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【求助】gaussian中簡(jiǎn)正坐標(biāo)的輸出 已有2人參與
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在一篇文章《Vibrational Analysis in Gaussian》中說(shuō)到“The purpose of this document is to describe how Gaussian calculates the reduced mass, frequencies, force constants, and normal coordinates which are printed out at the end of a frequency calculation.”從這句話看normal coordinates應(yīng)該在計(jì)算頻率的時(shí)候打印出來(lái)了啊，可是不知道哪地方給的是normal coordinates？以H2o為例，計(jì)算頻率時(shí)的部分輸出為： (Enter /home/gau03/g03/l716.exe) Dipole =-3.44478646D-17-3.96506834D-17-6.72452773D-01 Polarizability= 4.00613449D-02 3.18281559D-16 5.50808430D+00 1.58802971D-16 1.97181875D-16 2.56587227D+00 HyperPolar =-3.59200065D-17-6.27316867D-18-2.96845704D-16 -1.10949459D-14 7.62420726D-02-3.00230546D-16 -7.01237208D+00-1.56024452D-16 2.91713493D-15 -4.11420102D+00 Full mass-weighted force constant matrix: Low frequencies --- -6.0514 -1.0843 -0.0019 -0.0012 -0.0009 4.5788 Low frequencies --- 2170.0372 4140.0019 4391.0737 Diagonal vibrational polarizability: 0.0000000 0.0418305 0.1108974 Harmonic frequencies (cm**-1), IR intensities (KM/Mole), Raman scattering activities (A**4/AMU), depolarization ratios for plane and unpolarized incident light, reduced masses (AMU), force constants (mDyne/A), and normal coordinates:（這里也顯示normal coordinates，但是不知道怎么看，我怎么找不到啊？ 1 2 3 A1 A1 B2 Frequencies -- 2170.0372 4140.0019 4391.0737 Red. masses -- 1.0785 1.0491 1.0774 Frc consts -- 2.9923 10.5941 12.2392 IR Inten -- 7.2379 44.2862 29.9710 Atom AN X Y Z X Y Z X Y Z 1 1 0.00 0.45 0.54 0.00 -0.57 0.42 0.00 0.54 -0.45 2 1 0.00 -0.45 0.54 0.00 0.57 0.42 0.00 0.54 0.45 3 8 0.00 0.00 -0.07 0.00 0.00 -0.05 0.00 -0.07 0.00 謝謝指點(diǎn)。 |
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sobereva
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Atom AN X Y Z X Y Z X Y Z 1 1 0.00 0.45 0.54 0.00 -0.57 0.42 0.00 0.54 -0.45 2 1 0.00 -0.45 0.54 0.00 0.57 0.42 0.00 0.54 0.45 3 8 0.00 0.00 -0.07 0.00 0.00 -0.05 0.00 -0.07 0.00 這個(gè)就是。例如2號(hào)原子的X,Y,Z坐標(biāo)構(gòu)成第1種簡(jiǎn)正坐標(biāo)的系數(shù)為0.00 -0.45 0.54。 你把這里每個(gè)振動(dòng)模式的3*3矩陣排列成9*1就容易看出簡(jiǎn)正坐標(biāo)與原先3N坐標(biāo)的關(guān)系了。如第一個(gè)簡(jiǎn)正坐標(biāo)： 0.00 0.45 0.54 0.00 -0.45 0.54 0.00 0.00 -0.07 [ Last edited by sobereva on 2010-8-1 at 16:18 ] |
2樓2010-08-01 16:04:47
3樓2010-08-01 16:26:12
sobereva
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heyo_123(金幣+1):鼓勵(lì)交流�。。� 2010-08-02 08:26:03
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heyo_123(金幣+1):鼓勵(lì)交流�。。� 2010-08-02 08:26:03
| 簡(jiǎn)正振動(dòng)坐標(biāo)和原始3N個(gè)笛卡爾坐標(biāo)是一個(gè)線性變換的關(guān)系，前者可寫(xiě)為后者的線性組合。每個(gè)振動(dòng)模式對(duì)應(yīng)一簡(jiǎn)正坐標(biāo)，由于簡(jiǎn)正坐標(biāo)在每個(gè)原子笛卡爾坐標(biāo)上都有分量，所以振動(dòng)自然會(huì)體現(xiàn)在原子笛卡爾坐標(biāo)的變化上。 |
4樓2010-08-01 17:01:37
5樓2010-08-01 23:34:49
sobereva
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6樓2010-08-01 23:41:03
7樓2010-08-02 09:59:36
sobereva
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小木蟲(chóng)(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖交流
heyo_123(金幣+1):鼓勵(lì)交流 2010-08-02 20:29:27
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heyo_123(金幣+1):鼓勵(lì)交流 2010-08-02 20:29:27
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若不考慮質(zhì)權(quán)、笛卡爾-內(nèi)坐標(biāo)轉(zhuǎn)換這些細(xì)節(jié)問(wèn)題，L就是Hessian矩陣的本征向量矩陣，也就是Vibrational Analysis in Gaussian的公式7。 關(guān)于變換關(guān)系的細(xì)節(jié)問(wèn)題在Vibrational Analysis in Gaussian里面都詳細(xì)說(shuō)明。 |
8樓2010-08-02 18:24:03
9樓2010-08-07 00:15:29
10樓2010-08-17 20:33:05
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