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xiaoboy185金蟲 (正式寫手)
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[交流]
【求助】dmol跑動力學(xué) 已有5人參與
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用dmol跑動力學(xué)，設(shè)定在1000k下跑5000步，但是跑了不到500步就出錯了： Error: Instability in the thermostat. Please restart the simulation with current geometry. This will reset the thermostat. 這個時候，最后的構(gòu)型和初始的還沒有啥太大的差異，那么是不是應(yīng)該在最后這個 構(gòu)型的基礎(chǔ)上繼續(xù)跑完那剩下的4500步呢？ 還是說這就表明這個結(jié)構(gòu)不穩(wěn)定？ |
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熱浴的選擇會導(dǎo)致很多不確定因素。很多熱浴都是為了控制溫度而選擇的非物理的方法，比如速度標(biāo)定，比如Berdsen等等。有些方法不能很好的控制溫度，這樣會導(dǎo)致體系結(jié)構(gòu)最終不是確定溫度下的結(jié)構(gòu)。分子動力學(xué)的目的也是目標(biāo)之一，就是要正確采樣，這是統(tǒng)計(jì)物理的基礎(chǔ)。如果溫度沒有控制好，根本談不上正確采樣。很多情況下，熱浴非物理，也無法真正采樣。 Noose-Hoover (N-P)是目前相對來說采樣和控溫都較好的手段，所以官方采用，其溫度性也不錯。此外，還有Langevin這類隨機(jī)采樣的方法。相對來說，隨機(jī)方法更符合物理實(shí)質(zhì)，但是模擬時間相對要求較長。因此，不穩(wěn)定很多是由于熱浴不正確，也就是說溫度控制不好導(dǎo)致的。選擇正確的參數(shù)，采樣NP或者Langevin，是比較理想的手段。 |
8樓2012-04-29 15:12:00
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