 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 2733 | 回復(fù): 11 | ||||
| 當(dāng)前只顯示滿足指定條件的回帖，點(diǎn)擊這里查看本話題的所有回帖 | ||||
[交流]
【求助】siesta3.0 安裝，錯(cuò)誤一籮筐 已有6人參與
|
||||
|
首先現(xiàn)安裝串行，ifort 10， mkl 10， 裝siesta，make通過， make clean ， make transiesta，出現(xiàn) m_forces.o m_stress.o m_eo.o m_spin.o m_gamma.o m_hsx.o m_fire.o get_target_stress.o fire_optim.o zm_fire_optim.o cell_fire_optim.o m_fire_para.o m_fire_mixing.o write_raw_efs.o m_iodm.o m_sparse.o kpoint_pdos.o nag.o pxf.o m_ts_options.o m_ts_aux_rout.o m_ts_kpoints.o m_ts_io.o m_ts_scattering.o m_ts_contour.o m_ts_electrode.o m_ts_in_siesta.o libfdf.a \ \ dc_lapack.a liblapack.a libblas.a `FoX/FoX-config --libs --wcml` dc_lapack.a liblapack.a libblas.a m_ts_aux_rout.o: In function `__m_ts_aux_rout__csolveg': /home/hu/software/siesta-3.0-rc1/Src/m_ts_aux_rout.F:344: undefined reference to `zgesv_' collect2: ld 返回 1 make: *** [transiesta] 錯(cuò)誤 1 [hu@node02 trans]$ 個(gè)人以為與數(shù)據(jù)庫有關(guān)，轉(zhuǎn)裝blas，lapack。 安裝lapack-3.2時(shí)，出現(xiàn) Time for 1,000,000 SAXPY ops = 0.00 seconds *** Error: Time for operations was zero Including SECOND, time = 0.00 seconds Average time for SECOND = 0.00 milliseconds Time for 1,000,000 DAXPY ops = 0.00 seconds *** Error: Time for operations was zero Including DSECND, time = 0.00 seconds Average time for DSECND = 0.00 milliseconds 結(jié)果編譯通不過。 后來裝并行時(shí)，又有報(bào)錯(cuò)。 [hu@node01 ~]$ mpdcheck -f mpd.hosts -ssh hu@node03's password: ** ssh timed out to node03 ** ssh failed to node03 ** here is the output: [hu@node01 ~]$ 共有四臺(tái)機(jī)器，只有第一臺(tái)通過了lapack編譯，之后make transiesta通過，但是運(yùn)行例子也是報(bào)錯(cuò)，如下 siesta: 194************** 96726338.0234 96726338.0234143.3913******** siesta: WARNING: Qtot, Tr[D*S] = 156.000000 63.523758 siesta: 195************** 96503554.1989 96503554.1989143.4410******** 整天對著電腦來來回回的裝呀裝，期待高手指點(diǎn)一二，使我脫離苦海！ |
回復(fù)此樓» 收錄本帖的淘帖專輯推薦
 siesta問題 |
» 猜你喜歡
化工調(diào)劑303分，過四級
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
071000生物學(xué)調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
一志愿華東理工大學(xué)，080500學(xué)碩，317分，求調(diào)劑
已經(jīng)有10人回復(fù)
-
327求調(diào)劑
已經(jīng)有9人回復(fù)
-
0856初試324分求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
08開頭看過來�。�！
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
材料調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
一志愿北京科技大學(xué)085601材料工程英一數(shù)二初試總分335求調(diào)劑
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
085900土木水利336分求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
319求調(diào)劑
已經(jīng)有13人回復(fù)
» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對您同樣有幫助:
