 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 4820 | 回復(fù): 8 | |||||
| 當(dāng)前只顯示滿足指定條件的回帖，點(diǎn)擊這里查看本話題的所有回帖 | |||||
liuxianlv金蟲 (正式寫手)
|
[交流]
【求助】請教分子動(dòng)力學(xué)模擬 已有5人參與
|
||||
|
本人初學(xué)MS，本實(shí)驗(yàn)室我是第一個(gè)搞這個(gè)的，純粹是摸索前進(jìn)，對文獻(xiàn)上的很多不懂特請教各位大哥大姐，謝謝各位。 分子動(dòng)力學(xué)模擬 選取Fe 晶體(001)晶面為吸附表面[18], 表面體系厚度為11 層共計(jì)1584 個(gè)Fe 原子, 體系大小為3.20 nm×3.20 nm×6.43 nm. 計(jì)算過程中“凍結(jié)”表面體系中的Fe 原子, 而吸附分子保持與金屬表面自由相互作用. 模擬中使用Materials Studio 4.0 軟件包中的COMPASS 力場對體系進(jìn)行優(yōu)化, 正則系綜(NVT)[19]的MD 模擬通過Discover[20] 模塊完成. 模溫度為298 K, 采用Andersen[21]恒溫器進(jìn)行溫度控制. 各分子起始速度由Maxwell-Boltzmann 分布隨機(jī)產(chǎn)生. 利用周期性邊界條件和時(shí)間平均等效于系綜平均等基本假設(shè), 運(yùn)用Velocity Verlet 算法[22]求解牛頓運(yùn)動(dòng)方程. 范德瓦爾斯和庫侖相互作用采用Charge Group 方法[23]計(jì)算. 截?cái)喟霃綖?.5 nm, 截?cái)嗑嚯x之外的分子間相互作用能按平均密度近似方法進(jìn)行校正. 模擬中時(shí)間步長為1 fs, 模擬時(shí)間為500 ps, 每1000 步記錄一次體系的軌跡信息. 所有計(jì)算均在Pentium IV 計(jì)算機(jī)上完成 分子在金屬表面的吸附能由下列公式計(jì)算得出[10]adsorption molecule surface E ＝E ＋E －Etotal (1) 其中, Eadsorption 為吸附能; Emolecule 是自由分子的能量;Esurface 是未吸附分子時(shí)金屬表面的能量; Etotal 是包含一個(gè)分子和金屬表面體系的總能量. 通過分析體系能量和溫度隨時(shí)間演化軌跡發(fā)現(xiàn): 100 ps 時(shí)體系就開始達(dá)到平衡, 后250 ps 時(shí)體系已充分平衡, 因此選擇后250 ps進(jìn)行取樣平均, 求得各分子吸附能和吸附構(gòu)型結(jié)構(gòu)參數(shù)的統(tǒng)計(jì)平均值.（文獻(xiàn)來源《1-(2-羥乙基)-2-烷基-咪唑啉緩蝕劑緩蝕機(jī)理的理論研究》化 學(xué) 學(xué) 報(bào)2008 年第66 卷，張 軍） 我對這段模擬過程和設(shè)置細(xì)節(jié)有些不清楚，現(xiàn)摸索如下：各位幫我看看是不是這樣的步驟？ 第一步建了表面按要求。 第二步加入表面分子。 第三步  選discover 里的setup選compass直接再點(diǎn)calculation（是不是不用點(diǎn) 和 以及其他設(shè)置）。 第四步選discover 里的Dynimics，   （原文中 各分子起始速度由Maxwell-Boltzmann 分布隨機(jī)產(chǎn)生. 利用周期性邊界條件和時(shí)間平均等效于系綜平均等基本假設(shè), 運(yùn)用Velocity Verlet 算法[22]求解牛頓運(yùn)動(dòng)方程. 范德瓦爾斯和庫侖相互作用采用Charge Group 方法[23]計(jì)算. 截?cái)喟霃綖?.5 nm, 截?cái)嗑嚯x之外的分子間相互作用能按平均密度近似方法進(jìn)行校正.是怎么設(shè)的？） 第五步點(diǎn)NVT下的run. Maxwell-Boltzmann 沒找到這東西，在哪設(shè)？Velocity Verlet 也沒有， 范德瓦爾斯和庫侖相互作用采用Charge Group 方法[23]計(jì)算. 截?cái)喟霃綖?.5 nm好像在Setup里有不知是不是？vdw&coulomb是指范德瓦爾斯和庫侖相互作用嗎？以及 截?cái)喟霃綖?.5 nm是不是如圖設(shè)的：  Charge Group 方法是不是指group based |
回復(fù)此樓» 收錄本帖的淘帖專輯推薦
 晶體模型計(jì)算分析 | 分子動(dòng)力學(xué) |
» 猜你喜歡
352分-085602-一志愿985
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
291求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
330分求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
309求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
0856求調(diào)劑
已經(jīng)有13人回復(fù)
-
0703化學(xué)
已經(jīng)有11人回復(fù)
-
329求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
321求調(diào)劑
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
0856材料化工調(diào)劑 總分330
已經(jīng)有12人回復(fù)
-
070300化學(xué)354求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)
» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對您同樣有幫助:
- 請教各位，分子動(dòng)力學(xué)模擬NVE系統(tǒng)，不對速度進(jìn)行標(biāo)度可以嗎？
已經(jīng)有7人回復(fù)
- 分子動(dòng)力學(xué)模擬長程庫侖勢的處理問題
已經(jīng)有8人回復(fù)
- 【求助】VASP做分子動(dòng)力學(xué)模擬NVT系綜下為啥內(nèi)能竟然是升高的？
已經(jīng)有8人回復(fù)
- 請問各位熟悉分子動(dòng)力學(xué)模擬的朋友，熟悉精通MS的分子動(dòng)力學(xué)模擬需要多久？
已經(jīng)有17人回復(fù)
- 【討論】關(guān)于汽液兩相分子動(dòng)力學(xué)模擬中粒子在汽液兩相盒子交換的編程問題
已經(jīng)有3人回復(fù)
- 【討論】大家好，加水后跑完分子動(dòng)力學(xué)，在log中發(fā)現(xiàn)了問題
已經(jīng)有15人回復(fù)
- 【求助】分子動(dòng)力學(xué)模擬尺度問題？
已經(jīng)有11人回復(fù)
- 【原創(chuàng)】分子對接，同源模建，分子動(dòng)力學(xué)軟件介紹帖
