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liuxianlv金蟲 (正式寫手)
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[交流]
【求助】請教分子動力學(xué)模擬 已有5人參與
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本人初學(xué)MS，本實驗室我是第一個搞這個的，純粹是摸索前進，對文獻上的很多不懂特請教各位大哥大姐，謝謝各位。 分子動力學(xué)模擬 選取Fe 晶體(001)晶面為吸附表面[18], 表面體系厚度為11 層共計1584 個Fe 原子, 體系大小為3.20 nm×3.20 nm×6.43 nm. 計算過程中“凍結(jié)”表面體系中的Fe 原子, 而吸附分子保持與金屬表面自由相互作用. 模擬中使用Materials Studio 4.0 軟件包中的COMPASS 力場對體系進行優(yōu)化, 正則系綜(NVT)[19]的MD 模擬通過Discover[20] 模塊完成. 模溫度為298 K, 采用Andersen[21]恒溫器進行溫度控制. 各分子起始速度由Maxwell-Boltzmann 分布隨機產(chǎn)生. 利用周期性邊界條件和時間平均等效于系綜平均等基本假設(shè), 運用Velocity Verlet 算法[22]求解牛頓運動方程. 范德瓦爾斯和庫侖相互作用采用Charge Group 方法[23]計算. 截斷半徑為1.5 nm, 截斷距離之外的分子間相互作用能按平均密度近似方法進行校正. 模擬中時間步長為1 fs, 模擬時間為500 ps, 每1000 步記錄一次體系的軌跡信息. 所有計算均在Pentium IV 計算機上完成 分子在金屬表面的吸附能由下列公式計算得出[10]adsorption molecule surface E ＝E ＋E －Etotal (1) 其中, Eadsorption 為吸附能; Emolecule 是自由分子的能量;Esurface 是未吸附分子時金屬表面的能量; Etotal 是包含一個分子和金屬表面體系的總能量. 通過分析體系能量和溫度隨時間演化軌跡發(fā)現(xiàn): 100 ps 時體系就開始達到平衡, 后250 ps 時體系已充分平衡, 因此選擇后250 ps進行取樣平均, 求得各分子吸附能和吸附構(gòu)型結(jié)構(gòu)參數(shù)的統(tǒng)計平均值.（文獻來源《1-(2-羥乙基)-2-烷基-咪唑啉緩蝕劑緩蝕機理的理論研究》化 學(xué) 學(xué) 報2008 年第66 卷，張 軍） 我對這段模擬過程和設(shè)置細節(jié)有些不清楚，現(xiàn)摸索如下：各位幫我看看是不是這樣的步驟？ 第一步建了表面按要求。 第二步加入表面分子。 第三步  選discover 里的setup選compass直接再點calculation（是不是不用點 和 以及其他設(shè)置）。 第四步選discover 里的Dynimics，   （原文中 各分子起始速度由Maxwell-Boltzmann 分布隨機產(chǎn)生. 利用周期性邊界條件和時間平均等效于系綜平均等基本假設(shè), 運用Velocity Verlet 算法[22]求解牛頓運動方程. 范德瓦爾斯和庫侖相互作用采用Charge Group 方法[23]計算. 截斷半徑為1.5 nm, 截斷距離之外的分子間相互作用能按平均密度近似方法進行校正.是怎么設(shè)的？） 第五步點NVT下的run. Maxwell-Boltzmann 沒找到這東西，在哪設(shè)？Velocity Verlet 也沒有， 范德瓦爾斯和庫侖相互作用采用Charge Group 方法[23]計算. 截斷半徑為1.5 nm好像在Setup里有不知是不是？vdw&coulomb是指范德瓦爾斯和庫侖相互作用嗎？以及 截斷半徑為1.5 nm是不是如圖設(shè)的：  Charge Group 方法是不是指group based |
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 晶體模型計算分析 | 分子動力學(xué) |
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043114076
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4樓2010-06-03 09:46:33
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可以再回答點嗎？（原文中 各分子起始速度由Maxwell-Boltzmann 分布隨機產(chǎn)生. 利用周期性邊界條件和時間平均等效于系綜平均等基本假設(shè), 運用Velocity Verlet 算法[22]求解牛頓運動方程. 范德瓦爾斯和庫侖相互作用采用Charge Group 方法[23]計算. 截斷半徑為1.5 nm, 截斷距離之外的分子間相互作用能按平均密度近似方法進行校正.是怎么設(shè)的？） 第五步點NVT下的run. Maxwell-Boltzmann 沒找到這東西，在哪設(shè)？Velocity Verlet 也沒有， 范德瓦爾斯和庫侖相互作用采用Charge Group 方法[23]計算. 截斷半徑為1.5 nm好像在Setup里有不知是不是？vdw&coulomb是指范德瓦爾斯和庫侖相互作用嗎？以及 截斷半徑為1.5 nm是不是如圖設(shè) |
3樓2010-06-02 21:43:27
liuxianlv
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5樓2010-06-03 10:44:17
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