- 美國范兒英語網(wǎng)絡(luò)語言：語法錯(cuò)誤也很潮(轉(zhuǎn)載)
已經(jīng)有5人回復(fù)
- VASP XCrysDenPWscf 單機(jī)安裝教程(linux)
已經(jīng)有12人回復(fù)
- matlab安裝過程中出現(xiàn)了錯(cuò)誤
已經(jīng)有3人回復(fù)
- 【心得】word提示出現(xiàn)錯(cuò)誤，提供三種完全版正解
已經(jīng)有6人回復(fù)
- 【分享】openmpi-intelmkl-siesta3.0 并行安裝--兩種方式---原創(chuàng)
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 【求助】求助polyrate的安裝
已經(jīng)有10人回復(fù)
- 【求助】哪位有siesta-3.0-rc2呀？
已經(jīng)有8人回復(fù)
- 【原創(chuàng)】成功編譯siesta-3.0-rc1
已經(jīng)有3人回復(fù)
- 【求助】安裝siesta3.0出錯(cuò)：segmentation violation signal raised。請高手指教
已經(jīng)有8人回復(fù)
- 【分享】Endnote X3.0.1 直接安裝
已經(jīng)有2人回復(fù)
- 【求助】siesta3.0并行成功安裝后不能并行的問題
已經(jīng)有15人回復(fù)
- 【求助】siesta3.0 算輸運(yùn)，怎么能像atk那樣方便的加多個(gè)電壓？
已經(jīng)有17人回復(fù)
valenhou001
至尊木蟲 (職業(yè)作家)
- 1ST強(qiáng)帖: 13
- 應(yīng)助: 241 (大學(xué)生)
- 金幣: 25701.7
- 散金: 602
- 紅花: 166
- 帖子: 3782
- 在線: 873.8小時(shí)
- 蟲號: 1007127
- 注冊: 2010-04-27
- 專業(yè): 凝聚態(tài)物性 II ：電子結(jié)構(gòu)
★ ★
大地飛鷹h(金幣+5): 2010-06-11 10:03:10
zzy870720z(金幣+2):謝謝專家指導(dǎo)，辛苦了 2010-06-11 11:30:17
大地飛鷹h(金幣+5): 2010-06-11 10:03:10
zzy870720z(金幣+2):謝謝專家指導(dǎo)，辛苦了 2010-06-11 11:30:17
|
下面貼出我用ifort，以及scalapck suite 0.96 編譯SIESTA3.0的arch.make(重要的部分),以供參考。參考時(shí)，針對自己的scalapack所放的位置自行進(jìn)行調(diào)整。 里面最重要的是，去編譯scalapack suite 0.96。我的例子，我是將編譯出來的.a文件都放到了/home1/zh/soft/scalapack-intel/lib目錄中。 SIESTA_ARCH=x86_64-unknown-linux-gnu--Intel FPP= FPP_OUTPUT= FC=mpif90 RANLIB=ranlib SYS=nag SP_KIND=4 DP_KIND=8 KINDS=$(SP_KIND) $(DP_KIND) #FFLAGS=-g -fno-underscoring FFLAGS=-g FPPFLAGS= -DMPI -DFC_HAVE_FLUSH -DFC_HAVE_ABORT LDFLAGS= ARFLAGS_EXTRA= FCFLAGS_fixed_f= FCFLAGS_free_f90= FPPFLAGS_fixed_F= FPPFLAGS_free_F90= MATH_LIB=/home1/zh/soft/scalapack-intel/lib BLAS_LIBS=$(MATH_LIB)/librefblas.a LAPACK_LIBS=dc_lapack.a $(MATH_LIB)/libreflapack.a BLACS_LIBS= $(MATH_LIB)/blacsC.a $(MATH_LIB)/blacsF77.a $(MATH_LIB)/blacs.a SCALAPACK_LIBS=$(MATH_LIB)/libscalapack.a 下面是編譯scalapack suite 0.96時(shí)，LAPCK, BLACS, SCALAPACK時(shí)的編譯選項(xiàng)，等： 1、LAPACK的make.inc SHELL = /bin/sh PLAT = FORTRAN = ifort OPTS = -O3 DRVOPTS = $(OPTS) NOOPT = -mp LOADER = ifort LOADOPTS = TIMER = EXT_ETIME ARCH = ar ARCHFLAGS= cr RANLIB = /usr/bin/ranlib BLASLIB = /home1/zh/soft/scalapack-intel/lib/librefblas.a LAPACKLIB = libreflapack.a TMGLIB = tmglib.a EIGSRCLIB = eigsrc.a LINSRCLIB = linsrc.a ---------- make blaslib make lapacklib 將編譯得到librefblas.a, libreflapack.a放到了/home1/zh/soft/scalapack-intel/lib 2、BLACS的Bmake.inc SHELL = /bin/sh BTOPdir = /home1/zh/soft/scalapack-intel/BLACS COMMLIB = MPI PLAT = BLACSdir = $(BTOPdir)/LIB BLACSDBGLVL = 0 BLACSFINIT = $(BLACSdir)/blacsF77.a BLACSCINIT = $(BLACSdir)/blacsC.a BLACSLIB = $(BLACSdir)/blacs.a MPIINCdir = /home1/zh/soft/openmpi-1.3-intel/include MPILIB = BTLIBS = $(BLACSFINIT) $(BLACSLIB) $(BLACSFINIT) $(MPILIB) INSTdir = $(BTOPdir)/INSTALL/EXE TESTdir = $(BTOPdir)/TESTING/EXE FTESTexe = $(TESTdir)/xFbtest_$(COMMLIB)-$(PLAT)-$(BLACSDBGLVL) CTESTexe = $(TESTdir)/xCbtest_$(COMMLIB)-$(PLAT)-$(BLACSDBGLVL) SYSINC = -I$(MPIINCdir) INTFACE = -DAdd_ SENDIS = BUF = TRANSCOMM = WHATMPI = SYSERRORS = DEBUGLVL = -DBlacsDebugLvl=$(BLACSDBGLVL) DEFS1 = -DSYSINC $(SYSINC) $(INTFACE) $(DEFBSTOP) $(DEFCOMBTOP) $(DEBUGLVL) BLACSDEFS = $(DEFS1) $(SENDIS) $(BUFF) $(TRANSCOMM) $(WHATMPI) $(SYSERRORS) F77 = /home1/zh/soft/openmpi-1.3-intel/bin/mpif77 F77NO_OPTFLAGS = -mp F77FLAGS = $(F77NO_OPTFLAGS) -O3 F77LOADER = $(F77) F77LOADFLAGS = CC = /home1/zh/soft/openmpi-1.3-intel/bin/mpicc CCFLAGS = -O3 CCLOADER = $(F77) CCLOADFLAGS = -nofor_main ARCH = ar ARCHFLAGS = r RANLIB = /usr/bin/ranlib ----- make mpi 將編譯得到LIB目錄里面的blacs.a blacsC.a blacsF77.a放到了/home1/zh/soft/scalapack-intel/lib 3、SCALAPACK的SLmake.inc SHELL = /bin/sh home = /home1/zh/soft/scalapack-intel/scalapack-1.8.0 PLAT = LINUX USEMPI = -DUsingMpiBlacs SMPLIB = BLACSFINIT = /home1/zh/soft/scalapack-intel/lib/blacsF77.a BLACSCINIT = /home1/zh/soft/scalapack-intel/lib/blacsC.a BLACSLIB = /home1/zh/soft/scalapack-intel/lib/blacs.a TESTINGdir = $(home)/TESTING CBLACSLIB = $(BLACSCINIT) $(BLACSLIB) $(BLACSCINIT) FBLACSLIB = $(BLACSFINIT) $(BLACSLIB) $(BLACSFINIT) PBLASdir = $(home)/PBLAS SRCdir = $(home)/SRC TESTdir = $(home)/TESTING PBLASTSTdir = $(TESTINGdir) TOOLSdir = $(home)/TOOLS REDISTdir = $(home)/REDIST REDISTTSTdir = $(TESTINGdir) F77 = /home1/zh/soft/openmpi-1.3-intel/bin/mpif77 CC = /home1/zh/soft/openmpi-1.3-intel/bin/mpicc NOOPT = F77FLAGS = $(NOOPT) -O3 CCFLAGS = -O3 SRCFLAG = F77LOADER = $(F77) CCLOADER = $(F77) F77LOADFLAGS = CCLOADFLAGS = -nofor_main CDEFS = -DNO_IEEE $(USEMPI) -DAdd_ ARCH = ar ARCHFLAGS = cr RANLIB = /usr/bin/ranlib SCALAPACKLIB = $(home)/libscalapack.a BLASLIB = /home1/zh/soft/scalapack-intel/lib/librefblas.a LAPACKLIB = /home1/zh/soft/scalapack-intel/lib/libreflapack.a PBLIBS = $(SCALAPACKLIB) $(FBLACSLIB) $(LAPACKLIB) $(BLASLIB) $(SMPLIB) PRLIBS = $(SCALAPACKLIB) $(CBLACSLIB) $(SMPLIB) RLIBS = $(SCALAPACKLIB) $(FBLACSLIB) $(CBLACSLIB) $(LAPACKLIB) $(BLASLIB) $(SMPLIB) LIBS = $(PBLIBS) -------- make 將編譯得到的libscalapack.a放到/home1/zh/soft/scalapack-intel/lib 再一次說明：根據(jù)自己的mpif90, mpicc, mpif77所放的位置，以及scalapack suite所放的位置，自行進(jìn)行調(diào)整。 |
5樓2010-06-11 09:54:56
ice_rain
