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hnndpt

鐵蟲(chóng) (正式寫手)

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[交流] 【求助/交流】引物設(shè)計(jì)問(wèn)題求助！已有3人參與

我在NCBI上找到了一個(gè)基因的mRNA序列，有完整的閱讀框。但是從序列的第5個(gè)堿基開(kāi)始就是編碼區(qū)，我想從第一個(gè)堿基開(kāi)始設(shè)計(jì)引物，但是一個(gè)老師說(shuō)測(cè)序時(shí)前幾十個(gè)堿基都是不可信的，建議設(shè)計(jì)的引物離閱讀框稍微遠(yuǎn)一點(diǎn)，但是閱讀框離現(xiàn)有序列的5‘端太近，請(qǐng)問(wèn)這引物該怎么設(shè)計(jì)？
問(wèn)題2：
我想用現(xiàn)有的這個(gè)mRNA序列在本物種的EST庫(kù)中尋找這個(gè)基因的EST序列，然后拼接，想把5’端的序列延長(zhǎng)一點(diǎn)，但是當(dāng)我對(duì)比之后發(fā)現(xiàn)有很多的EST序列，我該選用哪些序列進(jìn)行拼接？附圖中這幾個(gè)參數(shù)都表示什么意思？MAX Score,total score;query coverage;E value. N. 今天聽(tīng)一個(gè)同學(xué)說(shuō)比較EST的時(shí)候主要看E值，E值多少才算有重疊呢？圖片如下：

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引物設(shè)計(jì)求助~ 已經(jīng)有13人回復(fù)

1樓 2010-08-04 18:15:43

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大白菜123789

銅蟲(chóng) (小有名氣)

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★
reasonspare(金幣+1):謝謝分享。 2010-08-05 05:57:53
hnndpt(金幣+1):非常感謝！ 2010-08-05 09:14:26

可以從中間片段設(shè)計(jì)引物，進(jìn)行5‘RACE，就可以拿到5'序列了，然后就可以在此設(shè)計(jì)引物了

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4樓2010-08-04 20:56:31

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yujiaping1

木蟲(chóng) (著名寫手)

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★
看天(金幣+1):鼓勵(lì)交流 2010-08-04 18:43:52
hnndpt(金幣+1):非常感謝！ 2010-08-05 09:14:12

測(cè)序前幾個(gè)堿基不準(zhǔn)確，很好解決，雙向測(cè)通就可以了
但是我現(xiàn)在擔(dān)心的是，你從一開(kāi)始設(shè)計(jì)的引物不一定好用，你可以試試

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2樓2010-08-04 18:32:03

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xp198766

鐵桿木蟲(chóng) (著名寫手)

小木蟲(chóng)職業(yè)打醬油滴~~！

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專業(yè): 環(huán)境微生物學(xué)

★ ★
reasonspare(金幣+2):謝謝分享。 2010-08-05 05:57:46
hnndpt(金幣+1):非常感謝！ 2010-08-05 09:14:21

你設(shè)計(jì)多長(zhǎng)目標(biāo)的引物��？可以克隆測(cè)序不就可以得到全長(zhǎng)了？

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3樓2010-08-04 18:38:52

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nmhsd

木蟲(chóng) (正式寫手)

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★
小木蟲(chóng): 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖

克隆測(cè)序是可以測(cè)到PCR引物的。

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5樓2012-07-14 22:28:01

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