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大地飛鷹h新蟲(chóng) (初入文壇)
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[交流]
【求助】siesta3.0 安裝，錯(cuò)誤一籮筐 已有6人參與
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首先現(xiàn)安裝串行，ifort 10， mkl 10， 裝siesta，make通過(guò)， make clean ， make transiesta，出現(xiàn) m_forces.o m_stress.o m_eo.o m_spin.o m_gamma.o m_hsx.o m_fire.o get_target_stress.o fire_optim.o zm_fire_optim.o cell_fire_optim.o m_fire_para.o m_fire_mixing.o write_raw_efs.o m_iodm.o m_sparse.o kpoint_pdos.o nag.o pxf.o m_ts_options.o m_ts_aux_rout.o m_ts_kpoints.o m_ts_io.o m_ts_scattering.o m_ts_contour.o m_ts_electrode.o m_ts_in_siesta.o libfdf.a \ \ dc_lapack.a liblapack.a libblas.a `FoX/FoX-config --libs --wcml` dc_lapack.a liblapack.a libblas.a m_ts_aux_rout.o: In function `__m_ts_aux_rout__csolveg': /home/hu/software/siesta-3.0-rc1/Src/m_ts_aux_rout.F:344: undefined reference to `zgesv_' collect2: ld 返回 1 make: *** [transiesta] 錯(cuò)誤 1 [hu@node02 trans]$ 個(gè)人以為與數(shù)據(jù)庫(kù)有關(guān)，轉(zhuǎn)裝blas，lapack。 安裝lapack-3.2時(shí)，出現(xiàn) Time for 1,000,000 SAXPY ops = 0.00 seconds *** Error: Time for operations was zero Including SECOND, time = 0.00 seconds Average time for SECOND = 0.00 milliseconds Time for 1,000,000 DAXPY ops = 0.00 seconds *** Error: Time for operations was zero Including DSECND, time = 0.00 seconds Average time for DSECND = 0.00 milliseconds 結(jié)果編譯通不過(guò)。 后來(lái)裝并行時(shí)，又有報(bào)錯(cuò)。 [hu@node01 ~]$ mpdcheck -f mpd.hosts -ssh hu@node03's password: ** ssh timed out to node03 ** ssh failed to node03 ** here is the output: [hu@node01 ~]$ 共有四臺(tái)機(jī)器，只有第一臺(tái)通過(guò)了lapack編譯，之后make transiesta通過(guò)，但是運(yùn)行例子也是報(bào)錯(cuò)，如下 siesta: 194************** 96726338.0234 96726338.0234143.3913******** siesta: WARNING: Qtot, Tr[D*S] = 156.000000 63.523758 siesta: 195************** 96503554.1989 96503554.1989143.4410******** 整天對(duì)著電腦來(lái)來(lái)回回的裝呀裝，期待高手指點(diǎn)一二，使我脫離苦海！ |
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2樓2010-06-10 21:22:08
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大地飛鷹h(金幣+3):謝謝參與
cenwanglai(金幣+2):謝謝回復(fù) 2010-06-13 09:56:20
大地飛鷹h(金幣+3):謝謝參與
cenwanglai(金幣+2):謝謝回復(fù) 2010-06-13 09:56:20
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這類(lèi)的錯(cuò)誤，多半是由于數(shù)學(xué)庫(kù)lapack和blas時(shí)的編譯選項(xiàng)同SIESTA的編譯選項(xiàng)有所不同造成的，特別是有關(guān)是否加下劃線的選項(xiàng)，各個(gè)fortran編譯器對(duì)此處理的默認(rèn)方式略有不同。 如果采用默認(rèn)的編譯選項(xiàng)的話，那么數(shù)學(xué)庫(kù)編譯時(shí)的fortran編譯器與SIESTA時(shí)的編譯器都選一樣的。 |
4樓2010-06-11 09:31:51
valenhou001
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大地飛鷹h(金幣+5): 2010-06-11 10:03:10
zzy870720z(金幣+2):謝謝專(zhuān)家指導(dǎo)，辛苦了 2010-06-11 11:30:17
大地飛鷹h(金幣+5): 2010-06-11 10:03:10
zzy870720z(金幣+2):謝謝專(zhuān)家指導(dǎo)，辛苦了 2010-06-11 11:30:17