鐵桿木蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 34 (小學(xué)生)
- 貴賓: 0.871
- 金幣: 5590.5
- 散金: 60
- 紅花: 6
- 帖子: 848
- 在線: 963.6小時(shí)
- 蟲號: 283377
- 注冊: 2006-10-08
- 專業(yè): 凝聚態(tài)物性 II ：電子結(jié)構(gòu)
2樓2010-06-10 21:22:08
3樓2010-06-10 21:43:06
valenhou001
至尊木蟲 (職業(yè)作家)
- 1ST強(qiáng)帖: 13
- 應(yīng)助: 241 (大學(xué)生)
- 金幣: 25701.7
- 散金: 602
- 紅花: 166
- 帖子: 3782
- 在線: 873.8小時(shí)
- 蟲號: 1007127
- 注冊: 2010-04-27
- 專業(yè): 凝聚態(tài)物性 II ：電子結(jié)構(gòu)
★ ★ ★
大地飛鷹h(金幣+3):謝謝參與
cenwanglai(金幣+2):謝謝回復(fù) 2010-06-13 09:56:20
大地飛鷹h(金幣+3):謝謝參與
cenwanglai(金幣+2):謝謝回復(fù) 2010-06-13 09:56:20
|
這類的錯(cuò)誤，多半是由于數(shù)學(xué)庫lapack和blas時(shí)的編譯選項(xiàng)同SIESTA的編譯選項(xiàng)有所不同造成的，特別是有關(guān)是否加下劃線的選項(xiàng)，各個(gè)fortran編譯器對此處理的默認(rèn)方式略有不同。 如果采用默認(rèn)的編譯選項(xiàng)的話，那么數(shù)學(xué)庫編譯時(shí)的fortran編譯器與SIESTA時(shí)的編譯器都選一樣的。 |
4樓2010-06-11 09:31:51
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 071000生物學(xué)調(diào)劑 +3 | 知昭蔓 2026-04-02 | 3/150 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 材料調(diào)劑 +7 | 一樣YWY 2026-04-02 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 266分，一志愿電氣工程，本科材料，求材料專業(yè)調(diào)劑 +10 | 哇呼哼呼哼 2026-04-01 | 11/550 |
|
|
|
[考研] 材料化工340求調(diào)劑 +4 | jhx777 2026-03-30 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 材料調(diào)劑 +12 | 一樣YWY 2026-04-01 | 12/600 |
|
|
|
[考研] 材料調(diào)劑 +11 | 一樣YWY 2026-03-31 | 11/550 |
|
|
|
[考研] 材料專業(yè)調(diào)劑 +5 | 啦啦啦哭 2026-03-31 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 0703求調(diào)劑 +4 | zizimo 2026-03-31 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 調(diào)劑 +5 | 好好讀書。 2026-03-28 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 材料調(diào)劑 +11 | 一樣YWY 2026-03-31 | 11/550 |
|
|
[考研] 358求調(diào)劑 +3 | 王向陽花 2026-03-31 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 0856材料化工調(diào)劑 總分330 +18 | zhubinhao 2026-03-27 | 18/900 |
|
|
|
[考研] 287求調(diào)劑 +17 | land xuxu 2026-03-26 | 17/850 |
|
|
|
[考研] 吉大生物學(xué)326分求調(diào)劑 +3 | sunnyupup 2026-03-31 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 22408 359分調(diào)劑 +4 | Qshers 2026-03-27 | 8/400 |
|
|
|
[有機(jī)交流]
 甲基亞磺磺酸鈉和甲基磺酸酯反應(yīng)機(jī)理
 10+3
|
kaobao456 2026-03-29 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 11408總分309，一志愿東南大學(xué)求調(diào)劑，不挑專業(yè) +5 | 天賦帶到THU 2026-03-29 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 本科雙非材料，跨考一志愿華電085801電氣，283求調(diào)劑，任何專業(yè)都可以 +6 | 芝士雪baoo 2026-03-28 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 求佛 +7 | 迷人的哈哈 2026-03-28 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 08開頭275求調(diào)劑 +4 | 拉誰不重要 2026-03-26 | 4/200 |
|