690 O7' 4 0.050500 0.678200 0.379700 10.500000 0.050000 afix 147 H33 2 0.061709 0.645789 0.460684 11.000000 -1.5 afix 0  SAME C33 O8 C33 O8' C33 1 0.417322 0.742677 0.150674 10.500000 0.147560 AFIX 137 H33A 2 0.436970 0.709938 0.192083 10.500000 -1.500000 H33B 2 0.418212 0.714857 0.097429 10.500000 -1.500000 H33C 2 0.384722 0.744078 0.164972 10.500000 -1.500000 AFIX 0 O8 4 0.434422 0.826530 0.147184 10.500000 0.199260 0.622860 = 0.466600 -0.329290 0.219120 -0.254560 O8' 4 0.423200 0.839100 0.126600 10.500000 0.050000 AFIX 147 H8 2 0.459327 0.826485 0.123757 11.000000 -1.500000 AFIX 0 我的主要意思是能讓甲醇中C原子有三個氫原子，保持C原子的SP3雜化構(gòu)型�？墒蔷谷徊荒芫�。提示C原子的鏈接狀態(tài)不對! 請問是我的命令加的有問題嗎？ 應(yīng)該如何改動？ 多謝了！ [ Last edited by Inorg@USF on 2010-5-25 at 12:01 ] |
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您說的沒錯。我后來發(fā)現(xiàn)也沒必要加SAME命令。最后我的措施是，刪除C上的理論加的H原子，用PART命令，精修后如圖示。 問題是，我實在是技窮于如何給C加上H，我也知道是要加兩套，嘗試用part 和afix命令，如下，可是無法精修。警告為：C29 NOT BONDED TO SUITABLE ATOM FOR AFIX C29 1 0.079328 0.740455 0.389474 11.000000 0.112010 0.050760 = 0.036690 0.008560 0.001170 0.022990 PART 1 AFIX 137 H29A 2 0 0 0 10.50000 -1.5 H29B 2 0 0 0 10.50000 -1.5 H29C 2 0 0 0 10.50000 -1.5 AFIX 0 PART 2 AFIX 137 H29D 2 0 0 0 10.50000 -1.5 H29E 2 0 0 0 10.50000 -1.5 H29F 2 0 0 0 10.50000 -1.5 AFIX 0 PART 1 O7' 4 0.050069 0.663745 0.386007 10.500000 0.145980 0.609370 = 0.668760 -0.579650 -0.079440 0.122330 PART 2 O7 4 0.053091 0.673034 0.426211 10.500000 0.145980 0.609370 = 0.668760 -0.579650 -0.079440 0.122330 PART 0 AFIX 147 H7A 2 0.071743 0.634038 0.444499 11.000000 -1.500000 AFIX 0 盼解！ [ Last edited by Inorg@USF on 2010-5-26 at 10:41 ] |
9樓2010-05-26 10:39:50
hao_jian
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2樓2010-05-25 12:06:33
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謝謝回應(yīng)！ 我之前也用part命令做了一下，如下： REM ************ Methanol group 1 **************** same C29 O7 C29 O7' C29 1 0.077512 0.738196 0.389123 10.500000 0.125780 0.057390 = 0.031800 -0.005980 0.004650 -0.038370 part1 AFIX 137 H29A 2 0.090129 0.766425 0.439870 21.00000 -1.500000 H29B 2 0.056775 0.778432 0.356668 21.00000 -1.500000 H29C 2 0.103629 0.721107 0.358019 21.00000 -1.500000 AFIX 0 part 2 AFIX 137 H29D 2 0 0 0 -21.00000 -1.500000 H29E 2 0 0 0 -21.00000 -1.500000 H29F 2 0 0 0 -21.00000 -1.500000 AFIX 0 part 1 O7 4 0.049875 0.659294 0.408799 10.500000 0.160580 0.687290 = 0.902020 0.618200 -0.135650 -0.143690 part 2 O7' 4 0.050500 0.678200 0.379700 10.500000 0.050000 afix 147 H33 2 0.061709 0.645789 0.460684 11.000000 -1.5 afix 0 part 0 REM ************ Methanol group 1 **************** REM ************ Methanol group 2 **************** SAME C33 O8 C33 O8' C33 1 0.417322 0.742677 0.150674 10.500000 0.147560 part 1 AFIX 137 H33A 2 0.436970 0.709938 0.192083 10.500000 -1.500000 H33B 2 0.418212 0.714857 0.097429 10.500000 -1.500000 H33C 2 0.384722 0.744078 0.164972 10.500000 -1.500000 AFIX 0 part 2 AFIX 137 H33D 2 0 0 0 -21.00000 -1.500000 H33E 2 0 0 0 -21.00000 -1.500000 H33F 2 0 0 0 -21.00000 -1.500000 AFIX 0 part 1 O8 4 0.434422 0.826530 0.147184 10.500000 0.199260 0.622860 = 0.466600 -0.329290 0.219120 -0.254560 part 2 O8' 4 0.423200 0.839100 0.126600 10.500000 0.050000 AFIX 147 H8 2 0.459327 0.826485 0.123757 11.000000 -1.500000 AFIX 0 part 0 REM ************ Methanol group 2 **************** 問題依舊不能解決。也是同樣的警告！盼解～～ 鍵長數(shù)據(jù)： C29-O7 1.505 C29-O7' 1.206 C33-O8 1.389 C33-O8' 1.557 O7-O7' 0.564 O8-O8' 0.483 [ Last edited by Inorg@USF on 2010-5-25 at 12:41 ] |
3樓2010-05-25 12:38:34
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