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下面貼出我用ifort，以及scalapck suite 0.96 編譯SIESTA3.0的arch.make(重要的部分),以供參考。參考時(shí)，針對(duì)自己的scalapack所放的位置自行進(jìn)行調(diào)整。 里面最重要的是，去編譯scalapack suite 0.96。我的例子，我是將編譯出來(lái)的.a文件都放到了/home1/zh/soft/scalapack-intel/lib目錄中。 SIESTA_ARCH=x86_64-unknown-linux-gnu--Intel FPP= FPP_OUTPUT= FC=mpif90 RANLIB=ranlib SYS=nag SP_KIND=4 DP_KIND=8 KINDS=$(SP_KIND) $(DP_KIND) #FFLAGS=-g -fno-underscoring FFLAGS=-g FPPFLAGS= -DMPI -DFC_HAVE_FLUSH -DFC_HAVE_ABORT LDFLAGS= ARFLAGS_EXTRA= FCFLAGS_fixed_f= FCFLAGS_free_f90= FPPFLAGS_fixed_F= FPPFLAGS_free_F90= MATH_LIB=/home1/zh/soft/scalapack-intel/lib BLAS_LIBS=$(MATH_LIB)/librefblas.a LAPACK_LIBS=dc_lapack.a $(MATH_LIB)/libreflapack.a BLACS_LIBS= $(MATH_LIB)/blacsC.a $(MATH_LIB)/blacsF77.a $(MATH_LIB)/blacs.a SCALAPACK_LIBS=$(MATH_LIB)/libscalapack.a 下面是編譯scalapack suite 0.96時(shí)，LAPCK, BLACS, SCALAPACK時(shí)的編譯選項(xiàng)，等： 1、LAPACK的make.inc SHELL = /bin/sh PLAT = FORTRAN = ifort OPTS = -O3 DRVOPTS = $(OPTS) NOOPT = -mp LOADER = ifort LOADOPTS = TIMER = EXT_ETIME ARCH = ar ARCHFLAGS= cr RANLIB = /usr/bin/ranlib BLASLIB = /home1/zh/soft/scalapack-intel/lib/librefblas.a LAPACKLIB = libreflapack.a TMGLIB = tmglib.a EIGSRCLIB = eigsrc.a LINSRCLIB = linsrc.a ---------- make blaslib make lapacklib 將編譯得到librefblas.a, libreflapack.a放到了/home1/zh/soft/scalapack-intel/lib 2、BLACS的Bmake.inc SHELL = /bin/sh BTOPdir = /home1/zh/soft/scalapack-intel/BLACS COMMLIB = MPI PLAT = BLACSdir = $(BTOPdir)/LIB BLACSDBGLVL = 0 BLACSFINIT = $(BLACSdir)/blacsF77.a BLACSCINIT = $(BLACSdir)/blacsC.a BLACSLIB = $(BLACSdir)/blacs.a MPIINCdir = /home1/zh/soft/openmpi-1.3-intel/include MPILIB = BTLIBS = $(BLACSFINIT) $(BLACSLIB) $(BLACSFINIT) $(MPILIB) INSTdir = $(BTOPdir)/INSTALL/EXE TESTdir = $(BTOPdir)/TESTING/EXE FTESTexe = $(TESTdir)/xFbtest_$(COMMLIB)-$(PLAT)-$(BLACSDBGLVL) CTESTexe = $(TESTdir)/xCbtest_$(COMMLIB)-$(PLAT)-$(BLACSDBGLVL) SYSINC = -I$(MPIINCdir) INTFACE = -DAdd_ SENDIS = BUF = TRANSCOMM = WHATMPI = SYSERRORS = DEBUGLVL = -DBlacsDebugLvl=$(BLACSDBGLVL) DEFS1 = -DSYSINC $(SYSINC) $(INTFACE) $(DEFBSTOP) $(DEFCOMBTOP) $(DEBUGLVL) BLACSDEFS = $(DEFS1) $(SENDIS) $(BUFF) $(TRANSCOMM) $(WHATMPI) $(SYSERRORS) F77 = /home1/zh/soft/openmpi-1.3-intel/bin/mpif77 F77NO_OPTFLAGS = -mp F77FLAGS = $(F77NO_OPTFLAGS) -O3 F77LOADER = $(F77) F77LOADFLAGS = CC = /home1/zh/soft/openmpi-1.3-intel/bin/mpicc CCFLAGS = -O3 CCLOADER = $(F77) CCLOADFLAGS = -nofor_main ARCH = ar ARCHFLAGS = r RANLIB = /usr/bin/ranlib ----- make mpi 將編譯得到LIB目錄里面的blacs.a blacsC.a blacsF77.a放到了/home1/zh/soft/scalapack-intel/lib 3、SCALAPACK的SLmake.inc SHELL = /bin/sh home = /home1/zh/soft/scalapack-intel/scalapack-1.8.0 PLAT = LINUX USEMPI = -DUsingMpiBlacs SMPLIB = BLACSFINIT = /home1/zh/soft/scalapack-intel/lib/blacsF77.a BLACSCINIT = /home1/zh/soft/scalapack-intel/lib/blacsC.a BLACSLIB = /home1/zh/soft/scalapack-intel/lib/blacs.a TESTINGdir = $(home)/TESTING CBLACSLIB = $(BLACSCINIT) $(BLACSLIB) $(BLACSCINIT) FBLACSLIB = $(BLACSFINIT) $(BLACSLIB) $(BLACSFINIT) PBLASdir = $(home)/PBLAS SRCdir = $(home)/SRC TESTdir = $(home)/TESTING