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[交流]
【求助】求助Gromacs中關(guān)于g_hbond的out文件的問題 已有9人參與
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| 我的運行命令是g_bhond -f 1.xtc -s md.tpr -num num.xvg, 生成了一個num.xvg文件. 查看這個文件有3列，第一列是時間，第二列是氫鍵數(shù)，第三列是pairs within 0.35nm. 我的疑問是，有的時間對應(yīng)的第三列是0，即pairs within 0.35nm的對數(shù)是0，可是氫鍵的數(shù)目不是0，為什么呢。我覺得如果沒有滿足pairs within 0.35nm這個條件的，就不應(yīng)該存在氫鍵吧。 |
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 氫鍵 |
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bridgeqbf
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小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖交流
ghcacj(金幣+2):謝謝 2010-08-18 09:01:48
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ghcacj(金幣+2):謝謝 2010-08-18 09:01:48
| I just read the function "is_hbond" in the code of gmx_hbond.c, it seems that hb is the common concept satisfying the distance and angle criteria, while #contact is the those contact which satisfy the distance criterion but not angle criterion. |
4樓2010-08-17 16:16:34
6樓2010-08-19 11:16:07
lao7
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7樓2019-12-23 15:55:43
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小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖
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8樓2019-12-31 11:23:20
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