已經(jīng)有35人回復(fù)
- 【求助】新手請教分子模擬問題
已經(jīng)有27人回復(fù)
liuxianlv
金蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 868
- 散金: 42
- 帖子: 883
- 在線: 61.4小時(shí)
- 蟲號: 839985
- 注冊: 2009-09-04
- 性別: GG
- 專業(yè): 理論和計(jì)算化學(xué)
5樓2010-06-03 10:44:17
qasd
木蟲 (著名寫手)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 貴賓: 2.634
- 金幣: 3221.8
- 紅花: 6
- 帖子: 2009
- 在線: 130.3小時(shí)
- 蟲號: 239620
- 注冊: 2006-04-07
2樓2010-06-02 21:23:40
liuxianlv
金蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 868
- 散金: 42
- 帖子: 883
- 在線: 61.4小時(shí)
- 蟲號: 839985
- 注冊: 2009-09-04
- 性別: GG
- 專業(yè): 理論和計(jì)算化學(xué)
|
可以再回答點(diǎn)嗎？（原文中 各分子起始速度由Maxwell-Boltzmann 分布隨機(jī)產(chǎn)生. 利用周期性邊界條件和時(shí)間平均等效于系綜平均等基本假設(shè), 運(yùn)用Velocity Verlet 算法[22]求解牛頓運(yùn)動(dòng)方程. 范德瓦爾斯和庫侖相互作用采用Charge Group 方法[23]計(jì)算. 截?cái)喟霃綖?.5 nm, 截?cái)嗑嚯x之外的分子間相互作用能按平均密度近似方法進(jìn)行校正.是怎么設(shè)的？） 第五步點(diǎn)NVT下的run. Maxwell-Boltzmann 沒找到這東西，在哪設(shè)？Velocity Verlet 也沒有， 范德瓦爾斯和庫侖相互作用采用Charge Group 方法[23]計(jì)算. 截?cái)喟霃綖?.5 nm好像在Setup里有不知是不是？vdw&coulomb是指范德瓦爾斯和庫侖相互作用嗎？以及 截?cái)喟霃綖?.5 nm是不是如圖設(shè) |
3樓2010-06-02 21:43:27
043114076
木蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 49 (小學(xué)生)
- 金幣: 3364.9
- 散金: 52
- 紅花: 23
- 帖子: 788
- 在線: 369.5小時(shí)
- 蟲號: 570592
- 注冊: 2008-06-07
- 性別: GG
- 專業(yè): 理論和計(jì)算化學(xué)
4樓2010-06-03 09:46:33
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 330分求調(diào)劑 +4 | qzenlc 2026-03-29 | 4/200 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 356求調(diào)劑 +3 | gysy?s?a 2026-03-28 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 298求調(diào)劑 +3 | 種圣賜 2026-03-28 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 286求調(diào)劑 +4 | 丟掉懶惰 2026-03-27 | 7/350 |
|
|
|
[材料工程] 一志愿C9材料與化工專業(yè)總分300求調(diào)劑 +8 | 曼111 2026-03-24 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 291求調(diào)劑 +6 | HanBeiNingZC 2026-03-24 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 274求調(diào)劑 +17 | 顧九笙要謙虛 2026-03-24 | 23/1150 |
|
|
|
[考研] 308求調(diào)劑 +7 | 墨墨漠 2026-03-25 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 312求調(diào)劑 +9 | 上岸吧ZJY 2026-03-22 | 13/650 |
|
|
|
[考研] 276求調(diào)劑。有半年電池和半年高分子實(shí)習(xí)經(jīng)歷 +10 | 材料學(xué)257求調(diào)劑 2026-03-23 | 11/550 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑，一志愿 南京航空航天大學(xué)大學(xué) ，080500材料科學(xué)與工程學(xué)碩 +4 | @taotao 2026-03-26 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 081200-11408-276學(xué)碩求調(diào)劑 +4 | 崔wj 2026-03-26 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 調(diào)劑求收留 +7 | 果然有我 2026-03-26 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 一志愿上海交大生物與醫(yī)藥專碩324分，求調(diào)劑 +6 | jiajunX 2026-03-22 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 086003食品工程求調(diào)劑 +6 | 淼淼111 2026-03-24 | 6/300 |
|
|
|
[有機(jī)交流]
 有機(jī)合成求助
 20+3
|
FENGSHUJEI 2026-03-23 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 材料專碩331求調(diào)劑 +4 | 鮮當(dāng)牛 2026-03-24 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 344求調(diào)劑 +3 | desto 2026-03-24 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿河北工業(yè)大學(xué)0817化工278分求調(diào)劑 +7 | jhybd 2026-03-23 | 12/600 |
|
|
|
[考研] 一志愿重慶大學(xué)085700資源與環(huán)境，總分308求調(diào)劑 +7 | 墨墨漠 2026-03-23 | 8/400 |
|