PBLASTSTdir = $(TESTINGdir) TOOLSdir = $(home)/TOOLS REDISTdir = $(home)/REDIST REDISTTSTdir = $(TESTINGdir) F77 = /home1/zh/soft/openmpi-1.3-intel/bin/mpif77 CC = /home1/zh/soft/openmpi-1.3-intel/bin/mpicc NOOPT = F77FLAGS = $(NOOPT) -O3 CCFLAGS = -O3 SRCFLAG = F77LOADER = $(F77) CCLOADER = $(F77) F77LOADFLAGS = CCLOADFLAGS = -nofor_main CDEFS = -DNO_IEEE $(USEMPI) -DAdd_ ARCH = ar ARCHFLAGS = cr RANLIB = /usr/bin/ranlib SCALAPACKLIB = $(home)/libscalapack.a BLASLIB = /home1/zh/soft/scalapack-intel/lib/librefblas.a LAPACKLIB = /home1/zh/soft/scalapack-intel/lib/libreflapack.a PBLIBS = $(SCALAPACKLIB) $(FBLACSLIB) $(LAPACKLIB) $(BLASLIB) $(SMPLIB) PRLIBS = $(SCALAPACKLIB) $(CBLACSLIB) $(SMPLIB) RLIBS = $(SCALAPACKLIB) $(FBLACSLIB) $(CBLACSLIB) $(LAPACKLIB) $(BLASLIB) $(SMPLIB) LIBS = $(PBLIBS) -------- make 將編譯得到的libscalapack.a放到/home1/zh/soft/scalapack-intel/lib 再一次說(shuō)明：根據(jù)自己的mpif90, mpicc, mpif77所放的位置，以及scalapack suite所放的位置，自行進(jìn)行調(diào)整。 |
5樓2010-06-11 09:54:56
大地飛鷹h
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是啊，并行時(shí)數(shù)據(jù)庫(kù)和siesta都用mpif90編譯，通過(guò)的話make transiesta就不會(huì)出現(xiàn)這個(gè)問(wèn)題。這里讓人頭痛的是lapack編譯時(shí)報(bào)錯(cuò) *** Error: Time for operations was zero Including SECOND, time = 0.00 seconds Average time for SECOND = 0.00 milliseconds Time for 1,000,000 DAXPY ops = 0.00 seconds *** Error: Time for operations was zero 這樣的錯(cuò)誤有時(shí)多試幾次也能通過(guò)編譯，但是transiesta計(jì)算時(shí)就會(huì)出問(wèn)題 siesta: WARNING: Qtot, Tr[D*S] = 156.000000 63.523758 siesta: 195************** 96503554.1989 96503554.1989143.4410******** 懷疑是不是機(jī)器設(shè)置上某個(gè)環(huán)節(jié)出問(wèn)題了。 |
6樓2010-06-11 09:55:32
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我用mkl時(shí)也出錯(cuò)。 m_rmaxh.o m_forces.o m_stress.o m_eo.o m_spin.o m_gamma.o m_hsx.o m_fire.o get_target_stress.o fire_optim.o zm_fire_optim.o cell_fire_optim.o m_fire_para.o m_fire_mixing.o write_raw_efs.o m_iodm.o m_sparse.o kpoint_pdos.o nag.o pxf.o m_ts_options.o m_ts_aux_rout.o m_ts_kpoints.o m_ts_io.o m_ts_scattering.o m_ts_contour.o m_ts_electrode.o m_ts_in_siesta.o libfdf.a \ \ dc_lapack.a liblapack.a libblas.a `FoX/FoX-config --libs --wcml` /home/hu/intel/mkl/10.2.4.032/lib/em64t -lmkl_sequential -lmkl_core /home/hu/intel/mkl/10.2.4.032/lib/em64t -lmkl_solver_lp64 -lmkl_intel_lp64 -lguide IPO Error /home/hu/intel/mkl/10.2.4.032/lib/em64t: file not recognized: Is a directory ifort: error: problem during multi-file optimization compilation (code 1) make: *** [transiesta] 錯(cuò)誤 1 [hu@node02 Obj]$ 我的系統(tǒng)是Centos5.4，后改用red hat enterprise 5.0 用它自帶的gfortan,編譯并行通過(guò)了，不過(guò)就是不能兩臺(tái)機(jī)器或更多的并起來(lái)。用的mpich2 |
10樓2010-06-20 20:31:09
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[考研] 332求調(diào)劑 +6 | @MZB382400 2026-03-28 | 6/300 |
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[考研] 308求調(diào)劑 +7 | 墨墨漠 2026-03-27 | 7/350 |
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